| Project/Area Number |
23K27451
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| Project/Area Number (Other) |
23H02760 (2023)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023) |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
藤井 穂高 弘前大学, 医学研究科, 教授 (30302665)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
袴田 健一 弘前大学, 医学研究科, 教授 (30271802)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥14,040,000 (Direct Cost: ¥10,800,000、Indirect Cost: ¥3,240,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
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| Keywords | ブロッキング核酸増幅阻害法 / リキッド・バイオプシー / 癌関連遺伝子 / 変異検出 / ctDNA / ブロッキング核酸増幅法 / 遺伝子変異 / エピゲノム変化 / 癌 / バイオマーカー |
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| Outline of Research at the Start |
研究代表者が過去数年に渡って開発してきたブロッキング核酸増幅法は、遺伝子変異やエピジェネティック・マーカーを高感度に検出できる可能性を秘めた新規技術群である。
本研究課題では、このブロッキング核酸増幅法を用いて、血液中の末梢循環腫瘍DNAから癌関連遺伝子変異やエピジェネティック・マーカーを検出する技術の確立を目指す。加えて、癌治療の時系列における癌関連遺伝子変異やエピジェネティク・マーカーの量の推移をモニタリングし、術後の治療の有効性や再発の有無を判定するための技術開発を行う。将来的に、術後の予後判定だけでなく、健康診断で癌の有無を判定するバイオマーカー検出法としての応用が見込まれる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
各種癌関連遺伝子変異及びエピジェネティック変化をミミックするような系を、プラスミドを用いて作成した。癌関連遺伝子の野生型（陰性対照）と変異型（検出したいもの）のセットや、癌関連遺伝子のプロモーター配列にメチル化を入れていないもの（陰性対照）と入れたもの（検出したいもの）とのセットである。こうした系を用いて、陰性対照と検出したいものを混合してallele frequency (AF) を調整し、ブロッキング核酸増幅法群を適用して、検出したいものが高い感度（少なくとも0.5%のAF）で検出できるように系を最適化した。癌関連遺伝子としては、配列変異はKRAS遺伝子及びALK遺伝子、エピジェネティック変化はCDKN2A/B遺伝子について系を構築した。配列変異検出にはoligoribonucleotide interference (ORNi)-PCR法／clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-recombinase polymerase amplification (RPA) 法／CRISPRi-reverse transcription (RT) 法を用いる。エピジェネティック変化検出にはmethyl CpG-binding protein (MBD) interference (MBDi)-RPA法／DNA-binding protein (DB)-RPA法を用いる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
腫瘍組織や血液サンプルへのアクセス等の点を考慮して標的癌関連遺伝子を決定した。それらについては計画通り、プラスミドやエピジェネティック変化モデル系を用いた実験条件最適化が完了した。また、当初の計画に記載していたBRAF遺伝子についても、V600E変異の検出系の構築を2024年度中に完了する予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
2024年度：既に実験条件最適化が完了している遺伝子について、cfDNAモデル及び健常人血漿を用いた臨床検体ミミック系による検出感度・精度の計測を行う。また、追加でBRAF遺伝子についても、V600E変異の検出系の構築を今年度中に完了する予定である。
2025年度：次いで、患者検体を用いた検出能評価試験を実施する。
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