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Artificial reconstitution and reservoir-computing applications of neuronal networks exhibiting high-dimensional dynamics

Research Project

Project/Area Number 23K28179
Project/Area Number (Other) 23H03489 (2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023)
Section一般
Review Section Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

山本 英明  東北大学, 電気通信研究所, 准教授 (10552036)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 茂雄  東北大学, 電気通信研究所, 教授 (10282013)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2027-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000)
Fiscal Year 2026: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Keywords物理レザバー / 培養神経回路 / 多点電極アレイ / マイクロ流体デバイス / バイオコンピューティング / 物理リザバー / カルシウムイメージング / オプトジェネティクス / リザバーコンピューティング
Outline of Research at the Start

本研究では,マイクロ流体デバイスを用いた培養神経回路の構造制御技術を先端バイオ計測技術と融合させることにより,生物の脳がバイオ素子に基づいて実現する情報処理をボトムアップ的に解析するための新しい実験系を創成する.具体的には,生物の脳神経系で進化的に保存されているモジュール構造に焦点をあてて,高次元の神経ダイナミクスが安定に保持される回路的メカニズムを構造機能相関の観点から明らかにする.さらにレザバー計算の理論を用いて刺激応答パターンをデコードすることで,適度な高次元性を有する自己組織化臨界状態の計算論的意義を明らかにする.

Outline of Annual Research Achievements

本研究では,マイクロ流体デバイスを用いた培養神経回路の構造制御技術を先端バイオ計測技術と融合させることにより,生物の脳がバイオ素子に基づいて実現する情報処理をボトムアップ的に解析するための新しい実験系を創成することを目指している.初年度には,500細胞程度から構成される大規模培養神経回路を構築し,リザバーコンピューティングの枠組みを用いて,音声信号から手書き文字を生成する感覚運動制御タスクを実装し,刺激に応答して現れる大規模培養神経回路の神経ダイナミクスの特性と運動信号生成タスクにおける情報処理性能の関係について調べた.先行研究で用いていた100細胞程度の小規模回路と,今回新たに作製した大規模回路を比較したところ,小規模回路では刺激によって神経回路に誘起される過渡応答がすぐに減衰し,入力音声信号に対応した出力を生成するための運動信号が,生成されなかった.一方,大規模回路では過渡応答が十分に長く続き,出力信号を安定に生成できることが分かった.続いて,生成する時系列信号とリザバー計算性能の関係を調べたところ,信号持続時間が平均3.69秒,入力刺激を受けてから出力信号を生成し始めるまでの遅延時間が平均0.05秒の時に平均二乗誤差が最小化されることが分かった.実際,大規模培養神経回路の過渡応答は4秒程度あることから,この結果は教師信号の持続時間がその時間に相当するときに性能が最も高くなることを示している.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

大規模な培養神経回路をパターニングするためのマイクロ流体デバイスを開発し,その刺激応答特性をリザバーコンピューティングの枠組みで解析する実験が予定通りに進んでいる.高密度多点電極アレイ上の培養神経回路に同様の実験を実装するための条件出しも進んでいる.

Strategy for Future Research Activity

高密度多点電極アレイ上の培養神経回路の刺激応答特性をリザバーコンピューティングで解析すること,およびリザバー層と出力層の荷重値をオンラインでリアルタイムに最適化するためのコーディングを進める.

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (39 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (30 results) (of which Int'l Joint Research: 16 results,  Invited: 6 results)

  • [Int'l Joint Research] バルセロナ大学/グラナダ大学(スペイン)

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  • [Int'l Joint Research] マックスプランク研究所(ドイツ)

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  • [Journal Article] Enhanced responses to inflammatory cytokine interleukin-6 in micropatterned networks of cultured cortical neurons2024

    • Author(s)
      M. Sakaibara, H. Yamamoto, H. Murota, N. Monma, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 695 Pages: 149379-149379

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.149379

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  • [Journal Article] Numerical Study on Physical Reservoir Computing With Josephson Junctions2024

    • Author(s)
      Watanabe Kohki、Mizugaki Yoshinao、Moriya Satoshi、Yamamoto Hideaki、Yamashita Taro、Sato Shigeo
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Applied Superconductivity

