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Development of the novel methanol bioconversion systems for a low-carbon and resource-recycling society and elucidation of their molecular basis

Research Project

Project/Area Number 23K25056
Project/Area Number (Other) 22H03802 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 64050:Sound material-cycle social systems-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

由里本 博也  京都大学, 農学研究科, 准教授 (00283648)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,670,000 (Direct Cost: ¥5,900,000、Indirect Cost: ¥1,770,000)
Keywords環境技術 / 応用微生物 / バイオテクノロジー / 発現制御 / 生体機能利用 / メタン酸化 / メタノール誘導 / メタノール酵母
Outline of Research at the Start

2050年脱炭素社会に向けて、炭素資源を循環的に利用する持続可能な社会経済システムの構築が喫緊の課題となっている。本研究では、メタンやメタノールなどのC1化合物や、これらを利用するC1微生物を炭素循環型メタノールバイオエコノミーで最大限活用するために、「メタンからメタノールへの変換プロセス」と「メタン・メタノールからの有用物質生産」に関する新技術開発を行い、その開発の基盤となるC1微生物の代謝生理機能の分子基盤を解明する。

Outline of Annual Research Achievements

1.メタンからメタノールへの直接変換技術の開発
前年度に引き続き、メタノールセンサー酵母を用いて、新奇メタン酸化生体触媒の開発を行うとともに、新奇メタン酸化菌におけるメタン酸化酵素遺伝子の同定に向けた研究を行った。メタン酸化酵素候補遺伝子の破壊株を構築してメタン酸化活性を評価するとともに、多重遺伝子破壊を行うための育種系の構築を進めた。
2.酵母メタノール誘導制御機構の分子基盤解明
前年度に引き続き、メタノール酵母におけるメタノール濃度に応答したシグナル伝達経路に関する研究を進めた。Komagataella pfaffiiの濃度応答性メタノール誘導(CRMI)において、転写因子KpMxr1のリン酸化状態を調節するシグナル伝達因子の探索を目的として、KpMxr1のSaccharomyces cerevisiaeにおけるホモログであるScAdr1との物理的相互作用が示唆されるキナーゼ/ホスファターゼについて、K. phaffiiでのホモログ遺伝子の破壊株を作成し、メタノール培地での生育やCRMIへの影響を解析した。また、プロテインキナーゼSnf1複合体の構成因子のうち、KpGal83がメタノール誘導性遺伝子発現に必要であること、KpGal83とKpSnf1が培養炭素源に関わらず相互作用することを明らかにした。
3.植物生長促進効果をもつ葉面C1微生物の生理機能解析
前年度に引き続き、メタノールから生産するC1微生物菌体を新規微生物製剤として植物バイオマス増産に活用するための植物-微生物間相互作用の分子基盤解明に向けた研究を行った。メタノール細菌のギ酸脱水素酵素の応用機能開発やメタノール細菌のメタノール走化性に関する研究成果を報告するとともに、様々な植物試料から葉面酵母の単離と生育特性の解析を進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

メタンからメタノールへの直接変換技術の開発については各種変異体発現株や遺伝子破壊用の構築が完了しており、概ね計画通りに進展している。酵母メタノール誘導制御機構の分子基盤解明については、CRMIのシグナル伝達に関与するキナーゼとホスファターゼの候補遺伝子を同定することができた。葉面C1微生物の生理機能解析についても、当初の計画通りに進展しており、葉面から単離した酵母株の特性解析を進めた。

Strategy for Future Research Activity

メタンからメタノールへの直接変換技術の開発については、新規メタン酸化生体触媒の開発とその高発現系の構築を継続するとともに、新奇メタン酸化菌におけるメタン酸化酵素遺伝子を同定する。酵母メタノール誘導制御機構の分子基盤解明については、転写因子のDNA結合解析やキナーゼ/ホスファターゼの機能解析を進める。葉面C1微生物の生理機能解析については、C1細菌による生長促進効果の検証を進めるとともに、単離した葉面酵母についての特性解析を行う。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (29 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Open Access: 5 results,  Peer Reviewed: 6 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 6 results)

