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Single-cell multiome profiling and functional analysis of human age-associated T cells in autoimmune diseases

Research Project

Project/Area Number 23K24369
Project/Area Number (Other) 22H03110 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 54020:Connective tissue disease and allergy-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

岡村 僚久  東京大学, 医学部附属病院, 特任教授 (10528996)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 駒井 俊彦  東京大学, 医学部附属病院, 助教 (50803938)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,930,000 (Direct Cost: ¥6,100,000、Indirect Cost: ¥1,830,000)
Keywords自己免疫疾患 / 加齢関連T細胞 / ThA細胞 / T細胞 / B細胞 / T細胞
Outline of Research at the Start

各種自己免疫疾患の発症は、加齢との関連が示唆されているが、加齢から自己免疫疾患発症に至る詳細なメカニズムは不明なままである。申請者は、加齢および自己免疫疾患と関連する新規CD4陽性T細胞サブセット「ThA細胞」を同定した(Science Immunology 2024)。ThA細胞は細胞障害活性とB細胞抗体産生刺激能を有し、炎症局所に浸潤している。本課題では、SLEを中心にThA細胞のエピゲノム解析を含めたマルチオームシングルセル解析を通じて、病原性ThA細胞が誘導されるメカニズムを解明し、疾患層別化バイオマーカーの探索および個別化医療開発の基盤となる創薬ターゲットの探索を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

高齢健常人は獲得免疫の低下を伴う一方、慢性炎症性病態を伴う疾患が増加し、各種自己抗体を認める割合が増えることが知られている。この様な一見矛盾する現象は、免疫老化による影響と考えられている。各種自己免疫疾患は生産年齢より発症することが多く、加齢との関連が示唆されているが、加齢から自己免疫疾患発症に至る詳細なメカニズムは不明なままである。当研究室では、400例を超える健常人および代表的自己免疫疾患である皮膚筋炎/多発性筋炎を始めとする各種自己免疫疾患のフローサイトメトリー解析およびRNAシークエンス解析を通じて、加齢および自己免疫疾患と関連する新規CD4陽性T細胞サブセットである「ThA細胞」を同定した。
トランスクリプトームはゲノムDNAとタンパク質を繋ぐ中間形質と位置付けられ、エピゲノムは遺伝子転写過程における後成的な調節メカニズムとして機能すると考えられている。生命現象を包括的に捉えるには、両情報を統合したマルチオミックス解析を行う必要がある。近年、同一細胞でエピゲノム情報とトランスクリプトーム情報同時に取得するsingle nuclear(sn) ATAC/snRNAseqマルチオーム解析が可能となっている。本課題では、自己免疫疾患患者ThA細胞のエピゲノム解析を含めたマルチオームシングルセル解析を通じて、pathogenic ThA細胞が誘導されるメカニズムを解明し、疾患層別化バイオマーカーの探索および個別化医療開発の基盤となる創薬ターゲットの探索を目指している。2023年度は、snATAC/snRNAseqマルチオーム解析を用いたThA細胞のepigenetic制御機構の探索や、ThA細胞のin vitroにおける誘導条件の検討、ThA細胞の機能解析などを中心とした検討を実施した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本課題では、ThA細胞の免疫応答制御メカニズムを明らかにすることで、加齢に伴う免疫老化が、如何にして自己免疫疾患発症に繋がるかを解明することを目的としている。2022年度は、snATAC/snRNAseq マルチオーム解析を採用し、自己免疫疾患患者におけるトランスクリプトーム/オープンクロマチン情報の統合解析に向け、核抽出を含む検体処理からライブラリー作製、シークエンスまでを実施し、クオリティの高いデータの回収に成功した。2023年度は、マルチオーム解析用検体の回収を継続し、当該データのドライ解析に着手した。また、in vitroにおけるThA細胞誘導要件の探索を行い、ThA細胞誘導に必要なサイトカイン条件を定めた。さらに、ThA細胞のマスター制御遺伝子の同定と、その機能誘導にIFN-αが関与していることまで明らかとした。得られた成果の一部はScience Immunology誌(2024, doi: 10.1126/sciimmunol.adk1643.)に報告した。当該論文は、社会への公開を急ぐ必要のある論文として、同誌の”Immediate Release”に選出されるなど高く評価された。2023年度中に、2024年度に予定していた疾患層別化バイオマーカーとなる候補遺伝子の選定まで実施し、当初の計画以上に進展をしている。

