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オートファジーアダプターをハブとした損傷ミトコンドリア分解機構

Research Project

Project/Area Number 23K23841
Project/Area Number (Other) 22H02577 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
Research InstitutionInstitute of Science Tokyo (2024)
Tokyo Medical and Dental University (2022-2023)

Principal Investigator

山野 晃史  東京科学大学, 総合研究院, 准教授 (30547526)

Project Period (FY) 2024-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Keywordsミトコンドリア / オートファジー / ユビキチン / パーキンソン病 / マイトファジー / RAB GTPase / オートファジーアダプター
Outline of Research at the Start

損傷したミトコンドリアを検知して選択的オートファジーで分解・除去すること(マイトファジー)は、品質管理の要諦である。オプティニューリン(OPTN)とNDP52はそれぞれ独立に機能するマイトファジーに必須のオートファジーアダプターであり、ユビキチンとオートファジー膜(隔離膜)を橋渡しする。本研究では、OPTNやNDP52がミトコンドリアというサイズの大きなオルガネラを効率的に隔離膜で包囲する分子機構を、それらと相互作用するキナーゼTBK1の機能と合わせて解明する。

Outline of Annual Research Achievements

ミトコンドリアはATPを産生するオルガネラであるが、日々様々なストレスに曝されている。そのようなストレスによって損傷を受けたミトコンドリアは適切に分解・除去されなければならない。ミトコンドリア選択的オートファジー(マイトファジー)はその品質管理の中心的役割を担う。ミトコンドリア損傷の目印は外膜タンパク質のユビキチン修飾であるが、そのユビキチン修飾とオートファジーを物理的に結びつけるタンパク質がオートファジーアダプターである。哺乳類に5種類同定されているアダプターの中で、NDP52とOPTNはミトコンドリア分解に必須である。
昨年度にOPTNがTBK1キナーゼを活性化する分子メカニズムを明らかにしたが、NDP52がどのようにTBK1キナーゼと協調して、オートファジーを誘導しているかは不明であった。そこでこの問題を解決するため、NDP52とTBK1の相互作用を仲介する2つのアダプター分子:AZI2とTBKBP1に注目した。まず、OPTNノックアウト細胞のAZI2遺伝子とTBK1BP1遺伝子を片方、あるいは両方、CRISPR/Cas9法でノックアウトしたHeLa細胞を作製した。マイトファジーの活性をHalo-tag processing assayで検証した結果、AZI2がNDP52に依存したマイトファジーに必須であることがわかった。また、マイトファジーの誘導刺激によって、NDP52とAZI2はミトコンドリア近傍で形成される隔離膜に集積することがわかった。マイトファジーの誘導によってAZI2がTBK1によってリン酸化され、マイトファジーの駆動に必要であることも突き止めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

マイトファジーを誘導するとTBK1は自己リン酸化によって活性化し、哺乳類に同定されている5種類すべてのオートファジーアダプターをリン酸化する。TBK1の自己リン酸化にはOPTNが極めて重要であるが、NDP52を介したオートファジーの駆動にもTBK1が必須であることがわかった。すなわち、マイトファジーの駆動にはOPTNとNDP52の2つのアダプターが重複した機能を持つが、両者はTBK1によって正に制御されていることを明らかにすることができた。NDP52はTBK1と直接相互作用しないため、その相互作用の仲介には別の因子が必要であるが、これがAZI2であることを見出した。一方、AZI2と類似したドメイン構造を持つTBKBP1はNDP52駆動のオートファジーには必要ではなかった。TBKBP1のオートファジーにおける役割は現在不明であるが、TAX1BP1を介したアグリファジーの制御に重要であるかもしれない。

Strategy for Future Research Activity

今後はまず、TAX1BP1を介したアグリファジーの誘導にTBKBP1が必要であるかを検証する。我々はAZI2やTBKBP1をさまざまなオートファジーアダプターとともに欠損させた細胞を樹立しているので、それを有効に活用したい。TAX1BP1とTBKBP1の機能的相互作用が明らかになるとアグリファジーにおけるTBK1の機能解明にも繋がると期待される。
さらに昨年度、OPTNと相互作用してマイトファジーを駆動すると予想された機能未知タンパク質が、リボソームで合成直後のRAB7Aを可溶性に保つシャペロンであることを見出した。これについても解析を進めていく予定である。

Report

(3 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2025 2024 2023 2022 Other

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 9 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Book (2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Mitochondrial YME1L1 governs unoccupied protein translocase channels2025

    • Author(s)
      Hsu Meng-Chieh、Kinefuchi Hiroki、Lei Linlin、Kikuchi Reika、Yamano Koji、Youle Richard J.
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 27 Issue: 2 Pages: 309-321

    • DOI

      10.1038/s41556-024-01571-z

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] AAA+ ATPase chaperone p97/VCPFAF2 governs basal pexophagy2024

    • Author(s)
      Koyano Fumika、Yamano Koji、Hoshina Tomoyuki、Kosako Hidetaka、Fujiki Yukio、Tanaka Keiji、Matsuda Noriyuki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 9347-9347

