Cell fate control by lncRNA regulating genetic specificities of epigenetic factors

• Project/Area Number: 23K24162
• Project/Area Number (Other): 22H02901 (2022-2023)
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund (2024); Single-year Grants (2022-2023)
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 50010:Tumor biology-related
• Research Institution: Hamamatsu University School of Medicine
• Principal Investigator: 北川 雅敏 浜松医科大学, 医学部, 教授 (50294971)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 松本 雅記 新潟大学, 医歯学系, 教授 (60380531) ; 大畑 樹也 浜松医科大学, 医学部, 助教 (80616459) ; 酒井 聡 浜松医科大学, 医学部, 助教 (50566081) ; 内田 千晴 浜松医科大学, 光医学総合研究所, 准教授 (60223567)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2026-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000); Fiscal Year 2025: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000); Fiscal Year 2024: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000); Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000); Fiscal Year 2022: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
• Keywords: 長鎖ノンコーディングRNA / エピゲノム制御 / 細胞運命制御 / ノンコーディングRNA / シグナル伝達 / 細胞運命 / がん

Outline of Research at the Start

我々は、がん細胞の運命決定因子の一つであるTGF-betaシグナルによって新規長鎖ncRNA ( lncRNA) ELIT-1 が誘導されてSmad3と結合しEMTを促進することを見出した。本研究ではさらにChIRP-seq、ChIRP-MS、ChIP-seq、RNA-seqなどを駆使して、TGF-beta-Smad-ELIT-1-KDM6B-H3K27脱メチル化の機能的相互作用の実態が証明する。さらに網羅的に解析を行い、転写因子とエピゲノム因子のハブとして結合するlncRNAが存在し、そのaxisがエピゲノム因子の遺伝子特異性を規定する１メカニズムであることを実証する。