Analysis of the glycosidases on the metabolism of arabinogalactan-protein in Bifidobacteria

• Project/Area Number: 24580144
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Applied biochemistry
• Research Institution: Kagoshima University
• Principal Investigator: FUJITA Kiyotaka 鹿児島大学, 農学部, 准教授 (20381189)
• Research Collaborator: SHIMOKAWA Michiko
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2014)
• Budget Amount: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000); Fiscal Year 2014: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2013: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2012: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
• Keywords: 糖質分解酵素 / プレバイオティクス / アラビノガラクタン-プロテイン / ビフィズス菌 / 腸内細菌 / Ⅱ型アラビノガラクタン / ガラクトース / アラビノース / II型アラビノガラクタン

Outline of Final Research Achievements

Type II arabinogalactan is a suitable carbohydrate source for Bifidobacterium longum, but the metabolic pathway has never been revealed. In this study, we cloned and characterized GH43 exo-β-1,3-galactanase (BLLJ_1840), GH30 β-1,6-galactanase (BLLJ_1841), and GH43 α-L-arabinofuranosidase (BLLJ_1854) from B. longum JCM1217. Furthermore, we revealed a degradation pathway for type II arabinogalactan in B. longum.

Research Products

• [Journal Article] Characterization of a β-L-Arabinopyranosidase from <i>Bifidobacterium longum</i> subsp. <i>longum</i> (2015)
  • Author(s): 藤田清貴ら
  • Journal Title: Journal of Applied Glycoscience Volume: 62 Issue: 1 Pages: 1-6
  • DOI: 10.5458/jag.jag.JAG-2014_006
  • NAID: 130004705329
  • ISSN: 1344-7882, 1880-7291
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Bifidobacterium longum subsp. longum exo-β-1,3-galactanase, an enzyme for the degradation of type II arabinogalactan (2014)
  • Author(s): 藤田清貴ら
  • Journal Title: Appl. Environ. Microbiol. Volume: 80 Issue: 15 Pages: 4577-4584
  • DOI: 10.1128/aem.00802-14
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Characterization of a novel β-L-arabinofuranosidase in Bifidobacterium longum: Functional elucidation of a DUF1680 protein family member (2014)
  • Author(s): 藤田清貴ら
  • Journal Title: J. Biol. Chem. Volume: 289 Issue: 8 Pages: 5240-5249
  • DOI: 10.1074/jbc.m113.528711
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystal structure of glycoside hydrolase family 127 β-L-arabinofuranosidase from Bifidobacterium longum. (2014)
  • Author(s): Ito, T., Saikawa, K., Kim, S., Fujita, K., Ishiwata, A., Kaeothip, S., Arakawa, T., Wakagi, T., Beckham G. T., Ito, Y., and Fushinobu, S.
  • Journal Title: Biochem. Biophys. Res. Commun. Volume: in press
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Preparation of p-nitrophenyl β-L-arabinofuranoside as a substrate of β-L-arabinofuranosidase (2013)
  • Author(s): S. Kaeothip、伏信進矢、藤田清貴ら
  • Journal Title: Carbohydr. Res. Volume: 382 Pages: 95-100
  • DOI: 10.1016/j.carres.2013.10.005
