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Dynamic analysis for living cell environment by 4D imaging

Research Project

Project/Area Number 24651229
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field System genome science
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

MATSUDA Hideo  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (50183950)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) SENO Shigeto  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教 (30432462)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) ISHII Masaru  大阪大学, 大学院医学系研究科, 教授 (10324758)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2012: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Keywords細胞画像解析 / 細胞追跡 / 画像処理 / 生体イメージング / 数理モデル / バイオイメージインフォマティクス / 細胞遊走 / 蛍光イメージング / 細胞トラッキング / モデル化とシミュレーション
Outline of Final Research Achievements

This study aims to develop a methodology for analyzing environments of cells in living tissues by observing the time-lapse migration dynamics of the cells. For this purpose, two novel methods were developed: a method for tracking a large number of cell migrations by global data association based on a mathematical model on cell movement, and a method for identifying cell states by applying random forests to a semi-supervised classification. By using these methods to cell images, the methods demonstrated better prediction performance compared with widely-used image analysis programs.

Report

(4 results)
  • 2014 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2013 Research-status Report
  • 2012 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2015 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (12 results)

  • [Journal Article] グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割2015

    • Author(s)
      宇佐見 潤, 繁田 浩功, 間下 以大, 黒田 嘉宏, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 石井 優, 松田 秀雄, 竹村 治雄
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用

      Volume: 8 Pages: 18-27

    • NAID

      110009886640

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法2013

    • Author(s)
      瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用

      Volume: 6(3) Pages: 140-150

    • NAID

      110009550153

    • Related Report
      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Improvement approach of cell tracking accuracy by using inter-frame information2014

    • Author(s)
      Kohei Kurashige, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
    • Organizer
      Bioimage Informatics Conference
    • Place of Presentation
      フラームスブラバント州庁舎(ルーベン、ベルギー)
    • Year and Date
      2014-10-08 – 2014-10-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] An automatic event detection method using semi-supervised learning for time-lapse imaging data2014

    • Author(s)
      Kojiro Fukuda, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
    • Organizer
      Bioimage Informatics Conference
    • Place of Presentation
      フラームスブラバント州庁舎(ルーベン、ベルギー)
    • Year and Date
      2014-10-08 – 2014-10-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 大域データ対応付けの反復実行による細胞追跡精度の改善手法2014

    • Author(s)
      藏重昂平, 福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄
    • Organizer
      情報処理学会 第39回バイオ情報学研究会
    • Place of Presentation
      大阪大学情報科学研究科(大阪府)
    • Year and Date
      2014-09-19
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] タイムラプスイメージングによる細胞周期観測画像の時空間解析2014

    • Author(s)
      福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄
    • Organizer
      バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2014-06-09
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Global Data Associationによる経時観察画像における破骨前駆細胞の自動追跡手法2013

    • Author(s)
      尾野貴広, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウムMIRU2013
    • Place of Presentation
      国立情報学研究所, 東京
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 経時観測蛍光画像からのモーションヒストリーイメージを用いた細胞分裂の検出方法2013

    • Author(s)
      福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウムMIRU2013
    • Place of Presentation
      国立情報学研究所, 東京
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] A cell-tracking method for time-lapse multicolor fluorescent images2012

    • Author(s)
      Shigeto Seno
    • Organizer
      Bioimage Informatics 2012
    • Place of Presentation
      Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, Germany
    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Presentation] n automatic cell-tracking method and spatiotemporal analysis for time-lapse multicolor fluorescent images of cell cycle2012

    • Author(s)
      Shigeto Seno
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県)
    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Presentation] Automatic cell tracking for time-lapse fluorescent images of cell cycle

    • Author(s)
      Shigeto Seno
    • Organizer
      International Symposium "Towards Comprehensive Understanding of Immune Dynamism"
    • Place of Presentation
      Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, Germany
    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Presentation] 多色蛍光タイムラプスイメージングによる細胞周期観測データのための細胞自動追跡手法

    • Author(s)
      瀬尾茂人
    • Organizer
      バイオイメージ・インフォマティクス ワークショップ2012
    • Place of Presentation
      理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター、神戸(兵庫県)
    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Presentation] 多色蛍光イメージングによる経時観測データのための細胞追跡手法

    • Author(s)
      瀬尾茂人
    • Organizer
      ビジョン技術の実利用ワークショップ View2012
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜アネックス・ホール、横浜(神奈川県)
    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Presentation] 混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法

    • Author(s)
      瀬尾茂人
    • Organizer
      情報処理学会 第92回数理モデル化と問題解決研究会
    • Place of Presentation
      武雄市文化会館(佐賀県)
    • Related Report
      2012 Research-status Report

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Published: 2013-05-31   Modified: 2019-07-29  

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