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自己免疫疾患のリスク多型機能解析による個別化抗サイトカイン療法の確立

Research Project

Project/Area Number 23K24373
Project/Area Number (Other) 22H03114 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 54020:Connective tissue disease and allergy-related
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

石垣 和慶  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (00790338)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Keywordsリスク多型 / 自己免疫疾患 / ゲノム編集 / 抗サイトカイン療法 / サイトカイン / ゲノム医療
Outline of Research at the Start

抗サイトカイン療法によって自己免疫疾患の臨床転帰は平均的には改善したが、治療反応性に大きな個人差がある。近年、ゲノムワイド関連解析によって自己免疫疾患の発症に関連する多型(リスク多型)が多数同定されたが、各リスク多型とサイトカインとの具体的な対応関係は確認できていない。本研究の目的は、①ゲノム編集技術を駆使してリスク多型機能を高効率に評価する新しい実験系を確立し、②各リスク多型とサイトカインとの対応を明らかにすることである。本研究によって、個々の患者の遺伝子型情報を基にした個別化抗サイトカイン療法という新しい枠組みの治療方法が確立し、個々の患者レベルでの臨床転帰が改善することが期待される。

Outline of Annual Research Achievements

自己免疫疾患は原因不明の難病であるが、抗サイトカイン療法の登場により臨床転帰は改善した。しかし、治療反応性に大きな個人差があるため、個々の患者レベルでは十分な治療効果が得られていない。より多くの患者が抗サイトカイン療法による恩恵を受けるためには、個々の患者毎に最適化された治療戦略(個別化抗サイトカイン療法)を確立することが求められている。疾患群・健常人群を比較したゲノムワイド関連解析は、十分なサンプル数の確保に成功し、発症リスクに関連する多型(リスク多型)を多数同定し、再現研究によってその頑強性も確認された。申請者らもその同定に貢献してきた。これらのリスク多型は、疾患群・健常人群の比較で同定されたものであり、本来は、疾患群内の層別化を意図して検出されたものではない。しかし、各リスク多型とサイトカインとの対応関係を実験的に紐づけることができれば、個々の患者のリスク多型の遺伝子型情報を基にした個別化抗サイトカイン療法を考案できると期待される。
本研究の目的は、①最新のゲノム編集技術を駆使してリスク多型機能を高効率に評価する新しい実験系を確立し、②リスク多型が機能するサイトカイン刺激条件を網羅的にスクリーニングして、各リスク多型とサイトカインとの対応を明らかにすることである。本研究によって、個々の患者の遺伝子型情報を基にした個別化抗サイトカイン療法という新しい枠組みの治療方法が確立し、個々の患者レベルでの臨床転帰が改善することが期待される。
本研課題では、改良版CRISPR-Cas9システムを用いてCD4陽性T細胞に高精度にリスク多型を導入することに成功した。また、リスク多型のクロマチン構造への影響を高効率に評価する実験システムを開発した。これらの技術の併用によって、種々の刺激条件・複数のタイムポイントでリスク多型機能を評価することに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

令和4年度は、ゲノム編集で導入するリスク多型の選定、ゲノム編集条件の最適化を行い、ヒト初代免疫細胞に対するリスク多型のゲノム編集技術を確立した。具体的にはBase editorと、MLH1阻害を併用したPrime editing 4または5である。現在、CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞のゲノム編集実験に成功している。
令和5年度は、多彩な刺激条件におけるリスク多型の機能評価を行った。具体的にはリスク多型が制御するchromatin accessibilityをリスク多型の機能の指標とし、多彩な刺激条件・タイムポイントでCD4陽性T細胞を処理し、リスク多型の機能のダイナミックな変化を評価した。リスク多型のchromatin accessibilityに対する影響を高い効率・精度で評価する新しい実験システム(UNIChro-seq:UNIque molecular identifier counting of regional CHROmatin openness with SEQuencing)を開発し、特許出願を完了した(特願2023-084002:“改良されたATAC-seq法及びキット”)。この実験系では、クロマチンが開いている領域を断片化する際に分子標識を付加することができるため、ライブラリー作成に伴うPCRバイアスを補正することができる。同技術の高度化を進め、複数のリスク多型の機能を同時に評価することに成功した。さらに、ゲノム編集技術によって人工的に導入したリスク多型(人工多型)とUNIChro-seqを併用することで、リスク多型の機能を効率的に評価することにも成功した。
上記、全て当初の計画通り研究を遂行できている。

Strategy for Future Research Activity

今後、以下の3つの課題を検討している。
1)多彩な刺激条件におけるリスク多型の機能の評価
R6年度は刺激条件のパターンを更に拡大する。多彩な細胞状態のCD4陽性T細胞においてリスク多型の機能を網羅的に評価する。令和5年度に開発したUNIChro-seqを更に高度化し、効率よくリスク多型の機能評価を実施する。
2)複数のタイムポイントにおけるリスク多型機能の評価
遺伝子発現制御は時間変化とともにダイナミックに変化することが知られている。そのため、上述の多彩な細胞条件を複数のタイムポイントで詳細に評価する。
3)公共データベースと上記結果との統合解析を実施することで、リスク多型とサイトカインとの対応関係のリストを作成する。遺伝子多型情報から各種サイトカイン治療への反応を予測するモデルを構築する。そして、患者の遺伝子多型情報に適応し、実臨床における治療反応性の情報との相関を評価する。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 11 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 8 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] The genetic basis of autoimmunity seen through the lens of T cell functional traits2024

    • Author(s)
      Lagattuta Kaitlyn A.、Park Hannah L.、Rumker Laurie、Ishigaki Kazuyoshi、Nathan Aparna、Raychaudhuri Soumya
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-024-45170-w

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Age-associated CD4+ T cells with B cell-promoting functions are regulated by ZEB2 in autoimmunity.2024

    • Author(s)
      Goto M, Takahashi H, Yoshida R, Itamiya T, Nakano M, Nagafuchi Y, Harada H, Shimizu T, Maeda M, Kubota A, Toda T, Hatano H, Sugimori Y, Kawahata K, Yamamoto K, Shoda H, Ishigaki K, Ota M, Okamura T, Fujio K.
    • Journal Title

      Sci Immunol.

      Volume: 9 Issue: 93 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1126/sciimmunol.adk1643

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of a regulatory pathway governing TRAF1 via an arthritis-associated non-coding variant2024

    • Author(s)
      Wang Qiang、Martnez-Bonet Marta、Kim Taehyeung、Sparks Jeffrey A.、Ishigaki Kazuyoshi. et. al.
    • Journal Title

      Cell Genomics

      Volume: 4 Issue: 2 Pages: 100502-100502

    • DOI

      10.1016/j.xgen.2024.100502

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mobile element variation contributes to population-specific genome diversification, gene regulation and disease risk2023

    • Author(s)
      6.Kojima S, Koyama S, Ka M, Saito Y, Parrish EH, Endo M, Takata S, Mizukoshi M, Hikino K, Takeda A, Gelinas AF, HeatonSM, Koide R, Kamada AJ, Noguchi M, Hamada M; Biobank Japan Project Consortium; Kamatani Y, Murakawa Y, Ishigaki K,Nakamura Y, Ito K, Terao C, Momozawa Y, Parrish NF
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 55 Issue: 6 Pages: 939-951

    • DOI

      10.1038/s41588-023-01390-2

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Functional Genetics to Understand the Etiology of Autoimmunity2023

    • Author(s)
      Hatano Hiroaki、Ishigaki Kazuyoshi
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 14 Issue: 3 Pages: 572-572

    • DOI

      10.3390/genes14030572

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Immunomics analysis of rheumatoid arthritis identified precursor dendritic cells as a key cell subset of treatment resistance.2023

    • Author(s)
      Yamada S, Nagafuchi Y, Wang M, Ota M, Hatano H, Takeshima Y, Okubo M, Kobayashi S, Sugimori Y, Masahiro N, Yoshida R, Hanata N, Suwa Y, Tsuchida Y, Iwasaki Y, Sumitomo S, Kubo K, Shimane K, Setoguchi K, Azuma T, Kanda H, Shoda H, Zhang X, Yamamoto K, Ishigaki K, Okamura T, Fujio K
    • Journal Title

      Ann Rheum Dis

      Volume: Epub ahead of print Issue: 6 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1136/ard-2022-223645

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genome-wide association study reveals BET1L associated with survival time in the 137,693 Japanese individuals2023

    • Author(s)
      Akiyama Masato、Sakaue Saori、Takahashi Atsushi、Ishigaki Kazuyoshi、Hirata Makoto、Matsuda Koichi、Momozawa Yukihide、Okada Yukinori、Ninomiya Toshiharu、Koido Masaru、Morisaki Takayuki、Nagai Akiko、Sagiya Yoji、Terao Chikashi、Murakami Yoshinori、Kubo Michiaki、Kamatani Yoichiro、The Biobank Japan project
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 143-143

    • DOI

      10.1038/s42003-023-04491-0

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning2022

    • Author(s)
      Koido Masaru、Hon Chung-Chau、Koyama Satoshi、Kawaji Hideya、Murakawa Yasuhiro、Ishigaki Kazuyoshi、Ito Kaoru、Sese Jun、Parrish Nicholas F.、Kamatani Yoichiro、Carninci Piero、Terao Chikashi
    • Journal Title

      Nature Biomedical Engineering

      Volume: Online Issue: 6 Pages: 830-844

    • DOI

      10.1038/s41551-022-00961-8

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      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Multi-ancestry genome-wide association analyses identify novel genetic mechanisms in rheumatoid arthritis2022

