| Project/Area Number |
23K27608
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| Project/Area Number (Other) |
23H02917 (2023)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023) |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 53030:Respiratory medicine-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
中西 智子 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特別研究員 (70975359)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福永 興壱 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (60327517)
岡田 随象 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (70727411)
長谷川 嵩矩 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 准教授 (80753756)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥18,980,000 (Direct Cost: ¥14,600,000、Indirect Cost: ¥4,380,000)
Fiscal Year 2025: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2023: ¥8,320,000 (Direct Cost: ¥6,400,000、Indirect Cost: ¥1,920,000)
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| Keywords | COVID-19 / RNAシークエンス |
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| Outline of Research at the Start |
ワクチンや治療薬の開発によりCOVID-19重症化リスクは改善された一方で、入院患者や死亡者は未だ存在し、さらに感染が軽快した後の後遺症 (Long COVID)に悩む患者も増加し、COVID-19重症化やLong COVIDを抑制する新たな治療薬の開発の社会的要請は依然として高い。本研究は、 多施設共同研究を通じて集積した日本とカナダのCOVID-19患者を対象として、マルチオミクス解析を通じて人種横断的にCOVID-19重症化や後遺 症の病態生理を解明することを目指す。さらには、人種によらず普遍的に病態の根幹に関わる分子を同定することで新たな治療薬の開発を目指すものである。
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| Outline of Annual Research Achievements |
2023年度は日本コロナウイルスタスクフォースコホートにおいて、約4000検体の血液検体のRNAシークエンスを追加発注した。この約4000検体RNAシークエンスデータに対して、リファレンスゲノムに対するマッピングやleafcutterを用いたalternative splicingの定量化を行なった。また、全ゲノムシークエンス10000検体についてGATKパイプラインを用いてマッピングからvariant callingまで完了し、joint callを開始した。
さらに、過去に実施した1000検体のRNAシークエンスデータに加えて、既存の全ゲノムシークエンスデータや一細胞RNAシークエンスデータのと統合解析を実施した。具体的には全ゲノムシークエンスデータをリファレンスとすることでRNA編集が起きている座位(RNA editing site）を明らかとし、編集量の定量化も行なった。そして、遺伝子発現量、splicing定量値、RNA編集量を形質としたQTL解析（QTL=Quantitative Trait Loci：量的形質遺伝子座）を行ない、新規の関連座位を同定した。
最後に、一細胞RNAシークエンスデータを統合し、RNA発現、splicing、RNA編集が起きている責任細胞腫の同定を目指した。そしてsplicingを含めたトランクリプト全長の理解を深めるため、120検体についてロングリードシークエンスを追加した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度は予算の拡充もあり、大規模にシークエンス解析を実施することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
今年度は、昨年度末に受領したロングリードシークエンスデータを解析し、ショートリードで得られたスプライシングからトランスクリプト全長のマッピングを実行する。さらにロングリードデータによってトランスクリプト全長リファレンスを作成し、ショートリードシークエンスをマッピングすることで、全長トランスクリプトによる発現量の定量化を実施する。
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