• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

paleoproteomic profiling of ancient plant remains in the pottery food crusts

Research Project

Project/Area Number 23K25390
Project/Area Number (Other) 23H00693 (2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023)
Section一般
Review Section Basic Section 03050:Archaeology-related
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

西内 巧  金沢大学, 疾患モデル総合研究センター, 准教授 (20334790)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中山 誠二  帝京大学, 付置研究所, 教授 (60574142)
高木 宏樹  石川県立大学, 生物資源環境学部, 准教授 (80616467)
足立 拓朗  金沢大学, 古代文明・文化資源学研究所, 教授 (90276006)
Project Period (FY) 2024-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥18,720,000 (Direct Cost: ¥14,400,000、Indirect Cost: ¥4,320,000)
Fiscal Year 2025: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2023: ¥8,060,000 (Direct Cost: ¥6,200,000、Indirect Cost: ¥1,860,000)
Keywordsパレオプロテオミクス / 土器付着物 / 種子タンパク質 / 植物遺体 / 土器圧痕分析 / RNA-Seq
Outline of Research at the Start

本研究では、縄文人の食生活における植物利用や栽培化の過程を紐解くため、分析可能な土器付着物が出土した遺跡の詳細な考古学的データを
収集・整備しつつ、土器付着物に残存するタンパク質の分析を実施する。また、縄文人が利用したと推定される植物の現生試料を用いて、タン
パク質のデータベースを整備し、加えて、現生植物の調理過程で生成する土器付着物に含まれるタンパク質の構成変化を明らかにすることによ
り、土器付着物に残存する植物由来のタンパク質を高感度かつ高精度に検出するパレオプロテオミクスの実験基盤を確立し、考古学的知見から
示唆されている縄文人による植物利用や栽培化にエビデンスを与える。

Outline of Annual Research Achievements

縄文人の食性における動植物の利用を明らかにするため、遺跡から出土する土器の付着炭化物に残存するタンパク質の分析に取り組んでいる。
これまでに、釈迦堂遺跡、鋳物師屋遺跡、道尻手遺跡、沖ノ原遺跡において、土器に付着した炭化物などを収集し、各遺跡における植物種子の土器圧痕、出土動物骨や植物遺体の情報と合わせてデータベースを構築した。土器付着炭化物に残存するタンパク質の解析(プロテオミクス)の実験系を確立するため、上記の遺跡から出土した炭化物を分析し、植物に由来する複数のタンパク質を同定してきた。さらに、堅果類(スダジイ、イチイガシ、トチノキ、コナラ、ミズナラ、アベマキ、オニグルミ)や漿果類(ミズキ、クマノミズキ、キハダ、ニワトコ、カラスザンショウ)の現生する果実を用いてRNA-Seq解析を行い、これらの植物群のリファレンスとなるタンパク質データベースを整備した。このデータベースを活用することで、土器付着炭化物からコナラ属のタンパク質を同定することができた。また、土器の圧痕分析と連携した解析では、沖ノ原遺跡においてエゴマに由来するタンパク質が高頻度で検出された。加えて、複数の試料から、イワナ属やコイ亜科に特徴的な中間径フィラメントタンパク質、そしてイノシシ属に特異的なアミノ酸配列を有するタンパク質も検出されている。
今後は、魚類や獣類に由来するタンパク質の同定にも注力し、縄文人の食性における動植物利用の全貌解明を深めていきたいと考えている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度も縄文時代を中心とした多数の遺跡の土器付着炭化物等に残存するタンパク質の分析を進めており、本年度に作成した堅果類・漿果類のタンパク質データベースを活用することで、コナラ属のタンパク質同定にも成功している。さらに、堅果類としてイチイガシとミズナラ、漿果類としてクマノミズキとキハダのRNA-Seqを実施し、タンパク質データベースに追加した。また、土器圧痕分析の結果と連携することで、エゴマに特異的なタンパク質を検出することができた。加えて、各遺跡の出土動物骨の情報から、イワナ属、コイ亜科、イノシシ属のタンパク質も同定している。各遺跡における動物骨や植物種子の出土状況、土器圧痕分析の情報と、土器付着炭化物の残存タンパク質分析の結果を併せることで、縄文人による多様な動植物利用の全貌解明に向けた研究基盤を固めることができたため、研究はおおむね順調に進捗していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

縄文人が利用していたと考えられる堅果類・漿果類のタンパク質データベースはほぼ完成したため、次年度は各遺跡における動物骨や植物種子の出土状況、土器圧痕分析の解析結果と綿密に連携しつつ、より多くの試料の土器付着炭化物についてプロテオーム解析を進め、縄文人の食性復元における動植物利用の全貌を明らかにしていきたい。また、機会があれば、クッキー状炭化物などの新たな試料についても解析に取り組んでいきたい。

Report

(2 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2025 2024 2023

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 6 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Culinary continuity in central Japan across the transition to agriculture2024

    • Author(s)
      Jasmine Lundy, Manon Bondetti, Alexandre Lucquin, Helen M. Talbot, Natsuki Murakami, Seiji Nakayama, Motoki Harada, Miho Suzuki, Eiko Endo, Chris Stevens, Enrico R. Crema, Oliver E. Craig & Shinya Shoda
    • Journal Title