      Volume: 34 Issue: 3 Pages: 1-4

    • DOI

      10.1109/tasc.2024.3350576

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  • [Journal Article] Microfluidics technologies for reconstituting neuronal network functions in vitro2023

    • Author(s)
      山本英明, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Journal Title

      Oyo Buturi

      Volume: 92 Issue: 5 Pages: 278-282

    • DOI

      10.11470/oubutsu.92.5_278

    • ISSN
      0369-8009, 2188-2290
    • Year and Date
      2023-05-01
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biological neurons act as generalization filters in reservoir computing2023

    • Author(s)
      T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori, K. Ito, S. Moriya, T. Konno, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

      Volume: 120 Issue: 25 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1073/pnas.2217008120

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Microfluidic technologies for reconstituting neuronal network functions in vitro2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, A. Hirano-Iwata, S. Sato
    • Journal Title

      JSAP Review

      Volume: 2023 Issue: 0 Pages: n/a

    • DOI

      10.11470/jsaprev.230420

    • ISSN
      2437-0061
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Modular architecture facilitates noise-driven control of synchrony in neuronal networks2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, F.P. Spitzner, T. Takemuro, V. Buendia, H. Murota, C. Morante, T. Konno, S. Sato, A. Hirano-Iwata, A. Levina, V. Priesemann, M.A. Munoz, J. Zierenberg, J. Soriano
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Issue: 34 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1126/sciadv.ade1755

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Model-free idealization: Adaptive integrated approach for idealization of ion-channel currents2023

    • Author(s)
      M. Sato, M. Hariyama, M. Komiya, K. Suzuki, Y. Tozawa, H. Yamamoto, A. Hirano-Iwata
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 122 Issue: 19 Pages: 3959-3975

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2023.08.019

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    • Peer Reviewed
  • [Presentation] CMOS spiking neural networks for edge computing2024

    • Author(s)
      S. Sato, S. Moriya, S. Ono, H. Yamamoto, Y. Horio, Y. Yuminaka, J. Madrenas
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Parameter analysis for biologically plausible learning algorithms for recurrent SNNs: impact of dynamical and anatomical network properties2024

    • Author(s)
      D. Noe, H. Yamamoto, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Simplified hierarchical reservoir computing model for multi-step ahead time series prediction2024

    • Author(s)
      W. Yu, S. Moriya, H. Yamamoto, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analog circuit design of multiplicative spike-timing-dependent plasticity in 65-nm CMOS2024

    • Author(s)
      S. Moriya, Y. Iida, H. Yamamoto, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Reservoir computing system with ultra-low power analog CMOS spiking neural network LSIs2024

    • Author(s)
      S. Ono, S. Moriya, H. Yamamoto, Y. Yuminaka, Y. Horio, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Designing modular neuronal networks with directional connections to enhance dynamical complexity2024

    • Author(s)
      N. Monma, H. Yamamoto, H. Murota, S. Moriya, N. Fujiwara, A.Hirano-Iwata, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modulation of neuronal ensembles by optogenetic stimulation in biological neuronal networks2024

    • Author(s)
      H. Murota, H. Yamamoto, N. Monma, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Recovery of neuronal activity in culture and numerical models through functional connectivity reorganization2024

    • Author(s)
      T. Sumi, A. M. Houben, A.-C. H?b, H. Yamamoto, H. Kato, Y. Katori, H. Chiba, J. Soriano, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 神経細胞ネットワークの機能を理解し応用するための神経工学技術2024

    • Author(s)
      山本英明
    • Organizer
      Beyond AIワークショップ「培養ニューロンの機能と未来」
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    • Invited
  • [Presentation] アナログCMOSスパイキングニューラルネットワークLSIを用いた超低消費電力リザバー計算システムの実装と画像認識応用2024

    • Author(s)
      小野哲史, 守谷 哲, 山本英明, 弓仲康史, 堀尾喜彦, 佐藤茂雄
    • Organizer
      2024年電子情報通信学会総合大会
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  • [Presentation] 高閾値MOSFETを用いた超低電力アナログCMOSスパイキングニューロン回路の検討2024

    • Author(s)
      酒井哲汰, 守谷 哲, 山本英明, 佐藤茂雄
    • Organizer
      2024年電子情報通信学会総合大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 脳領域間結合のin vitro再構成に向けたマイクロ流体デバイスの開発2024

