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Creation of Stress Tolerant Microbial Cell Factories based on Multiomics Analysis of Laboratory Evolution Process

Research Project

Project/Area Number 24246134
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biofunction/Bioprocess
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

SHIMIZU HIROSHI  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (00226250)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) FURUSAWA CHIKARA  理化学研究所生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
HIRASAWA TAKASHI  東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 准教授 (20407125)
MATSUDA FUMIO  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 准教授 (50462734)
YOSHIKAWA KATSUNORI  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教 (20599279)
TOYA YOSHIHIRO  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教 (70582162)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥45,630,000 (Direct Cost: ¥35,100,000、Indirect Cost: ¥10,530,000)
Fiscal Year 2015: ¥10,660,000 (Direct Cost: ¥8,200,000、Indirect Cost: ¥2,460,000)
Fiscal Year 2014: ¥13,260,000 (Direct Cost: ¥10,200,000、Indirect Cost: ¥3,060,000)
Fiscal Year 2013: ¥13,130,000 (Direct Cost: ¥10,100,000、Indirect Cost: ¥3,030,000)
Fiscal Year 2012: ¥8,580,000 (Direct Cost: ¥6,600,000、Indirect Cost: ¥1,980,000)
Keywords進化工学 / マルチオミクス / ストレス耐性 / 物質生産 / ゲノムスケールモデル
Outline of Final Research Achievements

One of the important factors to produce biochemicals and biofules is to create stress tolerant strains under sever environmental conditions in bioprocesses. Experimental evolution is a powerful technique to create stress tolerant strains under severs environmental conditions through long term cultivation. In this study, experimental evolution under stress conditions in Escherichia coli were performed by using an automated serial-transfer culture system. Genome-wide multi-omics analysis was conducted in evolved strains to clarify important factors to confer stress tolerance. In silico design of multiple gene deletions for improvement of target compounds productivity was performed based on a genome scale metabolic model. Designed strains were genetically engineered, and then those strains were evolved by long term cultivation. Integration of rational design of metabolic pathways and evolution engineering was successfully performed for creation of useful microbial cell factories.

Report

(5 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • Research Products

    (107 results)

All 2016 2015 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (18 results) (of which Peer Reviewed: 17 results,  Open Access: 9 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results) Presentation (79 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 41 results) Book (9 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Enhancement of 1,5-diaminopentane production in a recombinant strain of <i>Corynebacterium glutamicum</i> by Tween 40 addition2016

    • Author(s)
      Yuta Matsushima, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      The Journal of General and Applied Microbiology

      Volume: 62 Issue: 1 Pages: 42-45

    • DOI

      10.2323/jgam.62.42

    • NAID

      130005127286

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phenotypic changes associated with the fitness cost in antibiotic resistant Escherichia coli strains2016

    • Author(s)
      Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa
    • Journal Title

      Molecular Biosystems

      Volume: Vol.12  No.2 Issue: 2 Pages: 414-420

    • DOI

      10.1039/c5mb00590f

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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Metabolomic analysis of acid stress response in Saccharomyces cerevisiae2015

    • Author(s)
      Riyanto Heru Nugroho, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      J Biosci Bioeng

      Volume: 120 Issue: 4 Pages: 396-404

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2015.02.011

    • NAID

      110010010221

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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phenotypic convergence in bacterial adaptive evolution to ethanol stress2015

    • Author(s)
      Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shizmiu, Chikara Furusawa
    • Journal Title

      BMC Evo. Biol.

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 180-180

    • DOI

      10.1186/s12862-015-0454-6

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] 13C-based metabolic flux analysis of Saccharomyces cerevisiae with a reduced Crabtree effect2015

    • Author(s)
      Shuichi Kajihata, Fumio Matsuda, Mika Yoshimi, Kenshi Hayakawa, Chikara Furusawa, Akihisa Kanda, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      J Biosci Bioeng

      Volume: 120 Issue: 2 Pages: 140-144

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2014.12.014

    • NAID

      210000005080

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Global relationships in fluctuation and response in adaptive evolution2015

    • Author(s)
      Chikara Furusawa and Kunihiko Kaneko
    • Journal Title

      Jour. Roy. Soc. Interfac

      Volume: Vol.12 No.109 Issue: 109 Pages: 20150482-20150482

    • DOI

      10.1098/rsif.2015.0482

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Suppression of antibiotic resistance acquisition by combined use of antibiotics2015