Strategy for Future Research Activity

2024年度は、2023年度までに蓄積したsnATAC/snRNAseq マルチオーム解析と臨床情報の統合解析を行うことで、新規治療標的探索、疾患層別化バイオマーカー同定とその検証を行う。新規治療ターゲットとなる分子は、健常人および当該自己免疫疾患患者の末梢血ThAを分取した後、siRNAを用いてノックダウンを行い、B細胞抗体産生刺激能および細胞障害活性の欠失を認めるかにつき検証を行い、有望な遺伝子についてはノックアウトマウスの作製を行い、SLE新規創薬開発の基盤とする。患者リクルートおよび、マウスin vitro, in vivo実験においては、駒井特任講師と共同で検討を進める。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Age-associated CD4+ T cells with B cell-promoting functions are regulated by ZEB2 in autoimmunity.2024

    • Author(s)
      Goto M, Takahashi H, Yoshida R, Itamiya T, Nakano M, Nagafuchi Y, Harada H, Shimizu T, Maeda M, Kubota A, Toda T, Hatano H, Sugimori Y, Kawahata K, Yamamoto K, Shoda H, Ishigaki K, Ota M, Okamura T, Fujio K.
    • Journal Title

      Sci Immunol.

      Volume: 9 Issue: 93 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1126/sciimmunol.adk1643

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Multimodal repertoire analysis unveils B cell biology in immune-mediated diseases2023

    • Author(s)
      Ota Mineto、Nakano Masahiro、Nagafuchi Yasuo、Kobayashi Satomi、Hatano Hiroaki、Yoshida Ryochi、Akutsu Yuko、Itamiya Takahiro、Ban Nobuhiro、Tsuchida Yumi、Shoda Hirofumi、Yamamoto Kazuhiko、Ishigaki Kazuyoshi、Okamura Tomohisa、Fujio Keishi
    • Journal Title

      Annals of the Rheumatic Diseases

      Volume: 82 Issue: 11 Pages: 1455-1463

    • DOI

      10.1136/ard-2023-224421

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Immunomics analysis of rheumatoid arthritis identified precursor dendritic cells as a key cell subset of treatment resistance.2023

    • Author(s)
      Yamada S, Nagafuchi Y, Wang M, Ota M, Hatano H, Takeshima Y, Okubo M, Kobayashi S, Sugimori Y, Masahiro N, Yoshida R, Hanata N, Suwa Y, Tsuchida Y, Iwasaki Y, Sumitomo S, Kubo K, Shimane K, Setoguchi K, Azuma T, Kanda H, Shoda H, Zhang X, Yamamoto K, Ishigaki K, Okamura T, Fujio K
    • Journal Title

      Ann Rheum Dis

      Volume: Epub ahead of print Issue: 6 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1136/ard-2022-223645

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Transcriptome analysis of immune cells from Beh?et’s syndrome patients: the importance of IL-17-producing cells and antigen-presenting cells in the pathogenesis of Beh?et’s syndrome2022

    • Author(s)
      Okubo Mai、Sumitomo Shuji、Tsuchida Yumi、Nagafuchi Yasuo、Takeshima Yusuke、Yanaoka Haruyuki、Shirai Harumi、Kobayashi Satomi、Sugimori Yusuke、Maeda Junko、Hatano Hiroaki、Iwasaki Yukiko、Shoda Hirofumi、Okamura Tomohisa、Yamamoto Kazuhiko、Ota Mineto、Fujio Keishi
    • Journal Title

      Arthritis Research & Therapy

      Volume: 24 Issue: 1 Pages: 186-186

    • DOI

      10.1186/s13075-022-02867-x

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Control of naive and effector CD4 T cell receptor repertoires by rheumatoid-arthritis-risk HLA alleles2022

