Functional analysis of Gene Desert as an enhancer reservoir in the establishment of cell lineage commitment and its diversity

Research Project

Project/Area Number	23KK0139
Research Category	Fund for the Promotion of Joint International Research (International Collaborative Research)
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	宮崎正輝京都大学, 医生物学研究所, 准教授 (80403632)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	秋山泰身国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50327665) 堀江健太千葉大学, 大学院医学研究院, 特任助教 (90983528)
Project Period (FY)	2023-09-08 – 2028-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help	¥20,800,000 (Direct Cost: ¥16,000,000、Indirect Cost: ¥4,800,000) Fiscal Year 2027: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000) Fiscal Year 2026: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000) Fiscal Year 2025: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000) Fiscal Year 2024: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000) Fiscal Year 2023: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Keywords	エンハンサー / Gene Desert / 細胞種特異的 / 遺伝子発現 / ゲノム構造制御
Outline of Research at the Start	Gene Desertはタンパク質をコードする遺伝子が存在しない広範囲のDNA領域であるがその生物学的意義は不明である。申請者は遺伝子から遠く離れた細胞種特異的なエンハンサーがGene Desert中に存在する事例に着目し、Gene Desertがエンハンサーの格納庫として機能しているのではないかという仮説を打ち立てた。その分子機構の解明のため、UCSDのMurre特別教授との共同研究によりDNA/RNA FISH実験を行い、Gene Desertの核内局在の挙動と転写活性化を同一細胞内で可視化する。そして細胞の特異性を確立するためのGene Desertの新しい概念を提唱することを目指す。