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A study of human population genomics on the peopling history of East Eurasians and the role of vitamin D

Research Project

Project/Area Number 23KF0206
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund
Section外国
Review Section Basic Section 45050:Physical anthropology-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

太田 博樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) ABOOD STEVEN  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2023-11-15 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
Fiscal Year 2025: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2024: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywordsホモ・サピエンス / 東ユーラシア大陸 / 進化 / 多様性 / ゲノム / ビタミンD / 環境適応 / 集団史 / 拡散 / 正の自然選択 / 東アジア大陸 / 縄文人 / 遺伝的多型 / 表現型
Outline of Research at the Start

現生人類(ホモ・サピエンス)は約6万年前にアフリカ大陸からユーラシア大陸へ拡散し、約5万年前までに東南アジアへ到達した。その後、ユーラシア大陸の東端を北上し、約4万年前には北京近郊まで到達していた。日本列島からは約3.8万年前の石器が見つかっており、かなり急速に高緯度に適応する必要があった。このため、生体におけるビタミンDの合成にかかせない紫外線を浴びる量が変化し、これに適応する必要があったと考えられる。その適応方法として、遺伝的適応と摂食物による適応の大きく2つが考えられる。本研究では、現代人および古代人のゲノム解析および分子細胞実験を通じて、この適応の謎に挑戦する。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、東ユーラシア人類集団の形成過程とビタミンDの役割に関して、集団ゲノム学的な解析を進めている。2024年度には、外国人特別研究員Steven Abood氏と共に、私(太田博樹)は東ユーラシア集団の形成史に関する総説論文を執筆した。本論文では、古代ゲノム研究の進展にともないアフリカ単一起源説が強固に証明されるとともに、古代型人類と現生人類(ホモ・サピエンス)との交雑が明らかになったことにより、アフリカ単一起源説が複雑さを増したことについて論じた。これを踏まえた上で、ホモ・サピエンスの初期移住者が東南アジアから高緯度地域へと北上した過程を論じた。この移動は最終氷期と重なり、低光量環境・寒冷・食糧不足といった厳しい環境への適応が必要であったことを指摘した。この総説論文は、Journal of Physiological Anthropology 誌へ投稿し、受理され、既に掲載されている。論文執筆と並行して、こうした環境要因への適応にビタミンDが果たした可能性について議論を重ね、研究計画を再検討した。その過程で、Abood氏は文献・データベース検索を通じて、東ユーラシア人類の摂食物に含まれるビタミンDとの関連に注目し、関連遺伝子のリスト化を進めた。これらの成果は今後のゲノム解析に向けた基盤となる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当該外国人研究員は、最初は大学キャンパスの近くの寮に住んでいたが、交通量の多い大通りに面した部屋で、その騒音のため、睡眠不足をうったえ、やや体調を崩した。この理由から、静かな場所へ引っ越しを余儀なくされた。こうした外国での慣れない環境への不適応のため、研究計画の進捗状況は予定よりやや遅れている。しかし、来日してからこれまでに、既に総説論文を執筆し、出版している。この点、そのおくれを取り戻しているとも言える。

Strategy for Future Research Activity

東ユーラシア人類集団の環境適応とビタミンDの関連について、文献検索およびデータベース検索を実施し、ゲノム解析対象とする遺伝子のリスト化を進めた。今後は、このリストをもちい、当研究室で既に得られている縄文人骨のゲノム配列データを解析し、東ユーラシア人類集団における環境適応に関連したと推定される遺伝子群の一塩基多型(SNP)の頻度と縄文人における頻度を比較し、集団間の遺伝子頻度の差違を検出する。

Report

(2 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2025 2024 2023

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 5 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Human dispersal into East Eurasia: ancient genome insights and the need for research on physiological adaptations2025

    • Author(s)
      Abood Steven、Oota Hiroki
    • Journal Title

      Journal of Physiological Anthropology

      Volume: 44 Issue: 1 Pages: 5-18

    • DOI

      10.1186/s40101-024-00382-3

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago2024

    • Author(s)
      Nishimura, L., Tanino, A., Ajimoto, M., Katsumura, T., Ogawa, M., Koganebuchi, K., Waku, D., Kumagai, M., Sugimoto, R., Nakaoka, H., Oota, H., & Inoue, I.
    • Journal Title

      PloS one

      Volume: 19(1) Issue: 1 Pages: 0295924-0295924

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0295924

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Endocrine, inflammatory and immune responses and individual differences in acute hypobaric hypoxia in lowlanders2023

    • Author(s)
      Nishimura Takayuki、Motoi Midori、Toyoshima Hideo、Kishida Fumi、Shin Sora、Katsumura Takafumi、Nakayama Kazuhiro、Oota Hiroki、Higuchi Shigekazu、Watanuki Shigeki、Maeda Takafumi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 12659-12659

    • DOI

      10.1038/s41598-023-39894-w

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Infectious diseases may have arrested the southward advance of microblades in Upper Palaeolithic East Asia2023

    • Author(s)
      Aoki Kenichi、Takahata Naoyuki、Oota Hiroki、Wakano Joe Yuichiro、Feldman Marcus W.
    • Journal Title

      Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences

      Volume: 290 Issue: 2005 Pages: 20231262-20231262

    • DOI

      10.1098/rspb.2023.1262

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] eopling History of East Eurasians and Kinship in the Neolithic Japanese Archipelago Based on Paleogenomics2023

    • Author(s)
      Hiroki Oota
    • Organizer
      Genes, genomes and identities: Japan in national and transnational perspectives
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 古代ゲノムから見た日本列島の現生人類2023

    • Author(s)
      太田博樹
    • Organizer
      日本学術会議公開シンポジウム 「最終氷期以降の日本列島の気候・環境変動と人類の応答」
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 古代ゲノム学の歴史と今後の展開2023

    • Author(s)
      太田博樹
    • Organizer
      第4回 木村資生記念 進化学セミナー
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ヒト進化と脳の謎 なぜネアンデルタール人のゲノムを調べるの?2023

    • Author(s)
      太田博樹
    • Organizer
      早稲田大学人間科学学術院 生命科学系シンポジウム「脳の不思議と人間の進化」
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ゲノム研究から明らかになった人類進化2023

    • Author(s)
      太田博樹
    • Organizer
      第39回国際生物学賞記念講演会「─ バイオインフォマティクスとゲノム研究から見えてきた生き物の不思議 ─」
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] ゲノムでたどる古代の日本列島2023

    • Author(s)
      斎藤成也、山田康弘、太田博樹、他
    • Total Pages
      287
    • Publisher
      東京書籍
    • ISBN
      4487816610
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Book] 古代ゲノムからみたサピエンス史2023

    • Author(s)
      太田博樹
    • Total Pages
      255
    • Publisher
      吉川弘文館
    • ISBN
      4642059652
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-11-17   Modified: 2025-12-26  

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