| Project/Area Number |
23KF0048
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 外国 |
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| Review Section |
Basic Section 56040:Obstetrics and gynecology-related
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
沖 真弥 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (90452713)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
ZOU ZHAONAN 京都大学, 医学研究科, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2023-04-25 – 2025-03-31
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| Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
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| Keywords | 環境因子 / エピゲノム / 転写制御機構 |
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| Outline of Research at the Start |
古くからの疫学調査により、妊娠中の環境変化が先天異常を惹起することが知られていたが、異常の端緒となる細胞タイプについての理解は不十分である。その謎に迫るために本研究では、受入研究室の最先端のPIC技術により、いくつかの候補ROIに対し局所的かつ高深度なオミクスプロファイリングを行う。さらに、候補者が開発したChIP-Atlasを用いて、得られたROI特異的な環境因子応答性遺伝子とエンハンサーをまとめて制御する転写因子を推定する。これにより、環境要因によるエピゲノムランドスケープの変容と、それによる転写因子結合の変化を理解し、さらに遺伝子発現の変動や形態異常に至る一連のプロセスを解明する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
環境因子や薬物の作用機序を探索するために、公共ChIP-seqビッグデータを駆使し、薬物摂動トランスクリプトームを入力とする転写因子結合プロファイリング法が開発された（DEG-ChIPEA）。これによる推定精度を改善するため、本研究ではエピゲノムデータ（ATAC-seq）と 30 万件以上の公開ChIP-seqデータを組み合わせた統合解析手法（DAR-ChIPEA）を構築した。AUROC score を利用した精度評価により、環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定における提案手法の有効性を確認した（DEG-ChIPEA, 0.70; DAR-ChIPEA, 0.73; p < 0.001）。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定手法を開発した。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、化合物を添加した培地を用いた全胚培養実験を進めていく。
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