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Functional analysis of novel proteins that accumulate at interorganelle contact sites

Research Project

Project/Area Number 23K23832
Project/Area Number (Other) 22H02568 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
Research InstitutionYamagata University

Principal Investigator

田村 康  山形大学, 理学部, 教授 (50631876)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2022: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Keywordsミトコンドリア / 小胞体 / 液胞 / オルガネラコンタクトサイト / リン脂質 / オルガネラ / オルガネラコンタクト / 核 / NVJ
Outline of Research at the Start

我々は任意のオルガネラ間コンタクトサイトに集積するタンパク質を空間特異的にビオチン化修飾する方法,CsFiND法を独自に開発した。そこで本研究では,CsFiND法を用いて,出芽酵母やヒト培養細胞における様々なオルガネラ間コンタクトサイトに集積タンパク質を同定し,それらの因子の機能を解析することで,オルガネラ間コンタクトサイトの形成機構や生理的意義を明らかにするものである。このような研究の展開により,異なるオルガネラ同士が高度に連携しながら機能する仕組みの理解を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本研究ではオルガネラ膜間コンタクトサイト(Membrane Contact Site, MCS)に集積する因子を同定し,その機能解析を行うことで新たなMCSの機能を明らかにすることを目指した。これまでにMCSに集積するタンパク質を網羅的に同定する実験系を独自に開発し,この手法が実際にMCSタンパク質の同定に効果的であることを見出して論文として発表した(Fujimoto et al. Contact, 2023)。この独自の実験系を駆使することで,ヒト培養細胞の小胞体-ミトコンドリア間MCS,小胞体-リソソーム間MCSに加え,出芽酵母のミトコンドリア-液胞間,核膜-液胞間MCSに集積する因子を網羅的に同定した。現在,同定された因子の機能解析を現在進めているところであるが,これまでの顕著な成果として,出芽酵母の小胞体-ミトコンドリア間MCSを形成するERMES複合体が,ERストレスに応答して解離することで,ERからミトコンドリアへの脂質輸送を抑制し,その結果ER膜が拡大することでERストレス軽減に貢献することを見出した(Kakimoto et al., iScience, 2022)。また飢餓条件に応じて,出芽酵母の核膜-液胞間MCSが大きく拡大し,細胞内の代謝を調節することでストレスに応答することを示唆する興味深い研究結果が得られている。引き続き研究を進めることで,MCSの新しい生理機能の解明につながる研究成果が期待される。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでにER-ミトコンドリア間コンタクトサイトを形成するERMES複合体がERストレス条件下で解離し,その結果,ERからミトコンドリアへの脂質輸送を抑制することで,ERストレス軽減に重要なER膜の拡大に貢献するという新しいERストレス応答機構の解明に成功した(iScience, 2023)。また,出芽酵母における核膜ー液胞膜間コンタクトサイト(Nuclear-Vacuole Junction, NVJ)に集積する新規タンパク質を3種類同定し,その機能解析を進めた結果,NVJがグルコース飢餓時に誘導される脂肪滴の分解に貢献するという新規知見を得ることに成功した。これらの研究成果は,MCS研究だけでなく細胞生物学分野にも大きなインパクトを持つ重要な発見である。このように,MCSが関与する新しい生命現象を順調に発見できていることから,研究が概ね順調に進展しているとした。

Strategy for Future Research Activity

今後は,ヒト培養細胞の小胞体-ミトコンドリア間MCS,小胞体-リソソーム間MCSに集積する因子の機能解析を更に進展させ,これらのMCSの形成機構や生理的意義の解明を目指す。また出芽酵母に関しては,グルコース飢餓時の脂肪滴の分解に,具体的にNVJのどのような機能が関与するのか,その分子メカニズムを明らかにする。さらに出芽酵母ミトコンドリア-液胞間MCSに集積する新規因子に関しても,飢餓条件でMCSへの集積が顕著になることを見出したため,引き続きこの因子の細胞ストレス応答への関係を解析していく。以上の研究により,通常状態のMCS形成機構の解明にとどまらず,ストレス条件に応答してダイナミックに変化するMCSの生理的役割を解析していくことで,ストレス条件下でさまざまなオルガネラがその機能をチューニングする分子機構の解明につなげる。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 6 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Chemical inhibition of phosphatidylcholine biogenesis reveals its role in mitochondrial division2024

    • Author(s)
      Shiino Hiroya、Tashiro Shinya、Hashimoto Michiko、Sakata Yuki、Hosoya Takamitsu、Endo Toshiya、Kojima Hirotatsu、Tamura Yasushi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 27 Issue: 3 Pages: 109189-109189

    • DOI

      10.1016/j.isci.2024.109189

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] LRRK1 functions as a scaffold for PTP1B-mediated EGFR sorting into ILVs at the ER-endosome contact site2023

    • Author(s)
      Hanafusa Hiroshi、Fujita Keitaro、Kamio Misa、Iida Shiori、Tamura Yasushi、Hisamoto Naoki、Matsumoto Kunihiro
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 136 Issue: 6 Pages: 260566-260566

    • DOI

      10.1242/jcs.260566

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complementation Assay Using Fusion of Split-GFP and TurboID (CsFiND) Enables Simultaneous Visualization and Proximity Labeling of Organelle Contact Sites in Yeast2023

    • Author(s)
      Fujimoto Shintaro、Tashiro Shinya、Tamura Yasushi
    • Journal Title

      Contact

      Volume: 6 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1177/25152564231153621

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dissociation of ERMES clusters plays a key role in attenuating the endoplasmic reticulum stress2022

    • Author(s)
      Kakimoto-Takeda Yuriko、Kojima Rieko、Shiino Hiroya、Shinmyo Manatsu、Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko、Endo Toshiya、Tamura Yasushi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 11 Pages: 105362-105362

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.105362

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  • [Presentation] 脂質輸送制御によるオルガネラ量の調節機構2023

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      田村康
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      田代晋也,高橋賢司, 尾野雅哉, 吉丸哲郎, 片桐豊雅, 田村康
    • Organizer
      第75回日本細胞生物学会大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 核-液胞間コンタクトサイトに集積する新規因子の同定と機能解析2023

    • Author(s)
      藤本慎太郎,田村康
    • Organizer
      第89回日本生化学会東北支部例会
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  • [Presentation] Regulation of phospholipid transport between the ER and mitochondria2022

    • Author(s)
      Yasushi Tamura
    • Organizer
      Yeast Lipid Conference 2022
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オルガネラ間コンタクトを介した リン脂質輸送機構2022

    • Author(s)
      田村康
    • Organizer
      レドックスR&D戦略委員会 第1回 夏のシンポジウム
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      2022 Annual Research Report
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  • [Presentation] 細胞内オルガネラ量の調節メカニズム2022

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      田村康
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
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  • [Presentation] オルガネラ間コンタクトサイトに局在するタンパク質の同定2022

    • Author(s)
      田村康
    • Organizer
      第45回分子生物学会
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    • Invited
  • [Remarks] 田村研究室

    • URL

      https://www.tamuralab.com/home-2

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  • [Remarks] 田村研究室

    • URL

      https://www.tamuralab.com/

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  • [Patent(Industrial Property Rights)] 特願2023-1843242023

    • Inventor(s)
      田村康,椎野浩也
    • Industrial Property Rights Holder
      山形大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2023-184324
    • Filing Date
      2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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