    • Author(s)
      S. Suzuki, T. Horinouchi, C. Furusawa
    • Journal Title

      Jour. Biosci. Bioeng

      Volume: - Issue: 4 Pages: 467-469

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2015.02.003

    • NAID

      110010010232

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  • [Journal Article] Universal Relationship in Gene-Expression Changes for Cells in Steady-Growth State2015

    • Author(s)
      K. Kaneko, C. Furusawa, T. Yomo
    • Journal Title

      Physical Review X

      Volume: 5 Issue: 1

    • DOI

      10.1103/physrevx.5.011014

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      2014 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol, by modification of central metabolism in Escherichia coli2014

    • Author(s)
      Kento Tokuyama, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Shotaro Tanaka, Chikara Furusawa and Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      Microbial Cell Factories

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 64-64

    • DOI

      10.1186/1475-2859-13-64

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      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enhanced acetic acid and succinic acid production under microaerobic conditions by <i>Corynebacterium glutamicum</i> harboring <i>Escherichia coli</i> transhydrogenase gene <i>pntAB</i>2014

    • Author(s)
      Yuto Yamauchi, Takashi Hiraswa, Msato Nishii, Chikara Furuasawa, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      The Journal of General and Applied Microbiology

      Volume: 60 Issue: 3 Pages: 112-118

    • DOI

      10.2323/jgam.60.112

    • NAID

      130004449385

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
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      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles2014

    • Author(s)
      S. Suzuki, T. Horinouchi, C. Furusawa
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 5792-5792

    • DOI

      10.1038/ncomms6792

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      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] FastPros : screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering2014

    • Author(s)
      Satoshi Ohno, Chikara Furusawa and Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 30(7) Issue: 7 Pages: 981-7

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt672

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      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of an automated culture system for laboratory evolution2014

    • Author(s)
      Takaaki Horinouchi, Teruaki Minamoto, Shingo Suzuki, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa
    • Journal Title

      Journal of Laborarory Automation

      Volume: -

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      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Addendum, Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction2014

    • Author(s)
      Takashi Hirasawa, Yoshihiro Ida, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      Bioengineered

      Volume: 5

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      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for improving succinic acid production based on metabolic profiling2014

    • Author(s)
      Yuma Ito, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: -

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      2013 Annual Research Report
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  • [Journal Article] In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites2013

    • Author(s)
      Satoshi Ohno, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng

      Volume: 115 Pages: 221-228

    • NAID

      110009592575

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      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of a Physical Model-Based Algorithm for the Detection of Single-Nucleotide Substitutions by Using Tiling Microarrays.2013

    • Author(s)
      Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 8 Issue: 1 Pages: e54571-e54571

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0054571

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      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 代謝工学の創成と発展、-代謝解析とオミクス研究との融合2012

    • Author(s)
      清水 浩
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 90 Pages: 619-620

    • NAID

      110009553229

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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 代謝フラックスを基盤とする物質生産法の開発2016

    • Author(s)
      清水 浩、松田 史生、戸谷 吉博
    • Organizer
      2016年農芸化学会
    • Place of Presentation
      札幌教育文化会館大ホール(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-27
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 生物システムの安定性と可塑性: 理論と実験からのアプローチ2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第34回 BMIRC研究会
    • Place of Presentation
      九州工業大学飯塚キャンパス(福岡県飯塚市)
    • Year and Date
      2015-12-10
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    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌進化実験と 細胞シミュレーションを用いた 適応進化ダイナミクスの解析2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-02
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    • Invited
  • [Presentation] 全自動実験室進化システムを用いた多系列・多種ストレス環境の実験室進化による大腸菌のストレス適応戦略の解析2015

    • Author(s)
      堀之内貴明、鈴木真吾、清水浩、古澤力
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸公債会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-02
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  • [Presentation] Toward Understanding of Adaptive Evolution:Computational Analysis and Experimental Evolution2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      平成27年度生命システム理論研究会
    • Place of Presentation
      東京医科歯科大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-11-27
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Synechocystis sp. PCC 6803光化学系の定量プロテオーム分析系の構築2015

    • Author(s)
      植林希代加、松田史生、日浅夏希、小倉泰郎、平野一郎、清水浩
    • Organizer
      ラン藻の分子生物学2015
    • Place of Presentation
      かずさアカデミアホール(千葉県木更津市)
    • Year and Date
      2015-11-16
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 生物システムの安定性と可塑性: 大腸菌進化実験によるアプローチ2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      山田研究会「生物と非生物をつなぐ」
    • Place of Presentation
      ラフォーレ修善寺(静岡県伊豆市)
    • Year and Date
      2015-11-16
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌の進化実験を用いた進化ダイナミクスの解析とその応用2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第67回日本生物工学大会
    • Place of Presentation
      城山観光ホテル(鹿児島県鹿児島市)
    • Year and Date
      2015-10-28
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌代謝フラックス解析の実験デザインの最適化2015