    • DOI

      10.1038/s41467-024-53558-x

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] TBK1 adaptor AZI2/NAP1 regulates NDP52-driven mitochondrial autophagy2024

    • Author(s)
      Endo Ryu、Kinefuchi Hiroki、Sawada Momoha、Kikuchi Reika、Kojima Waka、Matsuda Noriyuki、Yamano Koji
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 300 Issue: 10 Pages: 107775-107775

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.107775

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The origin of esterase activity of Parkinson's disease causative factor DJ-1 implied by evolutionary trace analysis of its prokaryotic homolog HchA2024

    • Author(s)
      Watanabe A, Koyano F, Imai K, Hizukuri Y, Ogiwara S, Ito T, Miyamoto J, Shibuya C, Kimura M, Toriumi K, Motono C, Arai M, Tanaka K, Akiyama Y, Yamano K, Matsuda N.
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 300(7) Issue: 7 Pages: 107476-107476

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.107476

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Optineurin provides a mitophagy contact site for TBK1 activation2024

    • Author(s)
      Yamano Koji、Sawada Momoha、Kikuchi Reika、Nagataki Kafu、Kojima Waka、Endo Ryu、Kinefuchi Hiroki、Sugihara Atsushi、Fujino Tomoshige、Watanabe Aiko、Tanaka Keiji、Hayashi Gosuke、Murakami Hiroshi、Matsuda Noriyuki
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 43 Issue: 5 Pages: 754-779

    • DOI

      10.1038/s44318-024-00036-1

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    • Author(s)
      Cui Mengying、Yamano Koji、Yamamoto Kenichi、Yamamoto-Imoto Hitomi、Yamamoto Takeshi、Matsui Sho、Shima Takayuki、Tsuchiya Megumi、Nishino Kohei、Layden Brian T.、Kato Hisakazu、Ogawa Hidesato、Oki Shinya、Okada Yukinori、Isaka Yoshitaka、Kosako Hidetaka、Matsuda Noriyuki、Yoshimori Tamotsu、Nakamura Shuhei (一部省略)
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 121 Issue: 2

    • DOI

      10.1073/pnas.2306454120

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mitochondrial lipid dynamics regulated by MITOL-mediated ubiquitination2023

    • Author(s)
      Yamano Koji、Kinefuchi Hiroki、Kojima Waka
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 175 Issue: 3 Pages: 217-219

    • DOI

      10.1093/jb/mvad117

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mitochondrial quality control via organelle and protein degradation2023

    • Author(s)
      Yamano Koji、Kinefuchi Hiroki、Kojima Waka
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 175 Issue: 5 Pages: 487-494

    • DOI

      10.1093/jb/mvad106

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Elucidation of ubiquitin-conjugating enzymes that interact with RBR-type ubiquitin ligases using a liquid-liquid phase separation-based method2023

    • Author(s)
      Hayashida Ryota、Kikuchi Reika、Imai Kenichiro、Kojima Waka、Yamada Tatsuya、Iijima Miho、Sesaki Hiromi、Tanaka Keiji、Matsuda Noriyuki、Yamano Koji
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Issue: 2 Pages: 102822-102822

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102822

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Integrated proteomics identifies p62-dependent selective autophagy of the supramolecular vault complex2023

    • Author(s)
      Kurusu Reo、Fujimoto Yuki、Morishita Hideaki、Noshiro Daisuke、Takada Shuhei、Yamano Koji、Tanaka Hideaki、Arai Ritsuko、Kageyama Shun、Funakoshi Tomoko、Komatsu-Hirota Satoko、Taka Hikari、Kazuno Saiko、Miura Yoshiki、Koike Masato、Wakai Toshifumi、Waguri Satoshi、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      Developmental Cell

      Volume: - Issue: 13 Pages: 1189-1205

    • DOI

      10.1016/j.devcel.2023.04.015

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      Koji Yamano
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  • [Presentation] Functional analysis of a folding chaperone for RAB GTPase to regulate their protein lifetime.2024

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      Koji Yamano
    • Organizer
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      Koji Yamano
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  • [Presentation] Identification and functional analysis of a folding chaperone for RAB7A GTPase2023

    • Author(s)
      Koji Yamano
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    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
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    • Organizer
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    • Author(s)
      山野 晃史
    • Organizer
      第74回日本細胞生物学会大会
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  • [Book] 疾患研究につながるオルガネラ実験必携プロトコール2024

    • Author(s)
      田村康, 山野晃史
    • Publisher
      羊土社
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  • [Book] 実験医学2023

    • Author(s)
      山野晃史
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      羊土社
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  • [Remarks] 損傷ミトコンドリアがオートファジーで選択的に分解される作用機序を解明

    • URL

      https://www.tmd.ac.jp/press-release/20240206-1/

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      2023 Annual Research Report
  • [Remarks] Even cells know the importance of recycling

    • URL

      https://www.eurekalert.org/news-releases/1037338

    • Related Report
      2023 Annual Research Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2025-12-26  

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