| Project/Area Number |
23K24233
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| Project/Area Number (Other) |
22H02972 (2022-2023)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023) |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 52010:General internal medicine-related
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
長谷川 寛雄 長崎大学, 病院(医学系), 准教授 (00398166)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
斎藤 益満 国立感染症研究所, 感染症危機管理研究センター, 主任研究官 (20571045)
柳原 克紀 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 教授 (40315239)
今泉 芳孝 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 客員研究員 (40404305)
佐々木 大介 長崎大学, 病院(医学系), 技術職員 (90624784)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥15,730,000 (Direct Cost: ¥12,100,000、Indirect Cost: ¥3,630,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
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| Keywords | HTLV-1 / 組み込み部位 / 遺伝子検査 / ATL |
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| Outline of Research at the Start |
ヒトT 細胞白血病ウイルス1型（HTLV-1）感染者の約5%が成人T 細胞白血病・リンパ腫（ATL）を発症するが、その機序および発症リスクは不明である。これまでの申請者らの研究成果として、HTLV-1のヒトゲノムへの組込み部位を簡便に検出し、同時にクロナリティを評価できる検査の原型（RAISE法）を開発した。本研究においてはRAISE法をさらに進化させ、ATL発症のリスク評価を含めた検査系を確立し、本検査法がATLの診断基準の一部となるような完成型を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヒトT 細胞白血病ウイルス1型（HTLV-1）感染者の約5%が成人T 細胞白血病・リンパ腫（ATL）を発症するが、その機序は不明である。申請者らは、HTLV-1のヒトゲノムへの組込み部位を簡便に検出し、クロナリティも評価できる検査の原型（RAISE法）を開発した。ただしこの方法では、クロナリティを定量的に評価できるcut off index (COI)に該当する基準がないことが制約であった。本研究の目的は「クロナリティを定量的に評価できる検査」と「組込み部位解析とHTLV-1遺伝子変異解析によるクローンのリスク評価」の2つを包括した検査系を実用化することである。
2023年度までにRAISE法に関しては感度と簡便性を高めたRAISING法へと改良を重ねた。サンガーシークエンス法から塩基編集効率を測定するプログラム「EditR」（CRISPR J 2018;1(3):239-250.）に着目し、これをベースとした解析ソフトウエアを開発し、評価した。シークエンスデータのメインクローンのスペクトル値の割合（クロナリティバリュー）を算出すると、その値はATL症例では0.5-1.0の領域に収束し、キャリアにおいては0.1前後の領域に収束する傾向であり、COIが設定可能であった（Commun Biol. 2022 Jun 2;5(1):535.）。この成果を論文化することができたが、検体収集方法によっては、必ずしもCOI数値が同等ではない場合があることも判明した。一方で他の検体群においてはCOIによって必ずしも高感度・特異度が得られない場合もあり、精度を高める方法の模索を開始している。また、可能な限り長期間の経時的な評価をおこなうことも重要な目的であり、継続中である。さらに、HTLV-1遺伝子解析と組込み部位解析に関しては、クローン毎の評価を開始しており、データを集積中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
申請者らが開発したRAISE法を改良しRAISING法へと進歩を重ねることができた。RAISE法ではクロナリティ判定に定量性を持たせることが困難であったが、サンガーシークエンス法から塩基編集効率を測定するプログラムに着目し、これをベースとした解析ソフトウエアを開発し、取り込むことができた。シークエンスデータのメインクローンのスペクトル値の割合（クロナリティバリュー：CV）を算出すると、その値はATL症例では0.5-1.0の領域に収束しキャリアにおいては0.1前後の領域に収束する傾向であり、COIが設定可能であった（Commun Biol. 2022 Jun 2;5(1):535.）。これらの成果を論文化することができたことから順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
申請者らが開発したRAISE法に関しては感度と簡便性を高めたRAISING法へと改良することができた。RAISE法ではクロナリティ判定に定量性を持たせることが困難であったが、サンガーシークエンス法から塩基編集効率を測定するプログラムに着目し、これをベースとした解析ソフトウエアを開発した。シークエンスデータのメインクローンのスペクトル値の割合（クロナリティバリュー：CV）を算出すると、その値はATL症例では0.5-1.0の領域に収束しキャリアにおいては0.1前後の領域に収束する傾向であり、COIが設定可能であった。この成果を論文発表することができたが、一方で他の検体群においてはCOIによって必ずしも高感度・特異度が得られない場合もあり、その原因の追究や精度を高める方法の模索を開始しており、今後の課題である。本法をATL発症を判断する検査法として実用化することが最終的な目標であることから、臨床科における評価を求めていく必要があり、今後の課題である。また、可能な限り長期間の経時的な評価をおこなうことも重要な目的であり、継続する必要がある。さらに、HTLV-1遺伝子解析と組込み部位解析に関しては、クローン毎の評価を開始しており、データの集積を続ける。
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