    • Author(s)
      前田昂亮、岡橋伸幸、松田史生、清水浩
    • Organizer
      第67回日本生物工学会大会(2015)
    • Place of Presentation
      城山観光ホテル(鹿児島県鹿児島市)
    • Year and Date
      2015-10-26
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 全自動実験室進化による様々な化合物ストレスに対する耐性大腸菌の創生と耐性化機構の解析2015

    • Author(s)
      堀之内貴明、鈴木真吾、清水浩、古澤力
    • Organizer
      第67回日本生物工学大会
    • Place of Presentation
      城山観光ホテル(鹿児島県鹿児島市)
    • Year and Date
      2015-10-26
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ハイスループット実験室進化とオミックス解析による大腸菌の適応進化の解析2015

    • Author(s)
      堀之内貴明、鈴木真吾、古澤力
    • Organizer
      生命情報科学若手の会第7回研究会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス(山形県鶴岡市)
    • Year and Date
      2015-10-01
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 大自由度ダイナミクスから”生きている状態”の記述へ2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13
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    • Invited
  • [Presentation] Toward Understanding of Adaptive Evolution: Computational Analysis and Experimental Evolution2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      QBiC Symposium: High-dimensional data for the design principles of life
    • Place of Presentation
      理化学研究所 大阪キャンパス(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2015-08-24
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      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 適応進化ダイナミクスの解明:微生物実験と理論解析2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      東大理学部物理学科 懇話会
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-07-17
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ゲノム解析の先に見えるもの:大腸菌進化実験の表現型・遺伝子型解析2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第4回NGS現場の会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2015-07-01
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 進化ダイナミクスの構成的理解~大腸菌進化実験から何が見えるか?~2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第8回Evo-devo青年の会
    • Place of Presentation
      名古屋大学理学南館(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2015-06-27
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] <SUP>13</SUP>C代謝フラックス解析に用いる<SUP>13</SUP>C標識炭素源の最適化2015

    • Author(s)
      前田昂亮、岡橋伸幸、松田史生、清水浩
    • Organizer
      日本質量分析学会 第63回質量分析総合討論会 2015
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場エポカルつくば(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2015-06-17
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 光合成微生物<I>Synechocystis</I> sp. PCC 6803中心代謝酵素の定量プロテオミクス2015

    • Author(s)
      日浅夏希、松田史生、小倉泰郎、平野一郎、清水浩
    • Organizer
      日本質量分析学会 第63回質量分析総合討論会 2015
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場エポカルつくば(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2015-06-17
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌進化過程の表現型・遺伝子型解析:抗生物質耐性菌の出現抑制へ向けて2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      アジレントゲノミクスフォーラム
    • Place of Presentation
      浅草橋ヒューリックホール(東京都台東区)
    • Year and Date
      2015-06-16
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Phenotypic Convergence in Experimental Evolution of Antibiotic Resistant Bacteria2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      2nd Symposium on Complex Biodynamics&Networks
    • Place of Presentation
      鶴岡市先端研究産業支援センターレクチャーホール(山形県鶴岡市)
    • Year and Date
      2015-05-11
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ゲノム解析の先に何が見えるか?~大腸菌進化実験の表現型・遺伝子型解析~2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      1030回生物科学セミナー(東京大学理学部生物学科)
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-05-10
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    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌を用いた定常期におけるメバロン酸生産2015

    • Author(s)
      増田亜美、戸谷吉博、徳山健斗、坂野聡美、吉川勝徳、清水浩
    • Organizer
      日本農芸化学会大会2015
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス,岡山
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 微生物による物質生産のための代謝デザインと細胞評価2015

    • Author(s)
      清水浩
    • Organizer
      近畿バイオインダストリー振興会議第31回バイオマス研究会講演会
    • Place of Presentation
      大阪科学技術センター,大阪
    • Year and Date
      2015-03-24
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    • Invited
  • [Presentation] Theoretical/experimental analysis of robustness and plasticity in biological systems2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第56回植物生理学会年会シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京農業大学,東京
    • Year and Date
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 実験室進化を用いた大腸菌の適応進化ダイナミクスの解析2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      E-Cell Workshop 2014 Spring
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学藤沢キャンパス,神奈川
    • Year and Date
      2015-03-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 物質生産のための代謝デザインと細胞評価2014

