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Elucidation of the HCV genome analysis and drug resistance mechanism by the next generation sequencer

Research Project

Project/Area Number 24590964
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Gastroenterology
Research InstitutionUniversity of Yamanashi

Principal Investigator

SAKAMOTO Minoru  山梨大学, 総合研究部, 准教授 (60324191)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
KeywordsC型肝炎 / 遺伝子変異 / 薬剤耐性変異 / DAAs / 次世代シーケンサー / quasispecies
Outline of Final Research Achievements

With the recent development of highly potent and safe direct antiviral agents (DAAs), viral response (SVR) rate in HCV patients has been significantly improved. Therapeutic effect of PEG-IFN + RBV + NS3-4 protease inhibitor (TVR / SMV) was associated is a PEG-IFN + RBV, associated with HCV NS5A interferon sensitivity determining region (ISDR), -interferon/ribavirin resistance determining region (IRRDR) and core amino acid mutations (R70Q).Also R70Q mutation was associated with IL28B SNP related to IFN response.We revealed that drug resistance mutations to DAA is existed in the DAA naive cases, it was often found in IFN-sensitive strains.In the analysis by the next generation sequencer, HCV was a collection of a large number of variants (quasispecies), drug resistance mutations emerged from the wild-type strain, and Composition of major population greatly changed as the acquired resistant and altered composition were maintained thereafter.

Report

(4 results)
  • 2014 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2013 Research-status Report
  • 2012 Research-status Report
  • Research Products

    (48 results)

All 2014 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (19 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (22 results) Book (4 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Deep sequencing analysis of variants resistant to the non-structural 5A inhibitor daclatasvir in patients with genotype 1b hepatitis C virus infection.2014

    • Author(s)
      Miura M, Maekawa S, Sato M, Komatsu N, Tatsumi A, Takano S, Amemiya F, Nakayama Y, Inoue T, Sakamoto M, Enomoto N.
    • Journal Title

      Hepatol Res.

      Volume: Feb 25 Issue: 14

    • DOI

      10.1111/hepr.12316

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      Volume: 249

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    • Journal Title

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    • DOI

      10.1002/jmv.23497

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      Miura M, Maekawa S, Takano S, Komatsu N, Tatsumi A, Asakawa Y, Shindo K, Amemiya F, Nakayama Y, Inoue T, Sakamoto M, Yamashita A, Moriishi K, Enomoto N.
    • Journal Title

      J Virol.

      Volume: 87(23) Issue: 23 Pages: 12541-12551

    • DOI

      10.1128/jvi.00826-13

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      10.1111/j.1365-2893.2012.01649.x

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      Volume: 29

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      Miura M, Maekawa S, et.al
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      Hepatol Int.

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 386-396

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    • Journal Title

      Hepatol Int Epub ahead of print

      Volume: 2 Issue: 2 Pages: 482-490

    • DOI

      10.1007/s12072-011-9306-7

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      坂本穣、前川伸哉、榎本信幸
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      第40回日本肝臓学会東部会
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      京王プラザホテル(東京都新宿区)
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      ホテルニューオータニ(東京都千代田区)
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Published: 2013-05-31   Modified: 2019-07-29  

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