      Archaeological and Anthropological Sciences

      Volume: 16(97) Issue: 7 Pages: 1-1

    • DOI

      10.1007/s12520-024-01992-9

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Proteomic Analysis to Understand the Promotive Effect of Ethanol on Soybean Growth Under Salt Stress2024

    • Author(s)
      Komatsu Setsuko、Nishiuchi Takumi
    • Journal Title

      Biology

      Volume: 13 Issue: 11 Pages: 861-861

    • DOI

      10.3390/biology13110861

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 縄文時代のマメ科植物の利用とドメスティケーション2024

    • Author(s)
      中山誠二
    • Journal Title

      月刊考古学ジャーナル

      Volume: 797 Pages: 19-23

    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Journal Article] 大阪平野における穀物農耕の伝播と定着-長原遺跡の圧痕分析から2024

    • Author(s)
      中山誠二・大庭重信
    • Journal Title

      大阪市文化財論集

      Volume: II

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Palaeoproteomic investigation of an ancient human skeleton with abnormal deposition of dental calculus.2024

    • Author(s)
      chida-Fukuhara Y, Shimamura S, Sawafuji R, Nishiuchi T, Yoneda M, Ishida H, Matsumura H, Tsutaya T.
    • Journal Title

      Sci Report.

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 5938-5938

    • DOI

      10.1038/s41598-024-55779-y

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 奈良盆地西南部への穀物農耕の伝播と定着-中西遺跡・秋津遺跡の圧痕分析から-2024

    • Author(s)
      中山誠二, 岡田憲一, 赤司千恵
    • Journal Title

      帝京大学文化財研究所研究報告

      Volume: 22 Pages: 85-114

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Journal Article] Domestication of azuki bean and soybean in Japan: From the insight of archeological and molecular evidence2023

    • Author(s)
      Takahashi Yu、Nasu Hiroo、Nakayama Seiji、Tomooka Norihiko
    • Journal Title

      Breeding Science

      Volume: 73 Issue: 2 Pages: 117-131

    • DOI

      10.1270/jsbbs.22074

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Utilisation of Domesticated Plants and Secondary Vegetation in the Japanese Islands in the Jomon Period2023

    • Author(s)
      Seiji Nakayama
    • Journal Title

      Archaeology of East Asia

      Volume: 9 Pages: 9-18

    • DOI

      10.30861/9781407360751

    • ISBN
      9781407360751
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proteomic and molecular analyses to understand the promotive effect of safranal on soybean growth under salt stress.2023

    • Author(s)
      Kausar R, Nishiuchi T, Komatsu S.
    • Journal Title

      J Proteomics

      Volume: 294 Pages: 105072-105072

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2024.105072

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] メタボローム解析による縄文人のニワトコ果実および煮詰め液の利用の復元2024

    • Author(s)
      西内巧、佐々木由香、中野正貴、小林和貴、菅野紀子、宮木海征、高木宏樹、能城修一
    • Organizer
      第39回日本植生史学会大会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] 古代プロテオミクスから読み解く人々の営み2024

    • Author(s)
      福原瑶子・澤藤りかい・西内巧・長岡朋人・藤澤珠織・蔦谷匠
    • Organizer
      第78回日本人類学会大会公開シンポジウム
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] 糞プロテオミクスによる野生オランウータンの授乳・離乳パターンの解明2024

    • Author(s)
      Syamimi Makbul ・西内巧 ・Anna Wong・Vijay Kumar・田島知之・金森朝子・久世濃子・蔦谷匠
    • Organizer
      第78回日本人類学会大会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] 納豆の起源解明に向けた考古学的研究2024

    • Author(s)
      中山誠二
    • Organizer
      日本薬史学会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 中央高地の植物質食糧の特性2024

    • Author(s)
      中山誠二
    • Organizer
      長野県考古学会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Rethinking Neolithic from Jomon: Recent advances in archaeobotany and zooarchaeology2024

    • Author(s)
      Seiji Nakayama, Manabu Uetsuki
    • Organizer
      WORLD NEOLITHIC CONGRESS 2024
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 近畿地方における凸帯文期の穀物農耕の拡散2024

    • Author(s)
      中山誠二
    • Organizer
      登呂遺跡国際シンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 藍染の伝統技術の解明に向けた藍甕付着物のメタプロテオーム解析2023

    • Author(s)
      西内巧、斎藤秀樹、村上夏希、中野正貴、中山誠二、庄田慎矢
    • Organizer
      日本プロテオーム学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 6遺跡から出土した炭化米における残存タ ンパク質及び代謝物の包括的な解析2023

    • Author(s)
      西内巧,中野正貴,庄田慎矢 、上條信彦
    • Organizer
      第38回日本植生史学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Proteomics Approach to the Biomolecule Degradation of Indigo Dyeing Vessel Deposits2023

    • Author(s)
      Takumi Nishiuchi, Hideki Saito, Natsuki Murakami, Seiji Nakayama and Shinya Shoda
    • Organizer
      42nd conference on Dyes in History and Archaeology.
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 学究無限:吉岡康暢先生卒寿記念論集2025

    • Author(s)
      足立拓朗
    • Total Pages
      480
    • Publisher
      六一書房
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Book] 「パレオプロテオミクスの進歩と展望」東アジア考古科学の新展開2024

    • Author(s)
      西内巧
    • Total Pages
      192
    • Publisher
      雄山閣
    • Related Report
      2023 Annual Research Report

URL: 

Published: 2023-04-18   Modified: 2025-12-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi