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APOBEC3Aによる抗ウイルス作用と変異導入の分子機序に関する新たな展開

Research Project

Project/Area Number 23K24144
Project/Area Number (Other) 22H02882 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 49060:Virology-related
Research InstitutionNational Hospital Organization Nagoya Medical Center

Principal Investigator

岩谷 靖雅  独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), その他部局等, 部長 (90303403)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Keywordsレトロウイルス / 抗ウイルス作用 / APOBEC3A / RNA / 変異 / 核酸 / 構造
Outline of Research at the Start

宿主由来のAPOBEC3AはDNAのみに作用する酵素であると考えられてきたが, 近年, 申請者らはウイルスのRNAにも変異を導入することを見出した。このRNA編集現象の情報を活用して, 未だ明らかでない, 「APOBEC3Aによる抗レトロウイルス作用, ウイルス遺伝子の多様変化, ならびにその分子機序」を解明する研究を実施する。近視的には, 薬剤耐性ウイルスの出現への影響や新たな疾患との因果関係の発見にもつながる学術的情報を得る。

Outline of Annual Research Achievements

我々は、抗レトロウイルス因子であるシチジン脱アミノ化酵素APOBEC3ファミリー(A, B, C, D, F, GおよびHの7種)のうち、APOBEC3Aのみが、SARS-CoV-2 RNA中のC塩基をU塩基に変換する酵素活性(RNA編集)を有すること、そして、ウイルス遺伝子の変異を誘導することを見出し報告してきた(Nakata et al. NAR 2023)。これまでDNAを標的とする酵素と考えられてきたAPOBEC3Aによる、抗レトロウイルス作用と変異導入効果の分子機序、ならびに細胞内制御機序に関して、RNA編集という視点から精査することを目的で研究を進めている。本年度は、1)APOBEC3AによるHIV-1ゲノムの遺伝的多様性への影響と細胞内作用点、2)上皮系細胞におけるAPOBEC3Aの発現制御、について新たな知見を取得した。まず、HIV-1に対する抗ウイルス効果 (約2.5倍)は低く、酵素活性依存的であることが示された。しかし、遺伝的多様性はセンス依存的にUC>UU変異が優位に認められ、HIV-1の試験管内における継代と共に蓄積することが分かった。ウイルス感染標的細胞ではなく、ウイルス産生細胞に過剰発現した場合にのみその効果は認められたことから、APOBEC3Aによる効果はウイルス複製後期過程であり、ゲノムRNA発現からウイルス出芽・放出過程の間(粒子取込みが認められないため)であることを明らかにした。今後、APOBEC3Aにより、細胞指向性変化など、具体的なウイルス表現型が変化する傾向にあるのかを解析する必要がある。次に、発現制御については、上皮系細胞では、APOBEC3AがTNF-a/1型インターフェロンあるいはTNF-a/PMAのいずれかで誘導される2通りの細胞種が存在することを明らかにした。非腫瘍性乳腺細胞MCF10Aでは、上皮成長因子(EGF)がAPOBEC3Aの発現誘導(制御)に影響を与える主要な因子であることが判明した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

APOBEC3AのRNA編集効果によるHIV-1の遺伝的変化と作用機作、ならびに変異原性(がん化)に関わる細胞内発現制御に関する新たな知見を取得した点では順調に研究が進展した。一方で、レトロトランスポゾンに対する効果と作用機序に関する研究について進捗が少なかった。以上の理由から、総じておおむね順調に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

APOBEC3A発現下で順化継代したウイルスの表現型を網羅的に解析することにより、APOBEC3AによるHIV-1の遺伝的変化への影響と意義を考察する。さらに、レトロトランスポゾンに対するAPOBEC3Aの影響についてもLINE-1を用いて詳細な解析し、APOBEC3AのRNA編集作用によるレトロウイルスへの影響について総合的に考察する予定である。さらに、上皮系細胞細胞におけるAPOBEC3A発現誘導とレトロトランスポゾンの制御、外来性遺伝子および宿主mRNAへの影響についても解析し、レトロウイルスに対する効果だけでなく生体に与える「APOBEC3AによるRNA編集効果」を分析し、新たな知見を取得していく予定である。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (25 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (16 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 16 results,  Open Access: 13 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Safety and immunogenicity of VLPCOV-02, a SARS-CoV-2 self-amplifying RNA vaccine with a modified base, 5-methylcytosine2024

