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Elucidation of 3D genome architecture of human placental and endometrial cells

Research Project

Project/Area Number 23K24490
Project/Area Number (Other) 22H03231 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 56040:Obstetrics and gynecology-related
Research InstitutionNational Center for Child Health and Development

Principal Investigator

中林 一彦  国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 周産期病態研究部, 室長 (10415557)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 内山 徹  国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 成育遺伝研究部, 室長 (10436107)
阿久津 英憲  国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 生殖医療研究部, 部長 (50347225)
熊坂 夏彦  国立研究開発法人国立成育医療研究センター, エコチル調査研究部, リサーチアソシエイト (80525527)
横溝 陵  東京慈恵会医科大学, 医学部, 助教 (90773276)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Fiscal Year 2023: ¥7,280,000 (Direct Cost: ¥5,600,000、Indirect Cost: ¥1,680,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Keywordsクロマチン高次構造 / 胎盤 / 子宮内膜 / エンハンサー・プロモーター相互作用 / スーパーエンハンサー / エンハンサー
Outline of Research at the Start

産科・婦人科関連疾患のゲノム要因解明が困難な一因として、ヒト胎盤・子宮内膜を構成する細胞の転写ネットワーク情報が乏しいことが考えらえる。その解決のために、エンハンサー・プロモーター相互作用を高解像度かつ網羅的に同定できるmicro-C法を、胎盤由来細胞・子宮内膜由来細胞に適用する。各細胞のアイデンティティ維持を担うマスター転写因子群と細胞運命を決定するパイオニア転写因子候補群の解明を試みる。転写因子情報は細胞運命を人工的に制御する方法開発のための、網羅的エンハンサー情報は疾患リスクバリアント機能解明や先天性希少疾患非コード領域責任変異同定のための基盤情報となる。

Outline of Annual Research Achievements

ヒト胎盤由来細胞におけるエンハンサー・プロモーター相互作用の網羅的解明のためのmicroC解析を実施した。実験系構築のために、マウス9.5日胚をモデル材料としてcapture-microCライブラリを作製しシーケンスデータを解析した。キャプチャーベイトが設定されているマウス遺伝子プロモーター領域以外の配列が高比率で含まれていたことから、プロモーター・エンハンサー(P/E)相互作用の網羅的同定が可能と思われる高品質のライブラリが得られていると判断された。このモデルデータを使って、P/E相互作用データ解析系の構築を進めている。
次に、ヒト胎盤幹細胞(TS)、そこから分化誘導した合胞体トロフォブラスト細胞(ST)、絨毛外トロフォブラスト(EVT)のそれぞれについてマイクロコッカルヌクレアーゼによるクロマチン消化条件を最適化し、各細胞についてmicroCライブラリを作製した(合計12ライブラリ)。テストスケールでのシーケンスデータを評価し、遠距離相互作用を捕捉したと判定されるリードを高比率で含むライブラリが取得できていることを確認した。ヒト遺伝子プロモーター領域を標的としたcapture-microCライブラリ(合計8個)の作製を完了した。R6年度にシーケンスデータを取得し、データ解析を実施する。
運命決定パイオニア転写因子 (PF) 探索のために必要な5hmC解析の手法として当初は抗5hmC抗体免疫沈降シーケンス法を想定していたが、一塩基解像度で5hmC修飾塩基の同定が可能な方法であるAPOBECシーケンス法についても検討を開始した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

ヒト胎盤由来細胞におけるエンハンサー・プロモーター相互作用の網羅的解明のためのmicroC解析に関しては、概ね予定通りに進んでいる。ヒト胎盤構成細胞の運命決定に関わるパイオニア転写因子候補探索のための5hmC解析に関して方法の変更を決定したことから、R6年度もデータ取得を継続する。

Strategy for Future Research Activity

1.ヒト胎盤由来細胞におけるエンハンサー・プロモーター相互作用の網羅的解明:
3種類の細胞についてcapture-microCデータを取得し、各細胞を特徴付けるエンハンサー・プロモーター相互作用情報を抽出する。産科・婦人科関連疾患GWASで同定された疾患関連バリアント座位(子宮内膜症GWAS座位は14箇所)とエンハンサー・プロモーター相互作用ゲノム位置情報とを比較し、疾患関連バリアントが作用する遺伝子と細胞タイプの特定を試みる。

2.ヒト胎盤構成細胞の運命決定に関わるパイオニア転写因子探索:TS分化誘導系で5hmCデータを取得・解析し、パイオニアファクター候補因子結合ゲノム部位を網羅的に同定する。そのゲノム領域群を対象とした転写因子モチーフ解析やChIP-seqデータとの比較により、パイオニアファクター候補群の同定を試みる。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 8 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Upregulated expression of lamin B receptor increases cell proliferation and suppresses genomic instability: implications for cellular immortalization2024

