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Epigenetic regulation of transposable elements leading to sterility phenotype

Research Project

Project/Area Number 23K23811
Project/Area Number (Other) 22H02547 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research (2023-2024)
Keio University (2022)

Principal Investigator

岩崎 由香  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (80612647)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2022: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Keywords核内構造 / 非コードRNA / トランスポゾン / ヘテロクロマチン / 発生不全 / エピゲノム制御 / 不妊 / ゲノム構造 / 転写制御 / 小分子RNA
Outline of Research at the Start

PIWIタンパク質と小分子非コードRNAであるpiRNAの複合体は、ゲノムの安定性維持と遺伝情報の伝達に極めて重要な役割を果たす。PIWI-piRNA複合体は生殖組織特異的に機能しトランスポゾンの発現を選択的に抑制する他、PIWI遺伝子欠損個体は哺乳類を含む幅広い生物種において不妊の表現型を示す。PIWI遺伝子の欠損は長期的には確かにトランスポゾンの転移の蓄積によるゲノムの不安定化を引き起こすと考えられるものの、ではなぜ、短期的にも培養細胞の死滅や不妊という重大な表現型をもたらすのか?本研究では、PIWI欠失個体においてエピゲノム状態の異常が不妊に繋がるメカニズムの解明を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、トランスポゾンの脱抑制に伴い引き起こされる不妊の表現型を統一的に説明するメカニズムの解明を目指している。本年度は、とくに哺乳類における不妊の表現型に着目し、哺乳類のトランスポゾン抑制機構を解析するための実験系の構築およびそれを用いた解析に尽力した。昨年度から、非生殖組織由来の培養細胞を用いて、人工的にPIWI-piRNA転写制御マシナリーをレポーター上にリクルートすることで抑制を再構成する実験系を構築している。この実験系を用いることで、トランスポゾン上に構築されるヘテロクロマチン構造の詳細を理解し、ゲノムワイドな解析と併せてトランスポゾンが引き起こすゲノム上の変化の何が不妊の表現型を引き起こすかを明らかにしていきたい。本年度は、構築したレポーター系を用いて哺乳類piRNAによる転写抑制の鍵因子として数年前に報告されたSPOCD1を強制的にリクルートした。その結果、レポーター上にpiRNAによる制御を模倣したかたちで転写が抑制されることを観察できた。これを受けて、転写制御時に起こる遺伝子発現制御を精査したところ、既報のようにDNAメチル化を伴う制御ではないことが明らかとなった。DNAメチル化を伴わないどのような制御が起こっているかを明らかにするために、リクルートした構造体と協調して働く因子の同定を試みた結果、新規候補因子を複数同定した。これらについて、相互作用の有無やテザリングを行った際の転写抑制能を確認することで、実際にDNAメチル化非依存的な転写制御を引き起こす有力候補因子を絞り込むことに成功した。今後は候補因子のノックアウトマウスを用いた個体解析により、不妊の表現型への寄与を検討していく。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

本年度は、研究代表者の独立に伴い、所属機関の異動と研究室の立ち上げを行ったため、予定よりも研究の進捗がやや遅れた。昨年度から構築している、非生殖組織由来の培養細胞を用いて、人工的にPIWI-piRNA転写制御マシナリーをレポーターにリクルートする実験系を用いた解析をすすめた。哺乳類piRNAによる転写抑制の鍵因子として数年前に報告されたSPOCD1を強制的にレポーター上にリクルートした結果、レポーター上にpiRNAによる制御を模倣したかたちで転写が抑制されることを観察できた。これを受けて、転写制御時に起こる遺伝子発現制御を精査したところ、既報のようにDNAメチル化を伴う制御ではないことが明らかとなった。また、SPOCD1のとくにIDR領域と相互作用する因子が転写制御を引き起こしていることを明らかにした。これらを受けて、とくにSPOCD1のIDR領域との相互作用因子をプロテオーム解析により同定した結果、新規候補因子を複数同定した。これらについて、SPOCD1との相互作用の有無やテザリングを行った際の転写抑制能を確認することで、実際にDNAメチル化非依存的な転写制御を引き起こす有力候補因子を絞り込むことに成功した。また、候補因子について非生殖組織由来の細胞を用いた解析を行った結果、この因子が非生殖組織でもトランスポゾンを抑制している可能性を見出した。

