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洞窟性魚類におけるゲノムサイズ多様性が駆動する適応形態の進化機構の解明

Research Project

Project/Area Number 23KJ2201
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund
Section国内
Review Section Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
Research InstitutionNational Museum of Nature and Science, Tokyo

Principal Investigator

小林 大純  独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordsハゼ / 神経 / 洞窟
Outline of Research at the Start

本研究ではゲノムサイズの多様性が洞窟性種の形質進化に及ぼす影響を明らかにするため,複数の洞窟性種を含む熱帯島嶼のハゼ目とコイ目魚類を対象に,まず(1) 全ゲノム配列決定と系統解析を行い,各系の地上-洞窟性ペア種を特定する.次に(2) 特定されたペア種の形態比較と発現変動遺伝子解析を行い,各系の変異形質と関連遺伝子の特定を行う.さらに(3) ペア種ゲノム間の非相同領域と適応遺伝子の比較を行い,ゲノム縮小現象が変異形質に与えた影響を検討する.

Outline of Annual Research Achievements

本年度の研究はコロナ特例による特別研究員の採用特例により10月から開始され、半年間の実施となった。本年度は、計画の第1段階にあたる東南アジア地域の洞窟性魚類の姉妹種特定に向けた系統解析のために必要な地上性種の網羅的な収集をインドネシア、マレーシア、およびオーストラリアでそれぞれ実施した。この過程でハゼ目魚類は約50種、コイ目魚類は約10種程度の標本とゲノム解析用の組織を収集することができた。また、この際にノコギリハゼ科を中心に対象種の側線配置を生体染色法によって観察し、洞窟性種を含む属であるOxyeleotrisにおいて、従来カワアナゴやジャノメハゼ属と同様の「体側部全体に広がる」特異な側線様式が確認され、本属においても暗所環境へ前適応的形質を保持していることが示唆された。さらに、本属については、新規収集標本と博物館標本の検討から、従来認識されていた種の中に複数の隠蔽種が含まれること、Odonteleotris等別属として考えられていたものの一部に本属と本質的に区別できないものが含まれることなど、今後の系統解析の対象種の選定に根本的に重要な系統分類学的知見が得られた。
また、予定していたインド太平洋魚類学会(IPFC11)への参加・発表を行い、国外からの参加者らと今後の研究方針やサンプルの融通について議論を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度はコロナ特例による10月からの採用開始ということで半年の実施になったが、洞窟性種の姉妹種推定のために必要な地上性近縁種・属の標本、組織サンプルをマレーシア、インドネシア、オーストラリアの各国で収集することができた。特にメインの対象となっていたOxyeleotris属およびBarboides属については当該属を網羅的に収集できただけでなく、次年度以降に実施予定の系統解析の外群として今後重要となる種(Prionobutis等)の組織サンプルも収集することができた。また、期間中に参加したニュージーランドで開催されたインド太平洋魚類学会(IPFC11)では、アジアや欧米の洞窟魚の専門家たちと活発な意見の交換を行うことができ、ジャノメハゼ属、ホシマダラハゼ属等の一部の収集困難な分類群の組織サンプルの入手にも道筋をつけることができた。
これらの状況から、年度末時点での本研究は順調に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

次年度以降は、今年度収集した地上性の収集と神経系の観察を継続して行うとともに、インドネシアでの洞窟性種の収集も行う予定である。入手困難な洞窟性種の一部については、国外の博物館サンプルの分譲による入手を試みる。また、収集したサンプルの部分塩基配列による種網羅的な系統解析を実施し、洞窟魚を含む解析すべき系統群の特定作業を行い、全ゲノム解析を行う種の選定と一部のシーケンスを実施する予定である。骨格系の解析については所属機関の変更による影響もあり、分析体制を見直す必要があるが、状況が整い次第、重要なものから分析を開始する。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] サムラトゥランギ大学/ハルオレオ大学/ボゴール動物学博物館(インドネシア)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] トレンガヌ大学(マレーシア)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] A Distant Record of the Cavernicolous Land Crab, <i>Discoplax gracilipes</i> (Crustacea: Decapoda: Gecarcinidae) from Japan2023

    • Author(s)
      Kobayashi Hirozumi、Naruse Tohru
    • Journal Title

      Species Diversity

      Volume: 28 Issue: 2 Pages: 177-187

    • DOI

      10.12782/specdiv.28.177

    • ISSN
      1342-1670, 2189-7301
    • Year and Date
      2023-08-10
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First Records of <i>Paloa villadolidi</i> from Japan with a Redescription of <i>Odonteleotris macrodon</i> (Teleostei: Butidae)2023

    • Author(s)
      Kobayashi Hirozumi、Nishigaki Koji、Saeki Toshifumi、Maeda Ken
    • Journal Title

      Species Diversity

      Volume: 28 Issue: 2 Pages: 165-175

    • DOI

      10.12782/specdiv.28.165

    • ISSN
      1342-1670, 2189-7301
    • Year and Date
      2023-07-25
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The genus Ophiocara (Teleostei: Butidae) in Japan, with descriptions of two new species2023

    • Author(s)
      Hirozumi Kobayashi,Mao Sato
    • Journal Title

      Ichthyological Research

      Volume: 71 Issue: 1 Pages: 119-153

    • DOI

      10.1007/s10228-023-00919-z

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ghost introgression in ricefishes of the genus Adrianichthys in an ancient Wallacean lake2023

    • Author(s)
      Yamahira Kazunori, Kobayashi Hirozumi, Kakioka Ryo, Montenegro Javier, Masengi Kawilarang W. A., Okuda Noboru, Nagano Atsushi J., Tanaka Rieko, Naruse Kiyoshi, Tatsumoto Shoji, Go Yasuhiro, Ansai Satoshi, Kusumi Junko
    • Journal Title

      Journal of Evolutionary Biology

      Volume: 36 Issue: 10 Pages: 1484-1493

    • DOI

      10.1111/jeb.14223

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cavefishes across the ocean: evidence for amphidromy in a cavernicolous goby on tropical islands2023

    • Author(s)
      Hirozumi Kobayashi, Ken Maeda, Mao Sato, Heok Hui Tan, Kotaro Shirai, Midori Iida, Kazunori Yamahira
    • Organizer
      11th Indo-Pacific fish conference
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-04-26   Modified: 2024-12-25  

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