    • Author(s)
      Aboshi Masayuki、Matsuda Kenta、Kawakami Daisuke、Kono Kaoru、Kazami Yoko、Sekida Takashi、Komori Mai、Morey Amber L.、Suga Shigeru、Smith Jonathan F.、Fukuhara Takasuke、Iwatani Yasumasa、Yamamoto Takuya、Sato Nobuaki、Akahata Wataru
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 27 Issue: 2 Pages: 108964-108964

    • DOI

      10.1016/j.isci.2024.108964

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  • [Journal Article] Safety and immunogenicity of SARS-CoV-2 self-amplifying RNA vaccine expressing an anchored RBD: A randomized, observer-blind phase 1 study2023

    • Author(s)
      Akahata Wataru、他(16)、Iwatani Yasumasa、Yamamoto Takuya、Smith Jonathan F.、Sato Nobuaki
    • Journal Title

      Cell Reports Medicine

      Volume: 4 Issue: 8 Pages: 101134-101134

    • DOI

      10.1016/j.xcrm.2023.101134

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  • [Journal Article] Sticklac-Derived Natural Compounds Inhibiting RNase H Activity of HIV-1 Reverse Transcriptase2023

    • Author(s)
      Ito Yuma、Lu Huiyan、Kitajima Mariko、Ishikawa Hayato、Nakata Yoshihiro、Iwatani Yasumasa、Hoshino Tyuji
    • Journal Title

      Journal of Natural Products

      Volume: 86 Issue: 11 Pages: 2487-2495

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.3c00662

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  • [Journal Article] saRNA vaccine expressing membrane-anchored RBD elicits broad and durable immunity against SARS-CoV-2 variants of concern2023

    • Author(s)
      Komori Mai、Nogimori Takuto、Morey Amber L.、Sekida Takashi、Ishimoto Keiko、Hassett Matthew R.、Masuta Yuji、Ode Hirotaka、Tamura Tomokazu、Suzuki Rigel、Alexander Jeff、Kido Yasutoshi、Matsuda Kenta、Fukuhara Takasuke、Iwatani Yasumasa、Yamamoto Takuya、Smith Jonathan F.、Akahata Wataru
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 2810-2810

    • DOI

      10.1038/s41467-023-38457-x

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    • Author(s)
      Sugimoto Atsuko、Watanabe Takahiro、Matsuoka Kazuhiro、Okuno Yusuke、Yanagi Yusuke、Narita Yohei、Mabuchi Seiyo、Nobusue Hiroyuki、Sugihara Eiji、Hirayama Masaya、Ide Tomihiko、Onouchi Takanori、Sato Yoshitaka、Kanda Teru、Saya Hideyuki、Iwatani Yasumasa、Kimura Hiroshi、Murata Takayuki
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: 11 Issue: 4

    • DOI

      10.1128/spectrum.00440-23

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  • [Journal Article] Inactivation characteristics of a 280?nm Deep-UV irradiation dose on aerosolized SARS-CoV-22023

    • Author(s)
      Takamure Kotaro、Iwatani Yasumasa、Amano Hiroshi、Yagi Tetsuya、Uchiyama Tomomi
    • Journal Title

      Environment International

      Volume: 177 Pages: 108022-108022

    • DOI

      10.1016/j.envint.2023.108022

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  • [Journal Article] Virological outcomes of various first-line ART regimens in patients harbouring HIV-1 E157Q integrase polymorphism: a multicentre retrospective study2023

    • Author(s)
      Uno Shunsuke、(他(22)、Iwatani Yasumasa、Hachiya Atsuko、Kato Shingo、Hasegawa Naoki、Yoshimura Kazuhisa、Sugiura Wataru、Kikuchi Tadashi
    • Journal Title

      Journal of Antimicrobial Chemotherapy

      Volume: 78 Issue: 12 Pages: 2859-2868

    • DOI

      10.1093/jac/dkad319

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  • [Journal Article] Cellular APOBEC3A deaminase drives mutations in the SARS-CoV-2 genome2023

    • Author(s)
      Nakata Yoshihiro、Ode Hirotaka、Kubota Mai、Kasahara Takaaki、Matsuoka Kazuhiro、Sugimoto Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 51 Issue: 2 Pages: 783-795

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1238

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  • [Journal Article] Association of a third vaccination with antibody levels and side reactions in essential workers: A prospective cohort study2023

    • Author(s)
      Hamada Hiroshi、Futamura Masaki、Ito Hiroto、Yamamoto Ryoko、Yata Kenji、Iwatani Yasumasa、Inoue Hirotaka、Fukatsu Noriaki、Nagai Hirokazu、Hasegawa Yoshinori
    • Journal Title

      Vaccine

      Volume: 41 Issue: 9 Pages: 1632-1637

    • DOI

      10.1016/j.vaccine.2023.01.050

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular epidemiological features of SARS-CoV-2 in Japan, 2020?12022

    • Author(s)
      Ode Hirotaka、Nakata Yoshihiro、Nagashima Mami、Hayashi Masaki、Yamazaki Takako、Asakura Hiroyuki、Suzuki Jun、Kubota Mai、Matsuoka Kazuhiro、Matsuda Masakazu、Mori Mikiko、Sugimoto Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Sadamasu Kenji、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Virus Evolution

      Volume: 8 Issue: 1

    • DOI

      10.1093/ve/veac034

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  • [Journal Article] Blocking effect of desktop air curtain on aerosols in exhaled breath2022

    • Author(s)
      Takamure Kotaro、Sakamoto Yasuaki、Yagi Tetsuya、Iwatani Yasumasa、Amano Hiroshi、Uchiyama Tomomi
    • Journal Title

      AIP Advances

      Volume: 12 Issue: 5 Pages: 055323-055323

    • DOI

      10.1063/5.0086659

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  • [Journal Article] Evaluation of the Geenius HIV 1/2 confirmatory assay for HIV-2 samples isolated in Japan2022

    • Author(s)
      Shigemi Urara、Yamamura Yoshimi、Matsuda Masakazu、Okazaki Reiko、Kubota Mai、Ibe Shiro、Nemoto Michiko、Maejima-Kitagawa Masami、Sukegawa Sayaka、Imahashi Mayumi、Kikuchi Tadashi、Sugiura Wataru、Iwatani Yasumasa、Hachiya Atsuko、Yokomaku Yoshiyuki
    • Journal Title

      Journal of Clinical Virology

      Volume: 152 Pages: 105189-105189

    • DOI

      10.1016/j.jcv.2022.105189

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  • [Journal Article] Nanopore Sequencing for Characterization of HIV-1 Recombinant Forms2022

    • Author(s)
      Mori Mikiko、Ode Hirotaka、Kubota Mai、Nakata Yoshihiro、Kasahara Takaaki、Shigemi Urara、Okazaki Reiko、Matsuda Masakazu、Matsuoka Kazuhiro、Sugimoto Atsuko、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: 10 Issue: 4

    • DOI

      10.1128/spectrum.01507-22

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  • [Journal Article] Development of a novel Macaque-Tropic HIV-1 adapted to cynomolgus macaques2022

    • Author(s)
      Ode Hirotaka、Saito Akatsuki、Washizaki Ayaka、Seki Yohei、Yoshida Takeshi、Harada Shigeyoshi、Ishii Hiroshi、Shioda Tatsuo、Yasutomi Yasuhiro、Matano Tetsuro、Miura Tomoyuki、Akari Hirofumi、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Journal of General Virology

      Volume: 103 Issue: 10 Pages: 001790-001790

    • DOI

      10.1099/jgv.0.001790

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  • [Journal Article] Dissecting Naturally Arising Amino Acid Substitutions at Position L452 of SARS-CoV-2 Spike2022

    • Author(s)
      Tan Toong Seng、Toyoda Mako、Ode Hirotaka、Barabona Godfrey、Hamana Hiroshi、Kitamatsu Mizuki、Kishi Hiroyuki、Motozono Chihiro、Iwatani Yasumasa、Ueno Takamasa
    • Journal Title

      Journal of Virology

      Volume: 96 Issue: 20

    • DOI

      10.1128/jvi.01162-22

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    • Author(s)
      Takamure Kotaro、Sakamoto Yasuaki、Iwatani Yasumasa、Amano Hiroshi、Yagi Tetsuya、Uchiyama Tomomi
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      Environment International

      Volume: 170 Pages: 107580-107580

    • DOI

      10.1016/j.envint.2022.107580

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      中田佳宏, 大出裕高, 久保田舞, 今橋真弓, 横幕能行, 岩谷靖雅
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      大出裕高, 松田昌和, 重見麗, 山村喜美, 森美喜子, 今橋真弓, 横幕能行, 岩谷靖雅
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      岩谷靖雅
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      Iwatani Y
    • Organizer
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  • [Presentation] SARS-CoV-2ゲノムの遺伝的多様性に対するAPOBEC3の影響2022

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      中田佳宏、大出裕高、久保田舞、今橋真弓、横幕能行、岩谷靖雅
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      第69回日本ウイルス学会学術集会
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      松岡和弘、中田佳宏、大出裕高、大野美希、久保田舞、杉本温子、岩谷靖雅
    • Organizer
      第36回日本エイズ学会学術集会
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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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