Development of cyclic peptide-protein complex structure database and peptide design method

• Project/Area Number: 23K28186
• Project/Area Number (Other): 23H03496 (2023)
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund (2024); Single-year Grants (2023)
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
• Research Institution: Tokyo Institute of Technology
• Principal Investigator: 大上 雅史 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (50743209)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 山本 一樹 東京大学, アイソトープ総合センター, 特任助教 (90758301)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2026-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥18,850,000 (Direct Cost: ¥14,500,000、Indirect Cost: ¥4,350,000); Fiscal Year 2025: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000); Fiscal Year 2024: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000); Fiscal Year 2023: ¥7,670,000 (Direct Cost: ¥5,900,000、Indirect Cost: ¥1,770,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / 環状ペプチド / タンパク質構造予測 / 医薬品設計 / 中分子創薬

Outline of Research at the Start

本研究は、中分子創薬として大きく注目される環状ペプチド創薬の計算技術による加速を目的とし、標的タンパク質への結合能を有する環状ペプチドの計算による設計技術を開発する。既知の環状ペプチドとタンパク質の複合体構造を人手でキュレーションしたデータベースを構築し、これらのデータを活用した環状ペプチドの計算設計を実現する。環状型であることと、非標準アミノ酸を含むことから、タンパク質立体構造予測AIはそのままでは利用できない。本研究の情報収集・整理・活用を経て、創薬に資する環状ペプチドを設計できる計算技術の開発を目指す。