    • Author(s)
      清水浩
    • Organizer
      新化学技術推進協会(JACI)
    • Place of Presentation
      新化学技術推進協会(JACI),東京
    • Year and Date
      2014-12-09
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 進化実験から見えてきたもの:微生物の適応進化過程の理解とその応用2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      合成生物学シンポジウム
    • Place of Presentation
      神戸大学コンベンションホール,兵庫
    • Year and Date
      2014-11-25
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Creating stress tolerant bacterial cells by experimental evolution2014

    • Author(s)
      Chikara Furusawa
    • Organizer
      5th Asian Symposium on Innovative Bio-production and Biorefinery
    • Place of Presentation
      台南,中国
    • Year and Date
      2014-11-09 – 2014-11-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 抗生物質を添加した環境での大腸菌進化実験2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第87回生化学会大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都国際会館,京都
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] フラックスバランス解析に基づく有用物質生産微生物の構築2014

    • Author(s)
      清水 浩、吉川 勝徳、古澤 力、平沢 敬、戸谷 吉博、松田 史生
    • Organizer
      第46回化学工学会秋季大会
    • Place of Presentation
      九州大学 伊都キャンパス,福岡
    • Year and Date
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工進化実験による<i>Synechocystis</i> sp. PCC 6803 のイソブタノール耐性株の獲得と変異解析2014

    • Author(s)
      松迫卓也、仲嶋翼、吉川勝徳、清水浩
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会(2014)
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター,北海道
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] グリセロール単一炭素源における正確な代謝フラックス推定のための<sup>13</sup>C標識条件の検討2014

    • Author(s)
      大橋秀伍、戸谷吉博、清水浩
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会(2014)
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター,北海道
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 代謝デザインへ向けたシステムバイオロジー2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第105回醗酵学懇話会
    • Place of Presentation
      キリンビール神戸工場,兵庫
    • Year and Date
      2014-08-19
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 微細藻細胞工場の創製のための代謝工学基盤技術開発2014

    • Author(s)
      清水浩
    • Organizer
      "未来へのバイオ技術"勉強会 「藻類が拓くグリーンバイオ成長戦略のラストステージ」
    • Place of Presentation
      バイオインダストリー協会,東京
    • Year and Date
      2014-08-18
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Integration of in silico Design and Experimental Evaluation for Creation of Microbial Cell Factories2014

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      Metabolic Engineering X
    • Place of Presentation
      Vancouver, Canada
    • Year and Date
      2014-06-15 – 2014-06-19
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 人工進化実験によるSynechocystis sp. PCC 6803のイソブタノール耐性株の取得と変異解析2014

    • Author(s)
      松迫卓也、 仲嶋翼、 吉川勝徳、清水浩
    • Organizer
      第5回日本光合成学会年会
    • Place of Presentation
      近畿大学農学部,奈良
    • Year and Date
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 微生物育種に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング2014

    • Author(s)
      大野 聡、古澤 力、清水 浩
    • Organizer
      生物工学若手の会 夏のセミナー2014
    • Place of Presentation
      神戸セミナーハウス,兵庫
    • Year and Date
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内遊離代謝物質の13C標識情報に基づくフラックス解析法の構築2014

    • Author(s)
      岡橋 伸幸、梶畠 秀一、古澤 力、清水 浩
    • Organizer
      生物工学若手の会 夏のセミナー2014
    • Place of Presentation
      神戸セミナーハウス,兵庫
    • Year and Date
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] in silico代謝予測に基づいた3-ヒドロキシプロピオン酸高生産大腸菌の構築2014

    • Author(s)
      徳山 健斗、大野 聡、吉川 勝徳、古澤 力、清水 浩
    • Organizer
      生物工学若手の会 夏のセミナー2014
    • Place of Presentation
      神戸セミナーハウス,兵庫
    • Year and Date
      2014-05-30 – 2014-05-31
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Integration of in silico and Experimental Approaches for Creation of Microbial Cell Factories2014

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      2014 KSBB Spring Meeting and International
    • Place of Presentation
      Gyeongju, Korea
    • Year and Date
      2014-04-09 – 2014-04-11
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      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 代謝シミュレーションを用いた、微生物によるものづくりのための多重遺伝子破壊探索手法の開発2014

