がん免疫療法の新規治療戦略構築を目指した腸内細菌・真菌・ウイルス叢の解析

• Project/Area Number: 23KJ1164
• Research Category: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 国内
• Review Section: Basic Section 50010:Tumor biology-related
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 米倉 慧 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(PD)
• Project Period (FY): 2023-04-25 – 2026-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2025: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
• Keywords: 腸内微生物叢 / 免疫チェックポイント阻害剤

Outline of Research at the Start

免疫チェックポイント阻害薬は華々しい成果を上げつつもその恩恵を受ける患者群は未だ半数以下程度にとどまる。免疫チェックポイント阻害薬の効果予測バイオマーカーとして腸内細菌については報告があるがバイオマーカーとしての腸内真菌・ウイルスの先行研究はこれまで報告されていない。本研究は、腸内細菌のみならず真菌・ウイルスを含めた腸内微生物叢の包括的なプロファイルが悪性黒色腫において免疫チェックポイント阻害薬の治療効果予測バイオマーカーとなるかどうか、またその場合どのような腸内微生物叢ネットワークが観察されるかを明らかにすることを目標とする。

Outline of Annual Research Achievements

（１）悪性腫瘍患者の腸内微生物叢と比較する対照群としての健常者群(n>2000)の糞便ショットガンメタゲノムデータのキュレーションを行った。ホストゲノムのコンタミネーション除去のためのアルゴリズムの最適化を行った。来年度以降は、健常者群の腸内微生物叢の特徴付けを行い、悪性腫瘍患者群との比較に用いる。
（２）悪性黒色腫（皮膚・粘膜）患者の腸内微生物叢の細菌に加え真菌、ウイルス、原虫の同定作業を開始した。来年度以降は、同定された腸内微生物叢について多様性解析、ネットワーク解析を行い、最終的に臨床的な情報との関連性を探る。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は対照群としての健常者WGSデータのキュレーションが完了した。アルゴリズムの最適化も完了したため、次年度以降では実際の悪性腫瘍患者群との比較に進むことができる。

Strategy for Future Research Activity

来年度以降において、まずは健常者群の腸内微生物叢の特徴付け（多様性解析、ネットワーク解析）を行う。悪性黒色腫患者群において多様性解析、ネットワーク解析を行い、（１）健常者との対比；（２）臨床情報との関連付け（レスポンダー・ノンレスポンダー間の差異、生存期間との関連など）を行う予定である。これらが完了した後、論文投稿準備へ進む。