  • [Journal Article] メタノールからのバイオものづくり2023

    • Author(s)
      由里本 博也、阪井 康能
    • Journal Title

      Seibutsu-kogaku Kaishi

      Volume: 101 Issue: 5 Pages: 226-229

    • DOI

      10.34565/seibutsukogaku.101.5_226

    • ISSN
      0919-3758, 2435-8630
    • Year and Date
      2023-05-25
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] C1バイオエコノミーで活用するメタノール酵母の遺伝子発現制御機構2023

    • Author(s)
      由里本博也
    • Journal Title

      アグリバイオ

      Volume: 7 Pages: 621-623

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  • [Journal Article] 葉面における微生物 -宿主植物相互作用とバイオスティミュラント機能の開発 -2023

    • Author(s)
      阪井康能、由里本博也
    • Journal Title

      日本農薬学会誌

      Volume: 48 Pages: 132-136

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  • [Journal Article] An enhanced direct electron transfer-type NAD+/NADH regenerating system using the diaphorase subunit of formate dehydrogenase 12023

    • Author(s)
      Makizuka Taiki、Sowa Keisei、Katayama Shiori、Kitazumi Yuki、Yurimoto Hiroya、Sakai Yasuyoshi、Shirai Osamu
    • Journal Title

      Electrochimica Acta

      Volume: 465 Pages: 142954-142954

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2023.142954

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Methane monooxygenases; physiology, biochemistry and structure2023

    • Author(s)
      Sakai Yasuyoshi、Yurimoto Hiroya、Shima Seigo
    • Journal Title

      Catalysis Science & Technology

      Volume: 13 Issue: 22 Pages: 6342-6354

    • DOI

      10.1039/d3cy00737e

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Metabolism-linked methylotaxis sensors responsible for plant colonization in Methylobacterium aquaticum strain 22A2023

    • Author(s)
      Tani Akio、Masuda Sachiko、Fujitani Yoshiko、Iga Toshiki、Haruna Yuuki、Kikuchi Shiho、Shuaile Wang、Lv Haoxin、Katayama Shiori、Yurimoto Hiroya、Sakai Yasuyoshi、Kato Junichi
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 14 Pages: 1258452-1258452

    • DOI

      10.3389/fmicb.2023.1258452

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Siderophore for Lanthanide and Iron Uptake for Methylotrophy and Plant Growth Promotion in Methylobacterium aquaticum Strain 22A2022

    • Author(s)
      Juma Patrick Otieno、Fujitani Yoshiko、Alessa Ola、Oyama Tokitaka、Yurimoto Hiroya、Sakai Yasuyoshi、Tani Akio
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 13 Pages: 921635-921635

    • DOI

      10.3389/fmicb.2022.921635

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phosphoregulation of the transcription factor Mxr1 plays a crucial role in the concentration‐regulated methanol induction in <i>Komagataella phaffii</i>2022

    • Author(s)
      Inoue Koichi、Ohsawa Shin、Ito Shinji、Yurimoto Hiroya、Sakai Yasuyoshi
    • Journal Title

      Molecular Microbiology

      Volume: 118 Issue: 6 Pages: 683-697

    • DOI

      10.1111/mmi.14994

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction between C1-microorganisms and plants: contribution to the global carbon cycle and microbial survival strategies in the phyllosphere2022

    • Author(s)
      Hiroya Yurimoto, Yasuyoshi Sakai
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 87 Issue: 1 Pages: 1-6

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac176

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  • [Presentation] 短鎖アルカン資化性細菌Mycolicibacterium sp. TY-6株におけるメタン酸化酵素高発 現のためのプロモーター探索2024

    • Author(s)
      浅井夏美、木田航平、Oktay Gafarov、岩崎光司、阪井康能、 由里本博也
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第529回講演会
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    • Author(s)
      北山岳人、井上紘一、由里本博也、阪井康能
    • Organizer
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  • [Presentation] Methane oxidation in non-methanotrophs2024

