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A synthetic metabolic network based on RNA modification for biological homeostasis

Research Project

Project/Area Number 23K24075
Project/Area Number (Other) 22H02813 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

小川 亜希子  東北大学, 加齢医学研究所, 助教 (00868565)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松田 盛  東北大学, 加齢医学研究所, 助教 (00884272)
魏 范研  東北大学, 加齢医学研究所, 教授 (90555773)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
KeywordsRNA修飾 / 核酸代謝 / エピトランスクリプトーム / アデノシン / 代謝 / 修飾ヌクレオシド / 核酸医学 / 酵素 / エピトランスクリプトミクス / 液性因子
Outline of Research at the Start

ヌクレオシドはRNAの構成成分であり、幅広い生理活性を示すシグナル因子でもある。これまでの核酸シグナルはアデノシンやATPを中心に長年 研究され、受容体とシグナル経路の同定により完成の域に入っているが、RNAに存在する多種多様な化学修飾に関する近年の発見により、概念 の再構築が迫られている。申請者はこれまで修飾RNAの観点から研究を進めた結果、多彩な化学修飾を含む新しい概念の核酸因子群を発見した 。本研究ではこれらの核酸因子群の代謝機構の全容解明を目的とする。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では多彩な化学修飾を含むRNAメタボライトで構成される核酸因子群の新規代謝経路の同定と機能解析を目的とする。当該年度には、研究計画に基づき、主に修飾アデノシンであるm6Aと、同様に細胞毒性を持つ他の修飾ヌクレオシドの代謝に関わる2種類の酵素のノックアウトマウスの解析を行った。そのうち上流で働く酵素のノックアウトマウスは生後8日以内に全例が死亡するという劇的な表現型であったため、生後5日で解析を行った。下流で働く酵素のノックアウトマウスは生育に関しては野生型マウスとほぼ変化のない結果であった。どちらのノックアウトマウスも生体内でRNAメタボライトが異常に蓄積していた。さらにノックアウトマウスの網羅的解析を行う中で、血液検査、構造的解析、トランスクリプトーム解析、およびin vitro解析などを行うことで、m6A異常が脂質代謝異常および糖代謝異常に関連することを同定し、この分子メカニズムを新たに明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

ノックアウトマウスの表現型の分子メカニズムをRNA-seq、ウエスタンブロット、免疫染色、および当該酵素の阻害剤を用いた細胞実験で明らかにし、修飾RNAの代謝アダプテーションの異常が疾患発症に直接つながりうることを示すことができたため。

Strategy for Future Research Activity

m6Aの代謝については一連のメカニズムを明らかにすることができたため、そのほかのさまざまなRNAにも研究を広げる方針である。また、これまで本研究課題で得た成果を英文原著論文にまとめて投稿中であるため、論文採択にむけての取り組みも行う予定である。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP)2023

    • Author(s)
      Ahmad Raja Norazireen?Raja、Zhang Long-Teng、Morita Rikuri、Tani Haruna、Wu Yong、Chujo Takeshi、Ogawa Akiko、Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 52 Issue: 3 Pages: 1341-1358

    • DOI

      10.1093/nar/gkad1197

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Activation of the urotensin-II receptor by remdesivir induces cardiomyocyte dysfunction2023

    • Author(s)
      Ogawa Akiko、Ohira Seiya、Kato Yuri、Ikuta Tatsuya、Yanagida Shota、Mi Xinya、Ishii Yukina、Kanda Yasunari、Nishida Motohiro、Inoue Asuka、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1038/s42003-023-04888-x

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Activation of the urotensin-II receptor by remdesivir induces cardiomyocyte dysfunction.2023

    • Author(s)
      Ogawa A, Ohira S, Kato Y, Ikuta T, Yanagida S, Mi X, Ishii Y, Kanda Y, Nishida M, Inoue A, Wei FY
    • Journal Title

      Communications Biology, in press

      Volume: -

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Urinary excretion of modified nucleosides after COVID-19 vaccination2022

    • Author(s)
      小川 亜希子、松尾 紀孝、齋藤 一創、魏 范研
    • Journal Title

      Gout and Uric & Nucleic Acids

      Volume: 46 Issue: 2 Pages: 105-113

    • DOI

      10.14867/gnamtsunyo.46.2_105

    • ISSN
      2435-0095
    • Year and Date
      2022-12-20
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Metabolic regulation of modified RNA in immunity and disease2023

    • Author(s)
      Akiko Ogawa
    • Organizer
      Karolinska Institutet and Tohoku University Meeting
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Modified adenosine metabolism safeguards energy balance2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第24回日本RNA学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 緑内障病態における ミトコンドリア特異的RNA修飾の機能2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第34回日本緑内障学会(学会長企画)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] COVID19治療薬レムデシビルは ウロテンシン受容体を活性化することで 心筋細胞の機能不全を引き起こす2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第96回 日本生化学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA修飾とその代謝シグナルが開拓する 生体の病態生理学2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 修飾RNAの分解産物による オートファジー経路の解明に向けて2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第15回オートファジー研究会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Extracellular modified nucleosides derived from RNA catabolism activates GPCR2023

    • Author(s)
      Akiko Ogawa
    • Organizer
      第82回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] COVID19治療薬レムデシビルの 副作用の機序解明2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第57回日本痛風・尿酸核酸学会総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Modified adenosine metabolism safeguards energy balance2023

    • Author(s)
      小川 亜希子
    • Organizer
      第101回日本生理学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] RNA由来修飾核酸の代謝酵素の同定2023

    • Author(s)
      小川亜希子
    • Organizer
      第56回 日本痛風・尿酸核酸学会総会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] RNAモドミクスが開拓する新しい眼内病態生理学2022

    • Author(s)
      小川亜希子
    • Organizer
      第126回日本眼科学会総会 シンポジウム10 オミクス解析によって開かれる新しい扉
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 緑内障術後線維化における RNA 修飾の変動2022

    • Author(s)
      小川亜希子
    • Organizer
      第 25 回眼科分子生物学研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Metabolic regulation of modified RNA in immunity and disease2022

    • Author(s)
      小川亜希子
    • Organizer
      第23回日本RNA学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Identification of novel sulfur RNA modification and investigation of its possible functions in physiology and pathology2022

    • Author(s)
      Akiko Ogawa
    • Organizer
      The 12th International Conference on the Biology, Chemistry, and Therapeutic Applications of Nitric Oxide
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Exploring the role of RNA modification in autophagy-related signaling2022

    • Author(s)
      Akiko Ogawa
    • Organizer
      The 10th International Symposium on Autophagy(ISA2022)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Activation of the urotensin-II receptor by remdesivir induces cardiomyocyte dysfunction2022

    • Author(s)
      小川亜希子
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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