Project/Area Number |
23K23861
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
|
Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 43050:Genome biology-related
|
Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
Principal Investigator |
伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
|
Project Period (FY) |
2024-04-01 – 2025-03-31
|
Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
|
Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
|
Keywords | ゲノムアセンブル / de bruijn グラフ |
Outline of Research at the Start |
申請者らが開発したPlatanus-alleeアセンブラを基盤とし、相同染色体の両アレル配列を個別にフェージングして構築し、対立アレルのペアと して対応関係を含め精度高く出力することを可能にする新規アセンブラの開発を実施する。 polish用途で用いられるIllumina pair-endデータよりde bruijnグラフを構築し、Longreadにてscaffoldingする機能を新規に構築することで 実現を目指す。その際にPlatanus-alleeが持つ、相同染色体の対応を「バブル構造」として保持可能なユニークなアルゴリズムを用いることで 、ヘテロ接合性の高いゲノムへの対応を図る。
|