    • Author(s)
      大野聡, 清水浩、古澤力
    • Organizer
      生命情報若手の会 第5回研究会
    • Place of Presentation
      東京大学 検見川セミナーハウス(千葉)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工進化実験による<i>Synechocystis</i> sp. PCC 6803へのイソブタノール耐性の賦与2014

    • Author(s)
      松迫 卓也、仲嶋翼、吉川勝徳、清水浩
    • Organizer
      日本農芸化学大会2014大会
    • Place of Presentation
      明治大学(東京)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] <I>Synechocystis</I> sp. PCC 6803の強光耐性株の解析2014

    • Author(s)
      吉川勝徳、小川健一、秋本誠志、清水浩
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学(富山)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌の進化実験による複合適応形質の進化過程の解析2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      新学術領域「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」25年度第一回領域会議
    • Place of Presentation
      鳥取大学(鳥取)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Bacterial evolution of cross-resistance and hypersensitivity to other classes of antibiotics2014

    • Author(s)
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • Organizer
      第87回日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 全自動実験室進化システムの構築と大腸菌の多系列・多種ストレス環境下での実験室進化2014

    • Author(s)
      堀之内貴明,源晃明,鈴木真吾,清水浩,古澤力
    • Organizer
      生命情報科学若手の会第5回研究会
    • Place of Presentation
      東京大学 検見川セミナーハウス(千葉)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌の実験室進化系を用いた 適応進化ダイナミクスの解析2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第2回 社会の数理セミナー
    • Place of Presentation
      東京工業大学 田町キャンパス(東京)
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      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 実験室進化を用いた大腸菌の適応進化ダイナミクスの解析2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      E-Cell Workshop 2014 Spring
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学湘南藤沢キャンパス(神奈川)
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      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 異なる系統の抗菌薬に対する交差耐性および超感受性の進化2014

    • Author(s)
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • Organizer
      第8回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学世田谷キャンパス(東京)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] International collaborative research on systems metablic engineering for low carbon society2013

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      Biochemical and Molecular engineering XVIII
    • Place of Presentation
      Beijing Pharma and Biotech Center, Beijing(China)
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    • Invited
  • [Presentation] <i>in silico</i>スクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析2013

    • Author(s)
      大野聡, 古澤力、清水浩
    • Organizer
      生物工学会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 代謝シミュレーションに基づいた3HP高生産大腸菌の構築2013

    • Author(s)
      徳山 健斗、大野 聡、吉川 勝徳、古澤 力、清水 浩
    • Organizer
      生物工学会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Systems metabolic engineering - Rational design of microbial cell factories2013

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      Asian Congress on Biotechnology 2013
    • Place of Presentation
      Indian Institute of Technology Delhi(India)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 「ありえる生命システム」の理解へ向けて:普遍性に基づいたアプローチ2013

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      NINS宇宙と生命懇話会(第12回)
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構事務局(東京)
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    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌人工進化実験の表現型/遺伝子型解析 ~複数の時間スケールが絡み合うダイナミクスの理解を目指して~2013

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      複雑生命システム動態研究教育拠点第四回全体会議
    • Place of Presentation
      東京大学(東京)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析2013

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      新学術領域「ゲノム支援」H25拡大班会議
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル(兵庫)
    • Related Report
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  • [Presentation] Phenotypic convergence in experimental evolution of antibiotic resistant bacteria2013

    • Author(s)
      Chikara Furusawa
    • Organizer
      The 14th International Conference on Systems Biology(ICSB2013)
    • Place of Presentation
      Copenhagen, Denmark
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  • [Presentation] ラボオートメーションによる全自動多系列実験室進化システムの構築2013

    • Author(s)
      堀之内貴明, 源晃明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力
    • Organizer
      第65回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島)
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  • [Presentation] 実験進化的手法による薬剤耐性大腸菌の創出とそのゲノミクス解析2013

    • Author(s)
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • Organizer
      第65回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島)
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  • [Presentation] 実験室進化を用いた大腸菌の抗生物質耐性獲得ダイナミクスの解析2013

    • Author(s)
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • Organizer
      日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都)
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  • [Presentation] 全自動実験室進化システムによる大腸菌の多系列・多種ストレス環境の実験室進化2013

    • Author(s)
      堀之内貴明,源晃明,鈴木真吾,清水浩,古澤力
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会(MBSJ2013)
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫)
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  • [Presentation] 大腸菌の実験室進化系を用いた適応進化ダイナミクスの解析2013

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      Interdisciplinary Symposium on Advanced Biology and Biotechnology 2013
    • Place of Presentation
      産総研つくば中央(茨城)
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    • Invited
  • [Presentation] 生物システムの多階層性を (理論/実験)から理解する2013

