DNA amplification conserving DNA methylation patterns

• Project/Area Number: 24651214
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Genome biology
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: TAJIMA Shoji 大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (50132931)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): KIMURA Hironobu 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (60378891)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2014-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2013: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2012: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: 生物工学 / DNAメチル化 / DNAメチル化酵素

Research Abstract

We have succeeded in establishing the method to distinguish methylated and hydroxymethylated cytosine in a single nucleotide resolution using recombinant maintenance DNA methyltansferase Dnmt1, which favors to methylate hemi-methylated DNA.

Research Products

• [Journal Article] The DNA methyltransferase Dnmt1 directly interacts with the SET and RING finger-associated (SRA) domain of the multifunctional protein Uhrf1 to facilitate accession of the catalytic center to hemi-methylated DNA (2014)
  • Author(s): Berkyurek AC, Suetake I, Arita K, Takeshita K, Nakagawa A, Shirakawa M, Tajima S
  • Journal Title: J Biol Chem Volume: 289(1) Issue: 1 Pages: 379-86
  • DOI: 10.1074/jbc.m113.523209
  • NAID: 120006770872
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Cell cycle-dependent turnover of 5-hydroxymethyl cytosine in mouse embryonic stem cells. (2013)
  • Author(s): Otani J, Kimura H, Sharif J, Endo TA, Mishima Y, Kawakami T, Koseki H, Shirakawa M, Suetake I, Tajima S
  • Journal Title: PLoS One Volume: 8 Issue: 12 Pages: e82961-e82961
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0082961
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 組換えDNMT1を利用したヒドロキシメチル化シトシンの1塩基レベルの新規解析方法の開発 (2014)
  • Author(s): 末武勲, 他
  • Organizer: 第8回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京大学伊藤国際会館
• [Presentation] Dnmt1(RFTS)とUhrf1(SRA)の相互作用によりDNAは触媒中心に近づけるようになる (2014)
  • Author(s): アーメット・キャン・ベルキュレック, 他
  • Organizer: 第8回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京大学伊藤国際会館
• [Presentation] プロモーター領域でのヒドロキシメチルシトシンのメチルシトシンに対する相対位置は遺伝子発現と相関する (2014)
  • Author(s): 木村博信, 他
  • Organizer: 第8回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京大学伊藤国際会館
• [Presentation] 遺伝性知覚神経疾患の原因となるDnmt1のRFTS内の変異がDNA維持メチルに及ぼす影響 (2014)
  • Author(s): ロナルドG.ガルビレス, 他
  • Organizer: 第8回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京大学伊藤国際会館
• [Presentation] Relative positions of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at promoter correlates with the level of gene expression (2013)
  • Author(s): Hironobu Kimura, et al.
  • Organizer: International Symposium on Transcription and metabolism
  • Place of Presentation: Awaji Yumebutai International Conference Center, Hyogo, Japan
• [Presentation] Dnmt1のRFTSと触媒領域間の水素結合のDNAメチル化に果たす役割 (2013)
  • Author(s): ロナルドG.ガルビレス, 他
  • Organizer: 第7回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] DNA鎖長とNp95のSRA領域はDnmt1のRFTSを触媒ポケットから除去するステップに寄与する (2013)
  • Author(s): アーメット・キャン・ベルキュレック, 他
  • Organizer: 第7回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] マウスES細胞におけるヒドロキシメチルシトシンの産生と消去 (2013)
  • Author(s): 木村博信, 他