Strategy for Future Research Activity

今後は、前年度の解析から得られた有力候補因子について、マウス個体を用いた解析を行う。前述のとおり、レポーター上にpiRNA経路におけるトランスポゾン転写抑制中核因子であるSPOCD1をリクルートすることで、piRNAによる制御を模倣したかたちで転写が抑制されることを観察できている。このSPOCD1と相互作用し、転写抑制を引き起こす新規因子について、ノックアウトマウスを用いた解析を行う。具体的には、トランスポゾンの脱抑制や不妊の表現型への寄与を解析すると同時に、DNAメチル化への寄与やエピゲノム解析を用いたゲノムワイドな影響を明らかにする。また、この候補因子については非生殖組織由来の細胞でもトランスポゾン抑制能が観察されることから、培養細胞系を併用することで、詳細な機能解析をすすめる。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 14 results)

  • [Journal Article] PIGB maintains nuclear lamina organization in skeletal muscle of Drosophila2024

    • Author(s)
      Yamamoto-Hino Miki、Ariura Masaru、Tanaka Masahito、Iwasaki Yuka W.、Kawaguchi Kohei、Shimamoto Yuta、Goto Satoshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 223 Issue: 2 Pages: 1-30

    • DOI

      10.1083/jcb.202301062

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] In preprints: revisiting RNA in PRC22023

    • Author(s)
      Iwasaki Yuka W.、Koseki Haruhiko、Ito Shinsuke
    • Journal Title

      Development

      Volume: 150 Issue: 22

    • DOI

      10.1242/dev.202440

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mod(mdg4) variants repress telomeric retrotransposon HeT-A by blocking subtelomeric enhancers2022

    • Author(s)
      Chikara Takeuchi, Moe Yokoshi, Shu Kondo, Aoi Shibuya, Kuniaki Saito, Takashi Fukaya, Haruhiko Siomi, Yuka W Iwasaki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 50 Issue: 20 Pages: 11580-11599

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1034

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Generation of Stable Drosophila Ovarian Somatic Cell Lines Using the piggyBac System2022

    • Author(s)
      Takeuchi Chikara、Murano Kensaku、Ishikawa Mitsuru、Okano Hideyuki、Iwasaki Yuka W.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2509 Pages: 143-153

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_9

    • ISBN
      9781071623794, 9781071623800
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ゲノム構造変化を介したトランスポゾンの転写抑制機構2024

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      第6回ゲノム生物物理学セミナー
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Small RNA-mediated regulatory mechanism of transposable elements2024

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      OIST-JST Joint Meeting
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] トランスポゾンとその制御機構の相克によって形成されるゲノム構造と遺伝子発現2023

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      第97回日本薬理学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Transcriptional regulation of telomeric transposon via enhancer architecture2023

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Decoding the Non-coding Genome2023

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      The 1st OIST-RIKEN Meeting
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Co-transcriptional silencing by nuclear PIWI-piRNA complex2023

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      The 3rd Asia RNA Club
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 小分子 RNA による ヘテロクロマチン形成を介した転写制御2023

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      第3回有性生殖研究会「生殖の多様性」
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Co-transcriptional silencing and heterochromatin formation by nuclear PIWI-piRNA complex2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia "RNA biology meeting"
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Small RNA mediated co-transcriptional silencing and heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      32nd Tokyo RNA Club
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第60回生物物理学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      RIKEN IMS-McGill Symposium
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      Japan-UK Regulation through Chromatin Conference
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nuclear architectural changes upon small RNA mediated silencing2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      The 10th Keio-Stanford Webinar: Functional Genomics (SLDDDRS Webinar Series)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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