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第2回NINS Colloquium『自然科学の将来像』
    • Place of Presentation
      ヤマハリゾートつま恋(静岡)
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  • [Presentation] システムの維持と「揺らぎ」2013

    • Author(s)
      古澤力
    • Organizer
      第2回NINS Colloquium『自然科学の将来像』
    • Place of Presentation
      ヤマハリゾートつま恋(静岡)
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    • Invited
  • [Presentation] 全自動実験進化システムによる多剤耐性菌の創出と進化プロセスの解析2013

    • Author(s)
      鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力
    • Organizer
      新学術領域「ゲノム支援」H25拡大班会議
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル(兵庫)
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  • [Presentation] 大腸菌によるグリセロールからの3-ヒドロキシプロピオン酸生産2013

    • Author(s)
      徳山 健斗
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学 川内北キャンパス
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  • [Presentation] 生命システムの可塑性と安定性の理解へ向けて2013

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      第1回NINS&nbsp;Colloquium「自然科学の将来像」
    • Place of Presentation
      神奈川県 箱根町
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    • Invited
  • [Presentation] 生物システムの多階層性を (理論/実験)から理解する2013

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      生物物理若手の会関西支部セミナー
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
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    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌実験室進化によるエタノールストレス環境に対する適応過程のマルチオミックス解析2013

    • Author(s)
      堀之内 貴明
    • Organizer
      生命情報科学若手の会第4回研究会
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市
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  • [Presentation] 大腸菌人工進化実験の表現型/遺伝子型解析 ~複数の時間スケールが絡み合うダイナミクスの理解を目指して~2013

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      細胞システムの動態と論理V
    • Place of Presentation
      埼玉県 和光市
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    • Invited
  • [Presentation] Systems Metabolic Engineering -Rational Design of Microbial Cell Factories2012

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      第64回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場,兵庫
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  • [Presentation] 進化実験から得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析2012

    • Author(s)
      堀之内貴明
    • Organizer
      第64回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場,兵庫
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  • [Presentation] Genome-wide multi-omics analysis of ethanol stress tolerant strain of Escherichia2012

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      Metabolic Engineering IX
    • Place of Presentation
      Le Bellevue Congress and Exhibition centre in Biarritz, France
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  • [Presentation] Systems metabolic engineering for creation of superior microbial cell factories2012

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      Systems Biotechnology of Microalgae for Bioproduction, International Symposium and Exhibition
    • Place of Presentation
      EXCO, Daegu, Korea
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    • Invited
  • [Presentation] Application of Genome Scale Models to Design of Microbial Cell Factories2012

    • Author(s)
      Hiroshi Shimizu
    • Organizer
      2nd Conference on Constraint-based Reconstruction and Analysis (COBRA 2012)
    • Place of Presentation
      Hotel Marienlyst, Helsing&oslash;r, Denmark
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    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌の実験室進化系を用いた適応進化過程の解析2012

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      広島大学数理分子生命理学専攻第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      広島県 広島市
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    • Invited
  • [Presentation] 変動する環境下での人工進化実験による進化過程の解析2012

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」平成24年度公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京都 文京区
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    • Invited
  • [Presentation] in silico 代謝フラックス予測システムの構築とその実験的検証2012

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      2012年度発酵と代謝研究奨励金発表会
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
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    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌の実験室進化系を用いた適応進化ダイナミクスの解析2012

    • Author(s)
      古澤 力
    • Organizer
      産総研公開セミナー
    • Place of Presentation
      茨城県 筑波市
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    • Invited
  • [Book] 1.「進化学に残された謎:複数の形質が絡み合う進化プロセスはどのようにして可能か?」『進化の謎をゲノムで解く』2015

    • Author(s)
      古澤力
    • Total Pages
      198
    • Publisher
      学研メディカル秀潤社
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  • [Book] Chapter 17 Glutamic Acid2014

    • Author(s)
      Takashi Hirasawa and Hiroshi Shimizu
    • Total Pages
      22
    • Publisher
      Weiley
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      2014 Annual Research Report
  • [Book] 微生物の実験室進化2014

    • Author(s)
      古澤力
    • Total Pages
      2
    • Publisher
      生体の科学
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Book] 適応進化はどのように起こるのか?-進化実験によるアプローチ-2014

    • Author(s)
      堀之内貴明, 古澤力
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  • [Remarks] 清水浩研究室

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/hp/index.html

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Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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