    • Author(s)
      遠藤壮太, 山本英明, 西村周泰, 酒井原一守, 門間信明, 正水芳人, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      第71回応用物理学会春季学術講演会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] In vitro neuroengineering technologies for reconstituting and decoding neuronal network dynamics2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, A. Hirano-Iwata, S. Sato
    • Organizer
      Tohoku NeuroTech Symposium (TNS) 2023
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Physical reservoir computing using dynamics of biological neuronal network with modular structure2023

    • Author(s)
      T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori, K. Ito, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2023)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] マイクロパターン培養神経ネットワークのダイナミクスを用いたリザバーコンピューティング2023

    • Author(s)
      住 拓磨, 山本英明, 伊藤亘輝, 香取勇一, 佐藤茂雄, 平野愛弓
    • Organizer
      第33回日本神経回路学会全国大会
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  • [Presentation] 人工神経細胞回路における摂動応答特性のモジュール構造依存性の解析2023

    • Author(s)
      室田白馬, 山本英明, 竹室汰貴, 佐藤茂雄, J. Soriano, 平野愛弓
    • Organizer
      第33回日本神経回路学会全国大会
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  • [Presentation] 結合指向性を有する神経細胞ネットワークの in vitro-in silico モデリング2023

    • Author(s)
      門間信明, 山本英明, 室田白馬, 守谷 哲, 藤原直哉, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
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  • [Presentation] 大規模モジュール構造型培養神経回路のリザバー特性の解析2023

    • Author(s)
      伊藤亘輝, 山本英明, 住 拓磨, 香取勇一, 佐藤茂雄, 平野愛弓
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
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  • [Presentation] 人工神経細胞回路における光刺激前後での神経アンサンブルの解析2023

    • Author(s)
      室田白馬, 山本英明, 門間信明, 佐藤茂雄, 平野愛弓
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
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  • [Presentation] 高密度多点電極アレイ上にパターニングしたモジュール構造型大規模培養神経回路の活動解析2023

    • Author(s)
      薗 勇輝, 山本英明, 佐藤有弥, 香取勇一, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
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  • [Presentation] Analog Hardware Implementation of Spiking Neural Networks for Edge Computing2023

    • Author(s)
      S. Moriya, H. Yamamoto, S. Sato, Y. Yuminaka, Y. Horio, J. Madrenas
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
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  • [Presentation] Bottom-Up Investigation of Multicellular Computing Within Biological Neuronal Networks2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, T. Sumi, Y. Sato, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modular Topology Enhances Reservoir Computing Performance in Biological Neuronal Networks2023

    • Author(s)
      T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori, K. Ito, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複数の記憶容量を有する階層型リザバーコンピューティングによる マルチステップ時系列予測2023

    • Author(s)
      W. Yu, 守谷 哲, 山本英明, 佐藤茂雄
    • Organizer
      電子情報通信学会 ニューロコンピューティング(NC)研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] アナログCMOSスパイキングニューラルネットワーク回路を用いた超低消費電力リザバー計算システムの設計2023

    • Author(s)
      小野哲史, 守谷 哲, 山本英明, 弓仲康史, 堀尾喜彦, 佐藤茂雄
    • Organizer
      電子情報通信学会 ニューロコンピューティング(NC)研究会
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  • [Presentation] 人工神経細胞回路を用いた物理リザバーコンピューティング2023

    • Author(s)
      山本英明, 住 拓磨, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第48回研究会 (CHEMINAS48)
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    • Invited
  • [Presentation] 生体工学と機械学習による神経回路機能の探求2023

    • Author(s)
      山本英明
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2023 (SSI2023)
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      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Analog CMOS implementation of neuromorphic hardware2023

    • Author(s)
      S. Sato, S. Moriya, S. Ono, H. Yamamoto
    • Organizer
      The 2023 International Meeting for Future Electron Devices, Kansai (IMFEDK 2023)
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Optogenetic perturbation of engineered neuronal networks grown in vitro2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      16th International Symposium on Nanomedicine (ISNM2023)
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Enhanced modulation of spontaneous neural activity by interleukin-6 in micropatterned neuronal networks2023

    • Author(s)
      M. Sakaibara, H. Yamamoto, H. Murota, N. Monma, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      16th International Symposium on Nanomedicine (ISNM2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-04-18   Modified: 2024-12-25  

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