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Integrated understanding and manipulation of hypoxic cellular functions by artificial nucleic acids with hypoxia-accumulating properties

Research Project

Project/Area Number 23K26779
Project/Area Number (Other) 23H02086 (2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023)
Section一般
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionAoyama Gakuin University

Principal Investigator

田邉 一仁  青山学院大学, 理工学部, 教授 (40346086)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川井 清彦  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (50314422)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥19,110,000 (Direct Cost: ¥14,700,000、Indirect Cost: ¥4,410,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥10,010,000 (Direct Cost: ¥7,700,000、Indirect Cost: ¥2,310,000)
Keywords低酸素細胞 / 人工核酸 / 遺伝子制御 / 画像化 / ニトロベンジル基
Outline of Research at the Start

申請者は最近、キャリアフリーで低酸素細胞へ核酸を集積するシステム開発に成功した。そこで本研究では、低酸素細胞の機能理解に資する細胞機能操作システムを申請者の人工核酸を用いて構築する。具体的には、以下5種のシステムを、化学合成、化学的手法によるシステム評価、細胞実験、実験動物を用いた機能評価まで、シームレスな実験研究を通じて開発する。
1低酸素細胞に集積する人工核酸の最適化と低酸素細胞のイメージング 2低酸素細胞の遺伝子のみに作動する遺伝子制御 3低酸素細胞における特定生体分子の捕捉と機能制御 4低酸素細胞における遺伝子診断 5低酸素細胞の診断と治療を同時に行うセラノスティクスシステムの構築

Outline of Annual Research Achievements

固形腫瘍や虚血性疾患といった重篤な病変組織内には低酸素状態の細胞(低酸素細胞)が発生する。しかし、低酸素細胞の機能は複雑性に富み、この病的細胞が発生する仕組みや酸素応答性に関する一部の機能は明らかにされつつあるものの、現時点で分子レベルでの全容解明には至っていない。また、この細胞は病変の治療抵抗性、悪性化の原因となることから、機能解明に向けた診断技術と治療法の創出が望まれてきた。
本研究では細胞内で多様な機能を示し得る人工核酸に注目した。近年、短鎖から成る核酸は遺伝子機能を担う次世代の医薬品として、あるいは診断機能材料として注目を集めている。核酸は従来の低分子医薬品や抗体医薬品では狙えないmRNAやmiRNA等の分子を創薬ターゲットとすることが可能であり、かつ高い生体適合性と高い標的特異性をもつ。加えて、配列を設計するだけで標的や機能を変更できるという多機能性を示すことがその大きな特徴である。しかしこれまで、低酸素細胞に集積し、機能する核酸材料はほとんど開発されていない。そこで本研究では、申請者らがこれまでに開発を進めてきた人工核酸にさらに化学修飾を加え、低酸素細胞に選択的集積する機能を付与するとともに、選択的に駆動させることを目指した。今年度は、低酸素選択的集積を実現する置換基ニトロベンジル基のニトロ基の導入場所と数を変え、その集積効率の向上を図った。人工核酸の合成、化学的手法による機能評価と培養細胞を用いた評価を進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2023年度は、より高い選択性でがん低酸素細胞に蓄積する核酸医薬品の開発を目指し、このニトロベンジル基を改良することを試みた。具体的には、ニトロ基の位置をオルト位からパラ位に変更し、低酸素細胞への蓄積特性に変化が現れるかを検討した。ニトロベンジル基は細胞内でニトロレダクターゼ(NR)と反応し、脱離することで、人工核酸は低酸素細胞蓄積特性を示す。p-ニトロベンジル基においてNRとの反応が進行しやすくなることで低酸素蓄積能が向上することを期待した。
p-ニトロベンジル基を修飾した塩基(p-dNBT)を含むDNAオリゴマー(PN-ODN)を6段階を経て合成した。PN-ODNをNRと電子供与体NADH存在下リン酸緩衝液中37 ℃にてインキュベートし、HPLCを用いて反応を解析した。その結果、PN-ODNは既存のオルト置換体(ON-ODN)と比較して効率的な未修飾DNAオリゴマーの生成が確認できた。この結果から、PN-ODNがより効率的に低酸素細胞に蓄積し得ることが示唆された。
さらに、ヒト肺がん細胞A549細胞を用いてPN-ODNの低酸素細胞への蓄積能を調べた。PN-ODNを蛍光標識した相補鎖と二重鎖形成させ、低酸素と有酸素それぞれの条件で培養したA549細胞に投与した。続いて、共焦点レーザー顕微鏡で細胞を観察した結果、PN-ODNから成る二重鎖は低酸素細胞で強く発光しました。以上のことから、PN-ODNは高い低酸素細胞蓄積特性を示すことが示された。

Strategy for Future Research Activity

2023年度に作成した分子システムについては、今後長鎖DNAおよびRNAの修飾を試み、低酸素細胞内での選択的な遺伝子発現制御が実現できるか検討する。また、人工核酸と結合可能な発光色素や19F原子などのシグナル発信分子を設計し、低酸素細胞を可視化し、かつ低酸素セラノスティクスを実現する分子システムの構築を進める。具体的には、DNAのマイナーグルーブに結合するHoechst分子に修飾を加え、蛍光色素やNMRで検出できる19F原子を導入することを想定している。一方、担癌マウスを準備し、動物組織への人工核酸の投与と機能評価を進めていく予定である。

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2023

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] DNA Encoding Strategy for the Identification and Quantification of Poorly Reactive Target Metabolite Using Phenylboronic Acid-tethered Oligodeoxynucleotides2023

    • Author(s)
      Motohashi Yuto、Nishihara Tatsuya、Tanabe Kazuhito
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 52 Issue: 9 Pages: 732-735

    • DOI

      10.1246/cl.230263

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hoechst‐Modification on Oligodeoxynucleotides for Efficient Transport to the Cell Nucleus and Gene Regulation2023

    • Author(s)
      Makanai Hiroki、Nishihara Tatsuya、Nishikawa Makiya、Tanabe Kazuhito
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 25 Issue: 3

    • DOI

      10.1002/cbic.202300645

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Encoding Thiol Metabolite Information into a DNA Sequence by Disulfide Exchange Reaction on Oligodeoxynucleotides for Parallel Analysis of the Metabolite and mRNA2023

    • Author(s)
      Motohashi Yuto、Moritani Shuhei、Nishihara Tatsuya、Tanabe Kazuhito
    • Journal Title

      ChemistrySelect

      Volume: 8 Issue: 29

    • DOI

      10.1002/slct.202302662

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Alkyne-tethered oligodeoxynucleotides that allow simultaneous detection of multiple DNA/RNA targets using Raman spectroscopy2023

    • Author(s)
      Watanabe Hikaru、Maehara Daigo、Nishihara Tatsuya、Tanabe Kazuhito
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 13 Issue: 30 Pages: 20756-20760

    • DOI

      10.1039/d3ra03861k

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] アセチル基による修飾とラマンスペクトルを用いた核酸構造解析2023

    • Author(s)
      田邉一仁
    • Organizer
      第45回日本光医学・光生物学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 19F元素を導入したニトロイミダゾール誘導体による低酸素環境のNMRによる可視化2023

    • Author(s)
      小笹達也・西原達哉・田邉一仁
    • Organizer
      第17回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Regulation of photochemical 1O2 generation by conformational change of artificial oligodeoxynucleotides2023

    • Author(s)
      Sae Harada, Tatsuya Nishihara, Kazuhito Tanabe
    • Organizer
      The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-04-18   Modified: 2024-12-25  

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