    • Author(s)
      En Atsuki、Takemoto Kentaro、Yamakami Yoshimi、Nakabayashi Kazuhiko、Fujii Michihiko
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 291 Issue: 10 Pages: 2155-2171

    • DOI

      10.1111/febs.17113

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Loss of NSD2 causes dysregulation of synaptic genes and altered H3K36 dimethylation in mice2024

    • Author(s)
      Kinoshita Shiori、Kojima Kazuaki、Ohnishi Eriko、Takayama Yuka、Kikuchi Hiroki、Takada Shuji、Nakabayashi Kazuhiko、Kawai Tomoko、Hata Kenichiro
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 15 Pages: 1308234-1308234

    • DOI

      10.3389/fgene.2024.1308234

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biallelic non-productive enhancer-promoter interactions precede imprinted expression of Kcnk9 during mouse neural commitment2024

    • Author(s)
      Rengifo Rojas C, Cercy J, Perillous S, Gonthier-Gueret C, Montibus B, Maupetit-Mehouas S, Espinadel A, Dupre M, Hong CC, Hata K, Nakabayashi K, Plagge A, Bouschet T, Arnaud P, Vaillant I, Court F.
    • Journal Title

      Human Genetics and Genomics Advances

      Volume: 5 Issue: 2 Pages: 100271-100271

    • DOI

      10.1016/j.xhgg.2024.100271

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Myelodysplasia after clonal hematopoiesis with APOBEC3-mediated CYBB inactivation in retroviral gene therapy for X-CGD2023

    • Author(s)
      Uchiyama T、Kawai T、Nakabayashi K、Nakazawa Y、Goto F、Okamura K、Nishimura T、Kato K、Watanabe N、Miura A、Yasuda T、Ando Y、Minegishi T、Edasawa K、Shimura M、Akiba Y、Sato-Otsubo A、Mizukami T、Kato M、Akashi K、Nunoi H、Onodera M
    • Journal Title

      Molecular Therapy

      Volume: 31 Issue: 12 Pages: 3424-3440

    • DOI

      10.1016/j.ymthe.2023.09.004

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Gene expression signatures associated with chronic endometritis revealed by RNA sequencing2023

    • Author(s)
      Oshina K, Kuroda K, Nakabayashi K, Tomikawa J, Kitade M, Sugiyama R, Hata K, Itakura A.
    • Journal Title

      Frontiers in Medicine

      Volume: 10 Pages: 1185284-1185284

    • DOI

      10.3389/fmed.2023.1185284

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A capture methyl-seq protocol with improved efficiency and cost-effectiveness using pre-pooling and enzymatic conversion2023

    • Author(s)
      Hasegawa Keita、Nakabayashi Kazuhiko、Ishiwata Keisuke、Kasuga Yoshifumi、Hata Kenichiro、Tanaka Mamoru
    • Journal Title

      BMC Research Notes

      Volume: 16 Issue: 1 Pages: 141-141

    • DOI

      10.1186/s13104-023-06401-3

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of a KDM6A somatic mutation responsible for Kabuki syndrome by excluding a conflicting KMT2D germline variant through episignature analysis.2023

    • Author(s)
      Tomoko Kawai, Yuji Iwasaki, Hiroko Ogasawara, Hiromi Kamura, Kazuaki Nakamura, Kenichiro Hata, Takako Takano, Kazuhiko Nakabayashi
    • Journal Title

      Eur J Med Genet

      Volume: 66(8) Issue: 8 Pages: 104806-104806

    • DOI

      10.1016/j.ejmg.2023.104806

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Donor cord blood aging accelerates in recipients after transplantation2023

    • Author(s)
      Onizuka Makoto、Imanishi Tadashi、Harada Kaito、Aoyama Yasuyuki、Amaki Jun、Toyosaki Masako、Machida Shinichiro、Kikkawa Eri、Yamada Sanetoshi、Nakabayashi Kazuhiko、Hata Kenichiro、Higashimoto Ken、Soejima Hidenobu、Ando Kiyoshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 2603-2603

    • DOI

      10.1038/s41598-023-29912-2

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS).2023

    • Author(s)
      Nakabayashi K, Yamamura M, Haseagawa K, Hata K
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 2577 Pages: 39-51

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2724-2_3

    • ISBN
      9781071627235, 9781071627242
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Glucocorticoids increase the risk of preterm premature rupture of membranes possibly by inducing ITGA8 gene expression in the amnion2022

    • Author(s)
      Okazaki Yuka、Taniguchi Kosuke、Miyamoto Yoshitaka、Kinoshita Shiori、Nakabayashi Kazuhiko、Kaneko Kayoko、Hamada Hiromi、Satoh Toyomi、Murashima Atsuko、Hata Kenichiro
    • Journal Title

      Placenta

      Volume: 128 Pages: 73-82

    • DOI

      10.1016/j.placenta.2022.07.012

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Familial Pseudohypoparathyroidism Type IB Associated with an SVA Retrotransposon Insertion in the GNAS Locus2022

    • Author(s)
      Sayaka Kawashima, Akiko Yuno, Shinichiro Sano, Masayo Kagami
    • Journal Title

      J Bone Miner Res .

      Volume: 10 Issue: 10 Pages: 1850-1859

    • DOI

      10.1002/jbmr.4652

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of Human Gut Organoids With Resident Tissue Macrophages as a Model of Intestinal Immune Responses2022

    • Author(s)
      Tsuruta Satoru、Kawasaki Tomoyuki、Machida Masakazu、Iwatsuki Ken、Inaba Akihiko、Shibata Shinsuke、Shindo Tomoko、Nakabayashi Kazuhiko、Hakamada Kenichi、Umezawa Akihiro、Akutsu Hidenori
    • Journal Title

      Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology

      Volume: 14 Issue: 3 Pages: 726-729

    • DOI

      10.1016/j.jcmgh.2022.06.006

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Aberrant hypomethylation at imprinted differentially methylated regions is involved in biparental placental mesenchymal dysplasia2022

    • Author(s)
      Aoki Saori、Higashimoto Ken、Hidaka Hidenori、Ohtsuka Yasufumi、Aoki Shigehisa、Mishima Hiroyuki、Yoshiura Koh-ichiro、Nakabayashi Kazuhiko、Hata Kenichiro、Yatsuki Hitomi、Hara Satoshi、Ohba Takashi、Katabuchi Hidetaka、Soejima Hidenobu
    • Journal Title

      Clinical Epigenetics

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 64-64

    • DOI

      10.1186/s13148-022-01280-0

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] エピシグナチャー解析による歌舞伎症候群男児症例におけるKDM6A疾患責任体細胞系列バリアントの同定2023

    • Author(s)
      中林一彦,河合智子, 岩崎裕治, 緒方広子, 嘉村浩美, 中村和昭, 秦健一郎, 高野貴子
    • Organizer
      第46回 日本小児遺伝学会学術集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of the impact of NSD2 loss on the transcriptional and epigenetic landscape in the brain.2023

    • Author(s)
      Kinoshita S, Kojima K, Ohnishi E, Takayama Y, Kikuchi H, Takada S, Nakabayashi K, Kawai T, Hata K. :
    • Organizer
      American Society of Human Genetics Annual Meeting 2023.11.13
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Application of single-cell multiomics technology to establish an effective screening method for identifying fetal nucleated red blood cells suitable for non-invasive prenatal genetic testing.2023

    • Author(s)
      Ito N, Fujii T, Taniguchi1 K, Hata K, Sago H, Nakabayashi K.
    • Organizer
      American Society of Human Genetics Annual Meeting 2023.11.13
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 希少遺伝性疾患ゲノム診断のためのDNAメチル化キャプチャーシーケンス法の開発2023

    • Author(s)
      長谷川慶太,河合智子,春日義史,副島英伸,岡本伸彦,田中守,秦健一郎,中林一彦
    • Organizer
      第31回日本医学会総会2023東京6NCリトリート 2023.4.22
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 希少疾患ゲノム診断率向上のためのエピゲノムアプローチ2022

    • Author(s)
      中林一彦
    • Organizer
      エピジェネティクス研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 健常者集団中のエピバリアントを視覚的に確認できるウェブビューワの構築2022

    • Author(s)
      青砥早希、秦健一郎、中林一彦
    • Organizer
      日本人類遺伝学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] エピバリアントを有するプロモータ領域および検体を検出するEpimutation Finderの開発2022

    • Author(s)
      青砥早希、秦健一郎、中林一彦
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Amplicon sequencing-based noninvasive fetal genotyping for RHDPositive D antigen-negative alleles.2022

    • Author(s)
      Hori A, Sasaki A, Takahashi K, Ogata-Kawata H, Taniguchi K, Migita O, Kawashima A, Okamoto A, Sekizawa A, Sago H, Takada F, Hata K, Nakabayashi K
    • Organizer
      ASHG 2022 Annual Meeting
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 慢性子宮内膜炎診断薬2022

    • Inventor(s)
      大科恭子、黒田恵司、秦健一郎、中林一彦
    • Industrial Property Rights Holder
      大科恭子、黒田恵司、秦健一郎、中林一彦
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2022-199458
    • Filing Date
      2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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