    • Author(s)
      Oktay Gafarov, Kohei Ikeda, Koji Iwasaki, Hiroya Yurimoto, Yasuyoshi Sakai
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      日本農芸化学会2024年度大会
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  • [Presentation] 植物葉圏からの酵母の単離・同定と生物間相互作用の解析2024

    • Author(s)
      重田佳奈、白石晃將、由里本博也、阪井康能
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      日本農芸化学会2024年度大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 循環型C1バイオエコノミーで活用するメチロトロフの代謝生理機能2023

    • Author(s)
      由里本博也、阪井康能
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      環境バイオテクノロジー学会2023年度大会シンポジウム「炭素循環社会の実現に貢献する多様な微生物とその応用」
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  • [Presentation] C1微生物炭素固定反応による炭素資源利用とバイオ生産への応用2023

    • Author(s)
      阪井康能、由里本博也
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      第75回日本生物工学会大会シンポジウム「微生物炭素固定代謝の多様性に基づく合成生物学」
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    • Invited
  • [Presentation] メチロトロフ酵母における濃度応答性メタノール誘導の分子機構2023

    • Author(s)
      由里本博也
    • Organizer
      第24回酵母合同シンポジウム
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    • Invited
  • [Presentation] 植物共生メタノール資化性細菌を活用した作物増収技術の開発2023

    • Author(s)
      由里本博也
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      微生物でみる農学研究の可能性 ~フードテック・機能性食品・グリーンプロダクツ(生物農薬)で成長産業に挑む~
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  • [Presentation] Molecular mechanism of concentration-regulated methanol induction in methylotrophic yeasts2023

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      Hiroya Yurimoto, Koichi Inoue, and Yasuyoshi Sakai
    • Organizer
      31st International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Komagataella phaffii Snf1 複合体構成因子KpSip2とKpGal83の機能解析2023

    • Author(s)
      北山岳人、井上紘一、岡本大樹、由里本博也、阪井康能
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第56回研究報告会
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  • [Presentation] メチロトロフ酵母 Candida boidinii における濃度応答性メタノール誘導に重要な 転写活性化因子CbMpp1の生理機能2023

    • Author(s)
      井上紘一、岩瀬公佑、由里本博也、阪井康能
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      酵母遺伝学フォーラム第56回研究報告会
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  • [Presentation] 植物葉面に生息する酵母の生育特性と生存戦略2023

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      重田佳奈、白石晃將、由里本博也、阪井康能
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      阪井康能、由里本博也
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      重田佳奈、白石晃將、由里本博也、阪井康能
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  • [Presentation] Komagataella phaffiiにおける濃度依存性メタノール誘導に重要な転写因子KpMxr1のリン酸化状態の解析2023

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      井上紘一、由里本博也、阪井康能
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  • [Presentation] Komagataella phaffiiにおけるメタノール誘導性遺伝子発現に関与するSnf1複合体の機能解析2023

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      北山岳人、井上紘一、岡本大樹、由里本博也、阪井康能
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
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  • [Presentation] Domain analyses and phospho-regulation of a transcription factor Mxr1 responsible for methanol-induced gene expression in Komagataella phaffii2022

    • Author(s)
      Koichi Inoue, Shin Ohsawa, Hiroya Yurimoto, Yasuyoshi Sakai
    • Organizer
      International Union of Microbiological Societies
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  • [Presentation] Distribution and survival strategy of methylotrophs in the phyllosphere2022

    • Author(s)
      Yasuyoshi Sakai, Kosuke Shiraishi, Hiroya Yurimoto
    • Organizer
      Phyllosphere 2022
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Komagataella phaffiiにおける転写因子Mxr1のメタノール濃度に依存したリン酸化制御2022

    • Author(s)
      井上紘一、大澤晋、由里本博也、阪井康能
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
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  • [Presentation] メチロトローフ細菌由来バイオポリマーによる稲作収量の向上2022

    • Author(s)
      由里本博也
    • Organizer
      C1ケムバイオエコノミーシンポジウム
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      2022 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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