    • Author(s)
      Nagafuchi Yasuo、Ota Mineto、Hatano Hiroaki、Inoue Mariko、Kobayashi Satomi、Okubo Mai、Sugimori Yusuke、Nakano Masahiro、Yamada Saeko、Yoshida Ryochi、Tsuchida Yumi、Iwasaki Yukiko、Shoda Hirofumi、Okada Yukinori、Yamamoto Kazuhiko、Ishigaki Kazuyoshi、Okamura Tomohisa、Fujio Keishi
    • Journal Title

      Journal of Autoimmunity

      Volume: 133 Pages: 102907-102907

    • DOI

      10.1016/j.jaut.2022.102907

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Identification of a novel age-associated CD4+ T cell subset involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus.2023

    • Author(s)
      Manaka Goto, Hideyuki Takahashi, Ryochi Yoshida, Takahiro Itamiya, Masahiro Nakano, Kazuyoshi Ishigaki, Mineto Ota, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio
    • Organizer
      第52回日本免疫学会学術集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Age-associated cytotoxic CD4+ T cells in patients with autoimmune diseases.2023

    • Author(s)
      Hideyuki Takahashi, Manaka Goto, Ryochi Yoshida, Takahiro Itamiya, Masahiro Nakano, Meiko Maeda, Akatsuki Kubota, Tatsushi Toda, Kazuyoshi Ishigaki, Mineto Ota, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio
    • Organizer
      第52回日本免疫学会学術集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Immunophenotypic Categorization: A New Approach to Systemic Immune-Mediated Diseases.2023

    • Author(s)
      Izuka Shinji, Toshihiko Komai, Takahiro Itamiya, Mineto Ota, Saeko Yamada, Yasuo Nagafuchi, Hirofumi Shoda, Kosuke Matsuki, Kazuhiko Yamamoto, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio
    • Organizer
      第52回日本免疫学会学術集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Functional genomics approach in systemic lupus erythematosus2022

    • Author(s)
      Tomohisa Okamura
    • Organizer
      University of Tokyo-National Taiwan University Joint Conference
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Immunophenotypic categorization of systemic immune-mediated diseases2022

    • Author(s)
      Izuka Shinji, Toshihiko Komai, Takahiro Itamiya, Mineto Ota, Yasuo Nagafuchi, Hirofumi Shoda, Kazuhiko Yamamoto, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio
    • Organizer
      American College of Rheumatology convergence 2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] アルギニンセンサーCastor1の全身性免疫応答における役割の解明2022

    • Author(s)
      楠田 岳, 駒井 俊彦, 岡村 僚久, 藤尾 圭志
    • Organizer
      第7回日本骨免疫学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Immunological functions of Castor1 in B cells2022

    • Author(s)
      Takeshi Kusuda, Toshihiko Komai, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio
    • Organizer
      第51回日本免疫学会学術集会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Recategorization of systemic immune-mediated diseases by immunophenotyping2022

    • Author(s)
      Izuka Shinji, Toshihiko Komai, Takahiro Itamiya, Mineto Ota, Saeko Yamada, Yasuo Nagafuchi, Hirofumi Shoda, Kosuke Matsuki, Kazuhiko Yamamoto, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio
    • Organizer
      APLAR 2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 末梢血免疫担当細胞による自己免疫疾患層別化の試み2022

    • Author(s)
      猪塚真志, 駒井俊彦, 板宮孝紘, 太田峰人, 山田紗依子, 永渕泰雄, 庄田宏文, 松木康祐, 山本 一彦, 岡村僚久, 藤尾圭志
    • Organizer
      第9回JCRベーシックリサーチカンファレンス
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Remarks] 東京大学医学部附属病院アレルギーリウマチ内科 HP

    • URL

      http://ryumachi.umin.jp/about/research.html

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
  • [Remarks] ImmuNexUTデータベース

    • URL

      https://www.immunexut.org/

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      2023 Annual Research Report
  • [Remarks] ImmuNexUT

    • URL

      https://www.immunexut.org/

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      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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