Genomic instability and immunology of hepato-biliary cancer
| Project/Area Number |
23K24324
|
|---|
| Project/Area Number (Other) |
22H03063 (2022-2023)
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023) |
|---|
| Section | 一般 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 53010:Gastroenterology-related
|
|---|
| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
|---|
Principal Investigator |
中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中村 透 北海道大学, 医学研究院, 助教 (70645796)
大野 敦司 広島大学, 医系科学研究科(医), 助教 (80774645)
相方 浩 広島大学, 医系科学研究科(医), 専門研究員 (30403512)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
|
| Budget Amount *help |
¥13,520,000 (Direct Cost: ¥10,400,000、Indirect Cost: ¥3,120,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
|
|---|
| Keywords | 肝臓がん / ゲノム / 空間的発現解析 / 胆道がん / 膵がん / シークエンス解析 / ゲノム不安定 / 肝胆膵がん / がんゲノム / 空間的RNA解析 / 腫瘍免疫 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
本研究では、最新のlong-read sequencingによる肝胆がんの全ゲノム（WGS）解析を行い、ウイルスゲノムも含めて、そのマクロ的なゲノム構造を明らかにし、肝胆がんのゲノム不安定性の機序を解明する。また、免疫ゲノム解析のデータと合わせて、ゲノム不安定性と関連することが提唱されている免疫逃避機構の機序を明らかにする。肝臓と胆管の前がん病変や微小病変を対象として、in situ single-cell RNAseq(10x Visium) を行って、肝胆がんの腫瘍不均一性とともに、発生初期段階でのゲノム不安定の特徴および免疫的特性を解明することを目的とする。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
これまで国際連携での肝がんの全ゲノム解析を進めており、中国人特有の変異シグニチャー（アリストロキア酸暴露関連）を同定し、論文発表をおこなった（Nature. 627:586-593, 2024) 。また、ICGC/PCAWGで報告してきた肝がん（Nature 2020）やNBNCで発生原因不明のHCCを含め、合計360例の肝がんの全ゲノム変異データを集計した。
B型肝炎、C型肝炎、アルコール性肝炎、およびNASHの凍結保存肝組織について、空間的RNA発現解析（Visium）を行い、HCV肝炎肝臓のデータより、HCVの配列を有する感染肝細胞を同定し、その周辺の非感染肝細胞とのRNA発現の比較検討をおこなった。
胆道がん（合計200例）および膵臓がん（90例）の切除標本より、exome およびRNAseq、そして小腸組織のRNAseqをおこない、放射線療法の分子および免疫レベルでの影響を解析した。
分担者の広島大学の肝がんについて、ゲノム変異、RNA発現プロファイルと免疫プロファイルとMRIの所見との関連解析を行い、肝がんの免疫環境や免疫療法の効果との関連について解析し、論文発表をおこなった（Cancers. 15:4234.2023）。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
これまで国際連携での肝がんの全ゲノム解析を進めており、中国人特有の変異シグニチャー（アリストロキア酸暴露関連）を同定し、論文発表をおこなった（Nature. 627:586-593 ,2024) 。また、ICGC/PCAWGで報告してきた肝がん（Nature 2020）やNBNCで発生原因不明のHCCを含め、合計360例の肝がんの全ゲノム変異データを集計した。
胆道がん、膵癌のシークエンスデータの取得を終了した。胆道がんは200
例以上、膵癌は90例。
|
| Strategy for Future Research Activity |
肝臓および胆膵がん領域のFFPE保存標本から空間的RNA発現解析（Visium）を引き続き行う。胆道がんおよび膵臓がんexome およびRNAseqについては、機械学習法にて、ゲノム変異、ＲＮＡ発現データ、免疫データ、小腸細菌叢データ、そして臨床情報を組み合わせて、予後予測のためのアルゴリズムの構築を試みる。肝臓がんにCAGEデータよりregulatory elementsを網羅的に同定し、体細胞変異が集積しているregulatory elementsの探索を行う。また、360例の肝がんの全ゲノム変異データよりシグニチャー解析を行い、飲酒、喫煙、脂肪肝、および重複がんとの関連を探索する。
|
Report
(2 results)
Research Products
(19 results)
-
-
-
-
-
[Journal Article] Deep whole genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas.2024
Author(s)
Wang H, Chen L, Xue R, Lie M, Bai J, Bao J, Wang Y, Li Z, Wang W, Wang R, Zheng B, Yang A, Hu J, Lie K, Shen S, Wang Y, Zhu Y, Gu J, Gao D, Wng XW, Nakagawa H, Zang N, Wu L, Rozen SG, Bai F, and Wang H
-
Journal Title
Nature
Volume: 627
Issue: 8004
Pages: 586-593
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] Association of hepatobiliary phase of Gd-EOB-DTPA-enhanced MRI imaging with immune microenvironment and response to atezolizumab plus bevacizumab treatment.2023
Author(s)
Tamura Y, Ono A, Nakahara H, Hayes N, Fujii Y, Zhang P, Yamauchi M, Uchikawa S, Kodama K, Teraoka Y, Fujimo H, Nakahara T, Murakami E, Serikawa M, Miki D, Kawaoka T, Okamoto W, Imamura M, Nakamura Y, Awai T, Ohdan H, Fujita M, Nakagawa H, Chayama K, Aikata H, and Oka S
-
Journal Title
Cancers
Volume: 15
Issue: 17
Pages: 4234-4234
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
[Journal Article] The presence of vessels encapsulating tumor clusters is associated with an immunosuppressive tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma.2022
Author(s)
Zhang P, Ono A, Fujii Y, Hayes CN, Tamura Y, Miura R, Shirane Y, Nakahara H, Yamauchi M, Uchikawa S, Uchida T, Teraoka Y, Fujino H, Nakahara T, Murakami E, Miki D, Kawaoka T, Okamoto W, Makokha GN, Imamura M, Arihiro K, Kobayashi T, Ohdan H, Fujita M, Nakagawa H, Chayama K, and Aikata H.
-
Journal Title
Int J Cancer.
Volume: 151
Issue: 12
Pages: 2278-2290
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