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional Analysis of Degradative Enzymes for Hydroxyproline-linked &beta;-L-Arabinofuranosides in <i>Bifidobacterium longum</i> (2012)
  • Author(s): 藤田清貴, ら(他2名)
  • Journal Title: Trends in Glycoscience and Glycotechnology Volume: 24 Issue: 139 Pages: 215-224
  • DOI: 10.4052/tigg.24.215
  • NAID: 10031146673
  • ISSN: 0915-7352, 1883-2113
  • Peer Reviewed
• [Presentation] HRGPの分解に関与するBifidobacterium longum由来α-L-アラビノフラノシダーゼの機能解析 (2015)
  • Author(s): 藤田清貴、坂本彩美、下川倫子、金子 哲、北原兼文
  • Organizer: 日本農芸化学会 2015年度大会
  • Place of Presentation: 岡山大学(岡山県, 岡山市)
  • Year and Date: 2015-03-28
• [Presentation] Bifidobacterium longumにコードされたβ-L-アラビノフラノシダーゼホモログの機能解析 (2014)
  • Author(s): 藤田清貴、川原由義、下川倫子、伏信進矢、石渡明弘、Sophon Kaeothip、伊藤幸成、北原兼文
  • Organizer: 日本応用糖質科学会平成26年度大会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ (新潟県, 新潟市)
  • Year and Date: 2014-09-24
• [Presentation] Bifidobacterium longum由来のβ-1,6-ガラクタン側鎖分解酵素群の機能解析 (2014)
  • Author(s): 坂本彩美、下川倫子、小竹敬久、円谷陽一、北原兼文、藤田清貴
  • Organizer: 日本応用糖質科学会平成26年度大会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ (新潟県, 新潟市)
  • Year and Date: 2014-09-24
• [Presentation] Bifidobacterium longumのⅡ型アラビノガラクタン分解代謝経路の解析 (2014)
  • Author(s): 藤田清貴、坂本彩美、下川倫子、北原兼文
  • Organizer: 第33回日本糖質学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学 (愛知県, 名古屋市)
  • Year and Date: 2014-08-10
• [Presentation] Bifidobacterium longumにおけるβ-アラビノオリゴ糖鎖分解酵素群の転写解析. (2014)
  • Author(s): 藤田清貴、吉嶺良平、下川倫子、北原兼文
  • Organizer: 日本農芸化学会 2014年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] ビフィズス菌由来GH127 β-L-アラビノフラノシダ―ゼの新規な活性中心. (2014)
  • Author(s): 伊藤 佑、齋川 匡、Seonah Kim、藤田 清貴、石渡 明弘、Sophon Kaeothip、荒川 孝俊、若木 高善、Gregg T. Beckham、伊藤 幸成、伏信 進矢
  • Organizer: 日本農芸化学会 2014年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] ビフィズス菌由来のII型アラビノガラクタン分解酵素群の機能解析. (2013)
  • Author(s): 藤田清貴、坂本彩美、坂口武則、下川倫子、北原兼文
  • Organizer: 第３２回日本糖質学会年会
  • Place of Presentation: 大阪
• [Presentation] Bifidobacterium longum由来のβ-L-アラビノピラノシダーゼの機能解析. (2013)
  • Author(s): 下川倫子、藤田清貴、北原兼文、菅沼俊彦
  • Organizer: 日本応用糖質科学会平成25年度大会
  • Place of Presentation: 鹿児島
• [Presentation] Bifidobacterium longum由来のエンド-β-1,6-ガラクタナーゼの機能解析. (2013)
  • Author(s): 坂本彩美、坂口武則、下川倫子、藤田清貴、北原兼文、菅沼俊彦
  • Organizer: 日本応用糖質科学会平成25年度大会
  • Place of Presentation: 鹿児島
• [Presentation] Bifidobacterium longumのハイドロキシプロリンに富む糖タンパク質の分解メカニズムの解明
  • Author(s): 藤田清貴、奥山千代美、坂口武則、北原兼文、菅沼俊彦
  • Organizer: 第16回腸内細菌腸内細菌学会
  • Place of Presentation: 神戸
• [Presentation] ビフィズス菌が持つ植物糖タンパク質糖鎖分解酵素
  • Author(s): 藤田清貴
  • Organizer: 第36回 蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
  • Place of Presentation: 宮崎
• [Presentation] ビフィズス菌が生産する植物糖タンパク質糖鎖分解酵素群の解析
  • Author(s): 藤田清貴
  • Organizer: 第2回新潟大学国際糖質科学シンポジウム
  • Place of Presentation: 新潟
  • Invited
• [Presentation] Bifidobacterium longum由来のエキソ-β-1,3-ガラクタナーゼの機能解析
  • Author(s): 藤田清貴、坂口武則、北原兼文、菅沼俊彦
  • Organizer: 日本農芸化学会 2013年度大会
  • Place of Presentation: 仙台
• [Remarks] 藤田清貴／応用糖質化学研究室
  • URL: http://hypba2.jimdo.com
• [Remarks] ビフィズス菌が持つ糖タンパク質糖鎖分解酵素の解析
  • URL: http://hypba2.jimdo.com