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Elucidation of the molecular mechanism defining the position of human replication origins by the AID2 system and its application.

Research Project

Project/Area Number 23KJ0999
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund
Section国内
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionThe Graduate University for Advanced Studies

Principal Investigator

鳩山 雄基  総合研究大学院大学, 生命科学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2023-04-25 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2024: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
KeywordsDNA複製 / 改良オーキシンデグロン法 / 細胞周期
Outline of Research at the Start

DNAの複製は生物の生存や増殖に必須な過程であり、この分子メカニズムはこれまで主に酵母を用いて詳細に解析されてきたが、実はヒト細胞では、主に技術的ハードルから詳細な解析が行われてこなかった。そこで私は所属研究室で開発された、複製因子の解析に極めて有効であるAID2法を、酵母で特定された複製開始領域を規定するタンパク質ORC1に適用する。これにより、ヒト細胞においてどのような分子メカニズムによってDNAの複製を開始する場所が決定されているのかを明らかにすることを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

哺乳類細胞において、どのような分子メカニズムによってDNA複製開始領域が決められているのかを明らかにするために、複製起点認識複合体(ORC)のうち、ヒト細胞において必須性に議論があるORC1の解析をおこなった。解析に際して、ヒトHCT116培養細胞株を材料に、所属研究室で開発された改良オーキシンデグロン(AID2)法を用いてORC1の分解除去を試みた。しかしながら、AID2による分解はORC1の解析には不十分であることが判明した。そこで、BromoTagという別のデグロンとAID2デグロンを2つタンデムに繋げたダブルデグロンを開発することにより、ORC1の分解効率強化を図った。実際にダブルデグロン技術により、ORC1の分解効率を強化することに成功し、ヒトでのORC1の必須性を証明した。別の複製因子CDC6においても、ダブルデグロンでの分解強化、必須性を証明でき、当技術の汎用性を確認した。さらに、ORC1、CDC6の両方を同時にダブルデグロン法により強力に分解した結果、DNA複製を完全に抑制することに成功した。このことから、DNA複製の開始経路は出芽酵母とヒト細胞で共通しており、別の分子経路は存在しないことを明確に示した。興味深いことにDNA複製を完全に抑制すると、ヒト細胞はDNA複製が生じないまま細胞周期を進行させ、分裂期まで移行することを見出した。この分裂期では姉妹染色分体を持たない一本の凝集した分裂期染色分体を形成していることから、DNA複製が全く起きなければ細胞周期はDNA複製から完全に独立して進行することを見出した。この結果は細胞にはDNAが複製されたかどうかを認識するチェックポイントが存在しないことも同時に示唆している。当成果は国内学会で二度、国際学会で一度報告した。これらの結果を論文として取りまとめ、国際学術誌出版に向けリバイス版を作成している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り、ORC1のヒト細胞での重要性を評価する際に、新たに開発したダブルデグロン法によりORC1がヒト細胞でも細胞の増殖、生存に必須であることを突き止めたが、強力なORC1の分解除去後でもDNAの複製は開始していることが判明した。これにより、まだわずかに残っているORC1により複製経路が進んでしまっているのか、それともヒト細胞ではORC1の経路に依存しない別の複製経路が存在するのか、という疑問が生じた。よって当初の計画ではORC1とMCMヘリカーゼのゲノム上マッピングを計画していたが、より根本的疑問である当問題の解決を目指した。そこで、ORC1と同一の分子経路にてMCMヘリカーゼをクロマチン上にローディングすると考えられている別の因子CDC6を、ORC1と同時にダブルデグロン法により強く分解除去できる細胞株を作成した。ORC1とCDC6を同時に強く分解した結果、DNA複製の開始は完全に抑制されたため、この経路がヒトのDNA複製にも必須経路であることを証明できた。さらにこの完全な複製阻害時に細胞は分裂期まで進行したことから、細胞周期の進行はDNA複製から独立して進行できることを見出した。よって本研究により、計画外の新たな知見を得ることに成功し、当初計画していた以上の今後の発展性が見込まれると判断した。

Strategy for Future Research Activity

2024年度は研究計画を変更し、引き続き複製をバイパスして分裂期へ移行する現象について、より詳しい解析を行う。本細胞株を用いることにより、複製の開始を完全に抑制することができるため、DNA複製と細胞周期、チェックポイントの関係性を明確にすることが可能である。複製が完全に抑えられた際に細胞周期の制御に関与するサイクリンやCDKの発現等を網羅的に解析することや、複製時のチェックポイントの刺激となりうる複製フォークにおけるどの様な因子が、実際のチェックポイント制御に関わっているのかなどを調べることによりこれらの関係性を明確にしていく。また、複製をバイパスして分裂期に移行した細胞は姉妹染色分体を持たないことからうまく分裂することができずM期で停止するが、その後細胞はどのような運命を辿るのかについても、細胞周期マーカーFucciシステムなどを用いてライブイメージングすることで追跡する。さらに、当細胞株は複製なしに細胞周期を進め染色体形成までされることから、核内動態解析や染色体形成分野での研究においても優れた研究材料となることが期待される。他分野の研究室との共同研究も計画している。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Dundee(英国)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] Combination of AID2 and BromoTag expands the utility of degron-based protein knockdowns2024

    • Author(s)
      Hatoyama Yuki、Islam Moutushi、Bond Adam G.、Hayashi Ken-ichiro、Ciulli Alessio、Kanemaki Masato T.
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: -

    • DOI

      10.1101/2024.03.20.586026

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The assembly of the MCM2?7 hetero-hexamer and its significance in DNA replication2023

    • Author(s)
      Hatoyama Yuki、Kanemaki Masato T.
    • Journal Title

      Biochemical Society Transactions

      Volume: 51 Issue: 3 Pages: 1289-1295

    • DOI

      10.1042/bst20221465

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Advancement in degron-based technologies for dissecting pathways involved in chromosome function2024

    • Author(s)
      鳩山雄基
    • Organizer
      第41回染色体ワークショップ・第22核ダイナミクス研究会(小田原)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Enhanced AID2-based protein knockdown systems for the analysis of biological pathways2023

    • Author(s)
      鳩山雄基
    • Organizer
      第27回DNA複製・組換え・修復(3R)ワークショップ(福岡)
    • Related Report
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  • [Presentation] Advancement in degron-based technologies for dissecting pathways involved in DNA replication2023

    • Author(s)
      Yuki Hatoyama
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory meeting EUKARYOTIC DNA REPLICATION and GENOME MAINTENANCE
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    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 六量体複製ヘリカーゼMCM2-7を効率よく組み立てる意義とは?

    • URL

      https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2023/05

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  • [Remarks] 鳩山雄基さんが第27回DNA複製・組換え・修復(3R)ワークショップで学生発表賞を受賞

    • URL

      https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2023/06/information_ja/20230608.html

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  • [Remarks] 鳩山さんが第41回染色体ワークショップ・第22核ダイナミクス研究会で学生優秀ポスター発表賞を受賞

    • URL

      https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2024/02/information_ja/ha20240201.html

    • Related Report
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Published: 2023-04-26   Modified: 2024-12-25  

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