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液相への物性変化を介した細胞内構造体の解体メカニズムの解明

Research Project

Project/Area Number 23KJ0810
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund
Section国内
Review Section Basic Section 44010:Cell biology-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

馬渕 陽  東京大学, 薬学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2023-04-25 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,700,000 (Direct Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2025: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2024: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords液-液相分離
Outline of Research at the Start

生命現象の適切な進行には、特定の機能を果たしたタンパク質複合体がタイミングよく解体されることが重要である。一般に、タンパク質複合体が解体される際には、酵素などの分子が1 つ1つの複合体構成分子に作用し、分子間結合を解離させると考えられている。しかし、この考え方では、多数のタンパク質からなる巨大な細胞内構造体を “迅速に”解体させるメカニズムを説明するのは難しい。本研究では、「細胞内構造体の物性変化」という独自の観点から、注目する巨大な細胞内構造体の迅速な解体を可能にするメカニズムとその生理的意義を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

生命現象の適切な進行には、特定の機能を果たしたタンパク質複合体がタイミングよく解体されることが重要である。本研究では、「多数の構成分子からなる巨大な細胞内構造体が、どのように迅速に解体されるのか」という問いに対し、「細胞内構造体の液相への物性変化」という独自の観点から、そのメカニズムと生理的意義を明らかにすることを試みる。当該年度においては、着目する細胞内構造体の解体メカニズムについて、以下の進捗を得ている。
これまでに、ノックアウト細胞株等を用いた細胞生物学的な解析により、着目する細胞内構造体の解体を制御する酵素を新規に同定していたが、その詳細なメカニズムは不明であった。当該年度においては、生化学アッセイおよび質量分析法を用いて、この解体酵素を介した構造体解体の分子機構の詳細な解析を行った。その結果、この解体酵素が特定の構造体構成分子と相互作用し、翻訳後修飾を直接的に付加することが明らかとなった。さらに、この解体酵素が構成分子間の相互作用を弱めることを見出した。今後は、クロスリンキング質量分析法等を用いて、翻訳後修飾を介した構成分子間の相互作用の詳細な変化をアミノ酸レベルで解析し、液相への物性変化を介した構造体解体メカニズムの詳細に迫る予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の予定通り、着目する細胞内構造体の解体メカニズムに関して、その詳細な分子機構の解析を行い、翻訳後修飾を介した解体メカニズムの一端を明らかにした、さらに、液相への物性変化の検出系の構築においても一定の進捗を得ていることから、順調に研究が進展していると言える。

Strategy for Future Research Activity

生理的な条件下において、注目する細胞内構造体の液相への物性変化が起こっているかを検証する。CRISPR-Cas9システムを用いた遺伝子ノックインにより細胞株を作製し、粘性感受性蛍光プローブや、光褪色後蛍光回復法を用いて構造体の粘性変化を評価する。また、物性変化の分子メカニズムに関して、クロスリンキング質量分析法を用いて、翻訳後修飾による分子間相互作用の変化をアミノ酸レベルで網羅的に解析し、分子機序を明らかにする。その後、確立した物性変化の評価系、および翻訳後修飾の導入部位や分子間相互作用の情報を基に、物性変化能を欠失した細胞を作成する。この細胞株を用いて、注目する細胞内構造体が短時間で解体される生理的意義を問う。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] ssDNA is not superior to dsDNA as long HDR donors for CRISPR-mediated endogenous gene tagging in human diploid RPE1 and HCT116 cells2023

    • Author(s)
      Mabuchi Akira、Hata Shoji、Genova Mariya、Tei Chiharu、Ito Kei K.、Hirota Masayasu、Komori Takuma、Fukuyama Masamitsu、Chinen Takumi、Toyoda Atsushi、Kitagawa Daiju
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 24 Issue: 1 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1186/s12864-023-09377-3

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A CRISPR-del-based pipeline for complete gene knockout in human diploid cells2023

    • Author(s)
      Takuma Komori, Shoji Hata, Akira Mabuchi, Mariya Genova, Tomoki Harada , Masamitsu Fukuyama , Takumi Chinen , Daiju Kitagawa
    • Journal Title

      J Cell Sci (2023) 136 (6): jcs260000.

      Volume: 136 Issue: 6 Pages: 136-136

    • DOI

      10.1242/jcs.260000

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comparable analysis of multiple DNA double-strand break repair pathways in CRISPR-mediated endogenous tagging2023

    • Author(s)
      Tei Chiharu、Hata Shoji、Mabuchi Akira、Okuda Shotaro、Ito Kei K、Genova Mariya、Fukuyama Masamitsu、Yamamoto Shohei、Chinen Takumi、Toyoda Atsushi、Kitagawa Daiju
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: -

    • DOI

      10.1101/2023.06.28.546861

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Open Access
  • [Presentation] CRISPRノックインにおけるdoggybone DNAドナーの有用性の評価2024

    • Author(s)
      髙木璃桜花、畠星治、鄭千遥、馬渕陽、豊田敦、北川大樹
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] NEK2 disassembles centriolar subdistal appendages at the onset of mitosis to facilitate proper centrosome separation2023

    • Author(s)
      馬渕陽, Ana P. Peidro, 畠星治, 原田知季, Enrico S. Atorino, 北川大樹, Elmar Schiebel
    • Organizer
      EMBO Workshop Centrosomes in development, disease and evolution
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 紡錘体形成を開始させる中心体分離のタイミング制御機構2023

    • Author(s)
      畠 星治、馬渕 陽、Ana P. Peidro、原田 知季、Elmar Schiebel、北川 大樹
    • Organizer
      第96回 日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 蛍光タンパク質の内在性タギングにおける二重鎖切断修復経路の影響の検討2023

    • Author(s)
      鄭千遥, 畠星治, 馬渕陽, 北川大樹
    • Organizer
      第 75 回日本細胞生物学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 複数のD N A二重鎖切断修復経路の比較解析による高精度なCRISPRノックイン手法の開発2023

    • Author(s)
      鄭千遥, 畠星治, 馬渕陽, 豊田敦, 北川大樹
    • Organizer
      第22回次世代を担う若手のためのファーマ・バイオフォーラム2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-26   Modified: 2024-12-25  

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