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High-efficiency urine cell DNA separation by transient isotachophoresis and fragmentomic anaysis

Research Project

Project/Area Number 23K28457
Project/Area Number (Other) 23H03769 (2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023)
Section一般
Review Section Basic Section 90130:Medical systems-related
Basic Section 90140:Medical technology assessment-related
Sections That Are Subject to Joint Review: Basic Section90130:Medical systems-related , Basic Section90140:Medical technology assessment-related
Research InstitutionShibaura Institute of Technology

Principal Investigator

二井 信行  芝浦工業大学, 工学部, 教授 (10508378)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥18,980,000 (Direct Cost: ¥14,600,000、Indirect Cost: ¥4,380,000)
Fiscal Year 2025: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥11,050,000 (Direct Cost: ¥8,500,000、Indirect Cost: ¥2,550,000)
Keywordsurine cell-free DNA / liquid biopsy / isotachophoresis / fragmentomics / リキッドバイオプシー / 等速電気泳動 / DNA断片化状態 / セルフリーDNA / オープンゲル電気泳動
Outline of Research at the Start

ucfDNAの断片omics解析を目標として,過渡等速電気泳動(tITP)による短鎖で高収率のDNA抽出法,ならびに, 次世代シーケンシング(NGS)にてDNAの断片化状態を損なうことなく解読する方法を開発する.具体的には,申請者がこれまでに構築した過渡等速電気泳動(tITP)による体液からのcfDNA濃縮→分離→抽出技術をベースに,ucfDNAの高収率・短鎖選択的抽出(あるいは精製)技術を確立する.さらに,断片化の情報を残しうる複数のNGSライブラリ調製法を経て得られたucfDNAのシーケンシング結果を統合することで,感染症,とくに結核に特徴的なucfDNAの断片化状態を明らかにする.

URL: 

Published: 2023-04-18   Modified: 2024-08-08  

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