  • Organizer: 第7回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] ヘミメチル化DNAによるヌクレオソーム再構成とDnmt1によるメチル化 (2013)
  • Author(s): 岡翔太, 他
  • Organizer: 第7回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] マウスES細胞におけるヒドロキシメチルシトシンの産生と消去 (2013)
  • Author(s): 木村博信、大谷淳二、川上 徹、白川昌宏、末武勲、田嶋正二
  • Organizer: 第７回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] Dnmt1のRFTSと触媒領域間の水素結合のDNAメチル化に果たす役割 (2013)
  • Author(s): ロナルド G. ガルビレス、長谷川貴志、木村博信、ジャファル シャリフ、古関明彦、末武勲、田嶋正二
  • Organizer: 第７回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] DNA鎖長とNp95のSRA領域はDnmt1のRFTSを触媒ポケットから除去するステップに寄与する (2013)
  • Author(s): アーメット・キャン・ベルキュレック、有田恭平、竹下浩平、中川敦史、白川昌宏、末武勲、田嶋正二
  • Organizer: 第７回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] ヘミメチル化DNAによるヌクレオソーム再構成とDnmt1によるメチル化 (2013)
  • Author(s): 岡翔太、ラウラ・ブルックナー、三島優一、末武勲、田嶋正二
  • Organizer: 第７回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 奈良県新公会堂
• [Presentation] Relative positions of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at promoter correlates with the level of gene expression (2013)
  • Author(s): Hironobu Kimura, Norie Tooi, Toru Kawakami, Tatsuhiro Thomoto, Kazuhiro Aiba, Isao Suetake, Norio Nakatsuji, Shoji Tajima
  • Organizer: International Symposium on Transcription and Metabolism
  • Place of Presentation: Awaji Yumebutai International Conference Center, Hyogo, Japan
• [Presentation] Multi-step process of maintenance methylation (2012)
  • Author(s): Shoji Tajima
  • Organizer: FASEB Science Research Conference on Biological Methylation : From DNA and Histones to Disease
  • Place of Presentation: The Westin Conference Center, Snowmass Village, Colorado, USA
• [Presentation] Dnmt1によるDNA維持メチル化活性は領域の大きな再配置を伴う反応である (2012)
  • Author(s): 末武勲, 他
  • Organizer: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 学術総合センター(東京)
• [Presentation] Dnmt1によるDNA維持メチル化のin vivoにおける責任領域 (2012)
  • Author(s): 長谷川貴志, 他
  • Organizer: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 学術総合センター(東京)
• [Presentation] Dnmt1によるDNA維持メチル化活性は領域の大きな再配置を伴う反応である (2012)
  • Author(s): 末武勲、中村達郎、Ahmet Can Berkyurek、竹下浩平、中川敦史、田嶋正二
  • Organizer: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 学術総合センター（東京千代田区一ツ橋）
• [Presentation] Dnmt1によるDNA維持メチル化のin vivoにおける責任領域 (2012)
  • Author(s): 長谷川貴志、木村博信、末武勲、武藤正弘、Jafar Sharif、古関明彦、田嶋正二
  • Organizer: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 学術総合センター（東京千代田区一ツ橋）
• [Presentation] Multi-step process of maintenance methylation (2012)
  • Author(s): Shoji Tajima
  • Organizer: FASEB Science Research Conference on Biological Methylation: From DNA and Histones to Disease
  • Place of Presentation: The Westin Conference Center, Snowmass Village, Colorado, USA
  • Invited
• [Book] エピジェネティクス-その分子機構から高次生命機能まで- (2013)
  • Author(s): 田嶋正二
  • Publisher: 化学同人
• [Book] エピジェネティクスキーワード事典-分子機構から疾患・解析技術まで-(牛島俊和、眞貝洋一編集) (2013)
  • Author(s): 木村博信, 他(牛島俊和、眞貝洋一編集)
  • Publisher: 羊土社
• [Book] エピジェネティクスキーワード事典-分子機構から疾患・解析技術まで-（牛島俊和、眞貝洋一編集） (2013)
  • Author(s): 木村博信、田嶋正二
  • Publisher: 羊土社
• [Book] エピジェネティクス-その分子機構から高次生命機能まで-（田嶋正二編集） (2013)
  • Author(s): 田嶋正二
  • Publisher: 化学同人
• [Remarks] 発表論文①のURL
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/jpn/achievement/papers/the-dna-methyltransferase-dnmt.php
• [Remarks] 発表論文②のURL
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/jpn/achievement/papers/cell-cycle-dependent-turnover-1.php