    • Author(s)
      Ishigaki K, Sakaue S, Terao C, Luo Y, Sonehara KvYamaguchi K, Amariuta T, Too CL, Laufer VA, Scott IC, Viatte S, Takahashi M, Ohmura K, Murasawa A, Hashimoto M, Ito H, ..., Okada Y et al.
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 54 Issue: 11 Pages: 1640-1651

    • DOI

      10.1038/s41588-022-01213-w

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Control of naive and effector CD4 T cell receptor repertoires by rheumatoid-arthritis-risk HLA alleles2022

    • Author(s)
      Nagafuchi Yasuo、Ota Mineto、Hatano Hiroaki、Inoue Mariko、Kobayashi Satomi、Okubo Mai、Sugimori Yusuke、Nakano Masahiro、Yamada Saeko、Yoshida Ryochi、Tsuchida Yumi、Iwasaki Yukiko、Shoda Hirofumi、Okada Yukinori、Yamamoto Kazuhiko、Ishigaki Kazuyoshi、Okamura Tomohisa、Fujio Keishi
    • Journal Title

      Journal of Autoimmunity

      Volume: 133 Pages: 102907-102907

    • DOI

      10.1016/j.jaut.2022.102907

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Splicing QTL analysis focusing on coding sequences reveals mechanisms for disease susceptibility loci2022

    • Author(s)
      Yamaguchi Kensuke、Ishigaki Kazuyoshi、Suzuki Akari、Tsuchida Yumi、Tsuchiya Haruka、Sumitomo Shuji、Nagafuchi Yasuo、Miya Fuyuki、Tsunoda Tatsuhiko、Shoda Hirofumi、Fujio Keishi、Yamamoto Kazuhiko、Kochi Yuta
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 4659-4659

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32358-1

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Distinct transcriptome architectures underlying lupus establishment and exacerbation2022

    • Author(s)
      Nakano Masahiro et al.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 185 Issue: 18 Pages: 3375-3389.e21

    • DOI

      10.1016/j.cell.2022.07.021

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci2022

    • Author(s)
      Nathan Aparna、Asgari Samira、Ishigaki Kazuyoshi、Valencia Cristian、Amariuta Tiffany、Luo Yang、Beynor Jessica I.、Baglaenko Yuriy、Suliman Sara、Price Alkes L.、Lecca Leonid、Murray Megan B.、Moody D. Branch、Raychaudhuri Soumya
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 606 Issue: 7912 Pages: 120-128

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04713-1

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] HLA autoimmune risk alleles restrict the hypervariable region of T cell receptors2022

    • Author(s)
      Ishigaki Kazuyoshi、Lagattuta Kaitlyn A.、Luo Yang、James Eddie A.、Buckner Jane H.、Raychaudhuri Soumya
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 54 Issue: 4 Pages: 393-402

    • DOI

      10.1038/s41588-022-01032-z

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Autoimmunity pathology elucidated by functional genetics studies2023

    • Author(s)
      石垣和慶
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第68回大会
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      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Autoimmunity risk variants exert dynamic allelic effects on the chromosome accessibility of stimulated CD4+ T cells.2023

    • Author(s)
      Kono M., Hatano H., Suzuki A., Nakano M., Oguchi A., Murakawa Y., Terao C., Yamamoto K., Ishigaki K
    • Organizer
      American Society of Human Genetics Annual Meeting 2023
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chromatin interaction inferences based on the paired transcriptome and chromatin accessibility datasets identify candidate risk genes of autoimmunity.2023

    • Author(s)
      Hatano H., Suzuki A., Nakano M., Oguchi A., Murakawa Y., Terao C., Yamamoto K., Ishigaki K
    • Organizer
      American Society of Human Genetics Annual Meeting 2023
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] An efficient functional assay platform of autoimmunity risk alleles using CRISPR genome editing.2023

    • Author(s)
      Kono M., Arakawa T., Nakano M., Hatano H., Ishigaki K.
    • Organizer
      Annual Meeting of the Federation of Clinical Immunology Societies 2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Actively transcribed regulatory regions explain the genetic risk of rheumatoid arthritis2022

    • Author(s)
      Hiroaki Hatano, Akari Suzuki, Matteo Guerrini, Michihiro Kono, Masahiro Nakano, Akiko Oguchi, Chikashi Terao,Yasuhiro Murakawa, Kazuhiko Yamamoto, Kazuyoshi Ishigaki
    • Organizer
      第51回日本免疫学会学術集会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 改良されたATAC-seq法及びキット2023

    • Inventor(s)
      石垣 和慶
    • Industrial Property Rights Holder
      石垣 和慶
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2023-084002
    • Filing Date
      2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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