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How does DNA replication timing arise from the physical nature of chromatin?

Research Project

Project/Area Number 23KJ0998
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund
Section国内
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionThe Graduate University for Advanced Studies

Principal Investigator

南 克彦  総合研究大学院大学, 生命科学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2023-04-25 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2024: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywordsクロマチン / DNA複製 / 超解像蛍光顕微鏡
Outline of Research at the Start

真核細胞の染色体複製には順序があり、細胞周期S期の前期にはユークロマチンが、後期にはヘテロクロマチンが複製される。細胞周期ごとに正確に再現する順序は、分子レベルでどのように決定されているのだろうか?
本研究では、ゲノム複製タイミングの背後に存在するクロマチンの物理的性質を解明し、それがどのように複製タイミング決定に作用しているか明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

真核細胞の染色体複製には順序があり、細胞周期S期の前期にはユークロマチンが、後期にはヘテロクロマチンが複製される。細胞周期ごとに正確に再現する順序は、分子レベルでどのように決定されているのだろうか?
研究代表者らは、細胞周期S期の特定タイミングで複製されたクロマチンを特異的に蛍光標識する手法(Repli-Histo標識)を確立した。Repli-Histo標識を、受入研究室の有する単一ヌクレオソームイメージングと組み合わせ、DNA複製タイミングが早いクロマチンほど局所的揺らぎが大きいことを見出している。本研究では、ゲノム複製タイミングの背後に存在するクロマチンの物理的性質を解明し、それがどのように複製タイミング決定に作用しているか明らかにする。

2023年度は、採用前の予備実験に引き続き、生きた細胞でクロマチン動態と複製タイミングの相関を解析した。計画当初の予想通り、複製タイミングが早いクロマチンほど局所的揺らぎが大きいことを見出した。さらに、この相関が普遍的に見られる現象であるか検証するため、複数種の哺乳類細胞でRepli-Histo標識を実施した。各細胞でヌクレオソームの動きを観察したところ、細胞種によらず同様の結果が再現することが明らかになった。
また、ヌクレオソームの動きを細胞周期の様々なポイントで観察したところ、複製タイミングとヌクレオソームの動きの相関は、DNA複製が生じる前後にかかわらず間期(G1期・G2期)を通じて維持されていることが明らかになった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

Repli-Histo標識を複数の細胞種で確立したほか、これを用いて上述の通り計画当初の想定を上回る研究成果が得られた。以上の成果は国際学会での口頭発表2件を含む具体的な成果として発表した。

Strategy for Future Research Activity

クロマチンの揺らぎは、クロマチンのアクセシビリティと関連している。したがって、複製タイミングとクロマチン動態の相関は、アクセシビリティが複製タイミング決定の根幹であることを示唆する。2024年度では、これらの事象の因果関係を探索する。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Chromatin organization and behavior in HRAS-transformed mouse fibroblasts2024

    • Author(s)
      A. Otsuka, K. Minami, K. Higashi, A. Kawaguchi, S. Tamura, S. Ide, M.J. Hendzel, K. Kurokawa, and K. Maeshima
    • Journal Title

      Chromosoma

      Volume: - Issue: 2 Pages: 14-14

    • DOI

      10.1007/s00412-024-00817-x

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Behaviors of nucleosomes with mutant histone H4s in euchromatic domains of living human cells2024

    • Author(s)
      A. Semeigazin, S. Iida, K. Minami, S. Tamura, S. Ide, K. Higashi, A. Toyoda, K. Kurokawa, and K. Maeshima
    • Journal Title

      Histochemistry and Cell Biology

      Volume: - Issue: 1-2 Pages: 23-40

    • DOI

      10.1007/s00418-024-02293-x

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2024

    • Author(s)
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 前島一博
    • Organizer
      第6回 ゲノム生物物理学セミナー
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2024

    • Author(s)
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 前島一博
    • Organizer
      ゲノムモダリティ若手の会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2024

    • Author(s)
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 前島一博
    • Organizer
      理研シンポジウム 細胞核の構造と機能
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling revealed that chromatin motion can determine DNA replication timing2023

    • Author(s)
      南克彦, 井手聖, 田村佐知子, 鐘巻将人, 前島一博
    • Organizer
      第61回 日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling revealed that a genome-wide landscape of local nucleosome motion can determine DNA replication timing2023

    • Author(s)
      K. Minami, S. Ide, S. Tamura, M.T. Kanemaki, K. Maeshima
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting - Eukaryotic DNA Replication & Genome Maintenance
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Replication-dependent histone (Repli-Histo) labeling specifically visualizes physical properties of euchromatin/heterochromatin in living human cells2023

    • Author(s)
      K. Minami, S. Ide, S. Tamura, K. Maeshima
    • Organizer
      Cell Bio 2023-An ASCB/EMBO Meeting
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 変異型HRAS形質転換細胞ではクロマチンが凝縮している

    • URL

      https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2024/02/research-highlights_ja/rh20240224.html

    • Related Report
      2023 Research-status Report

URL: 

Published: 2023-04-26   Modified: 2024-12-25  

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