Guidelines for differential expression analysis from RNA-seq data

• Project/Area Number: 24500359
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Bioinformatics/Life informatics
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: KADOTA Koji 東京大学, 農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2014)
• Budget Amount: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000); Fiscal Year 2014: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2013: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2012: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / トランスクリプトーム / RNA-seq / 正規化 / 発現変動

Outline of Final Research Achievements

RNA-seq is a powerful tool for obtaining ribonucleic acids (RNA) sequence data expressed in a target sample. The purpose of this work is to provide guidelines for differential expression analysis from RNA-seq count data. The results were systematically summarized as a book and websites (http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html and http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html).

Research Products

• [Journal Article] <b>Methods for analyzing next-generation sequencing data II. From graphical user interface to command line interface</b> (2014)
  • Author(s): 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎, 門田幸二
  • Journal Title: Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria Volume: 25 Issue: 3 Pages: 166-174
  • DOI: 10.4109/jslab.25.166
  • NAID: 130004850500
  • ISSN: 1343-327X, 2186-5833
  • Open Access
• [Journal Article] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第1回イントロダクション (2014)
  • Author(s): 門田幸二, 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎
  • Journal Title: 日本乳酸菌学会誌 Volume: 25 Pages: 87-94
  • NAID: 130005085094
  • Open Access
• [Journal Article] TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies. (2013)
  • Author(s): Sun, J., Nishiyama, T., Shimizu, K., and Kadota, K.
  • Journal Title: BMC Bioinformatics Volume: 14 Issue: 1 Pages: 219-219
  • DOI: 10.1186/1471-2105-14-219
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] RNAシーケンシング (2013)
  • Author(s): 門田幸二、清水謙多郎
  • Journal Title: 細胞 Volume: 45 Pages: 49-52
  • NAID: 40019691724
• [Journal Article] A normalization strategy for comparing tag count data (2012)
  • Author(s): Kadota K., Nishiyama T., Shimizu K.
  • Journal Title: Algorithms Mol. Biol. Volume: 7 Issue: 1 Pages: 5-5
  • DOI: 10.1186/1748-7188-7-5
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Rでゲノム・トランスクリプトーム解析：CpG解析から機能解析まで (2015)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: HPCI講習会・バイオインフォマティクス実習コース
  • Place of Presentation: 産総研・臨海副都心センター(東京)
  • Year and Date: 2015-03-05 – 2015-03-06
  • Invited
• [Presentation] TCC: an R/Bioconductor package for differential expression analysis of RNA-seq data (2015)
  • Author(s): Sun J, Tang M, Shimizu K, Kadota K
  • Organizer: 8th AYRCOB
  • Place of Presentation: National Chiao Tung University, HSINCHU TAIWAN
  • Year and Date: 2015-01-19 – 2015-01-20
• [Presentation] A comparison of methods for differential expression detection from multi-group RNA-Seq data (2015)
  • Author(s): Tang M, Sun J, Kadota K, Shimizu K
  • Organizer: 8th AYRCOB
  • Place of Presentation: Tung University, HSINCHU TAIWAN
  • Year and Date: 2015-01-19 – 2015-01-20
• [Presentation] フリーソフトRを用いたビッグデータ解析：塩基配列解析を中心に (2014)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 生命医薬情報学連合大会2014・中級者向けバイオインフォマティクス入門講習会
  • Place of Presentation: 仙台国際センター(宮城)
  • Year and Date: 2014-10-04
  • Invited
• [Presentation] ビッグデータ解析とR (2014)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 生命医薬情報学連合大会2014・HPCIワークショップ「医療とビッグデータ解析」
  • Place of Presentation: 仙台国際センター(宮城)
  • Year and Date: 2014-10-04
  • Invited
• [Presentation] Evaluation of methods for differential expression analysis from RNA-seq data (2014)
  • Author(s): Tang M, Sun J, Kadota K, Shimizu K
  • Organizer: 生命医薬情報学連合大会2014
  • Place of Presentation: 仙台国際センター（宮城）
  • Year and Date: 2014-10-02 – 2014-10-04
• [Presentation] トランスクリプトームデータ解析戦略2014 (2014)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: イルミナウェビナー・RNA-Seqシリーズ
  • Place of Presentation: イルミナ株式会社(東京)
  • Year and Date: 2014-07-22
  • Invited
• [Presentation] Rでゲノム・トランスクリプトーム解析 (2014)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: HPCI チュートリアル・バイオインフォマティクス実習コース
  • Place of Presentation: 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター(東京)
  • Invited
• [Presentation] 比較トランスクリプトーム解析とその周辺：モデル、正規化、発現変動検出など (2014)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: よく分かる次世代シークエンサー解析 ワークショップ
  • Place of Presentation: 九州大学(福岡)
  • Invited
• [Presentation] RNA-seqカウントデータに対応した正規化法の性能比較 (2014)
  • Author(s): 孫建強, 湯敏, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
  • Organizer: 生命情報科学若手の会・第5回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学検見川セミナーハウス(千葉)
• [Presentation] トランスクリプトーム解析の現況：マイクロアレイ vs. RNA-seq (2013)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 生命医薬情報学連合大会 「オミックス・計算 そして創薬」・オミックス解析における実務者意見交換会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀(東京)
  • Invited
• [Presentation] ゲノム・トランスクリプトームの各種解析をRで行う (2013)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: NAIST植物グローバル教育プロジェクト・平成25年度ワークショップ
  • Place of Presentation: 奈良先端科学技術大学院大学(奈良)
  • Invited
• [Presentation] TCC:頑健な正規化法を実装した発現変動解析用Rパッケージ (2013)
  • Author(s): 孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
  • Organizer: NGS現場の会・第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場(兵庫)
• [Presentation] 様々な実験デザインに対応した頑健なRNA-seq発現変動解析パイプラインTCCの開発 (2013)
  • Author(s): 孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場(兵庫)
• [Presentation] リードカウントの正規化手法の改良 (2013)
  • Author(s): 孫建強、西山智明、清水謙多郎、門田幸二
  • Organizer: 生命情報科学若手の会 第４回研究会
  • Place of Presentation: 基礎生物学研究所（愛知）
• [Presentation] Rでトランスクリプトーム解析 (2013)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: HPCI チュートリアルセミナー
  • Place of Presentation: 生命情報工学研究センター(東京)
  • Invited
• [Presentation] 食品機能解析研究とバイオインフォマティクス (2013)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 日本農芸化学会2013年度大会・シンポジウム
  • Place of Presentation: 東北大学(宮城)
  • Invited
• [Book] シリーズ Useful R 第7巻 トランスクリプトーム解析 (2014)
  • Author(s): 門田幸二
  • Total Pages: 226
  • Publisher: 共立出版
• [Book] ニュートリゲノミクスを基盤としたバイオマーカーの開発・「トランスクリプトミクスの推奨データ解析ガイドライン」 (2013)
  • Author(s): 門田幸二
  • Total Pages: 210
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Remarks] (Rで)塩基配列解析
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html
• [Remarks] (Rで)塩基配列解析
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html
• [Remarks] TCC
  • URL: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCC.html
• [Remarks] (Rで)塩基配列解析（主に次世代シーケンサーのデータ）
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html