Theoretical elucidations of the reactions and the reaction-control mechanisms in enzymes

• Project/Area Number: 24750007
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Physical chemistry
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: SHOJI Mitsuo 筑波大学, 数理物質系, 助教 (00593550)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2014-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2013: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2012: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
• Keywords: QM/MM / 酵素 / 反応機構 / トレオニン合成酵素 / 亜硝酸還元酵素 / 反応制御 / スーパーコンピュータ / MD / UV / 自由エネルギー

Research Abstract

Enzymes catalyze important chemical reactions in living systems. The enzyme reactions for material formations and energy conversions are highly efficient. Simple reactions are clarified by theoretical analyses, however, complicated reactions in many important enzymes are still unclear. Therefore, reactions of threonine synthase (ThrS), nitrite reductase (NiR), nitric oxide reductase (NOR) and DNA topoisomerase (Topo) are investigated by a mixed quantum mechanical and molecular mechanical (QM/MM) method. We utilized supercomputers and massive parallel simulations were performed. We elucidated the reaction mechanism by investigations for the protonation states, hydrogen-bonding network, existence of waters and possible reaction pathways.

Research Products

• [Journal Article] A QM/MM Study of the l-Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase : Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity (2014)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, D. Kondo, H. Umeda, Y. Kamoshida, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • Journal Title: Journal of the American Chemical Society Volume: 136(12) Pages: 4525-4533
• [Journal Article] A QM/MM Study of the l-Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase: Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity. (2014)
  • Author(s): Shoji, M., Hanaoka, K., Ujiie, Y., Tanaka, W., Kondo, D., Umeda, H., Kamoshida, Y., Kayanuma, M., Kamiya, K., Shiraishi, K., Machida, Y., Murakawa, T., and Hayashi, H.
  • Journal Title: J. Am. Chem. Soc. Volume: 136 Issue: 12 Pages: 4525-4533
  • DOI: 10.1021/ja408780c
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Substrate-mediated proton relay mechanism for the religation reaction in topoisomerase II (2013)
  • Author(s): Kyohei Hanaoka, Mitsuo Shoji, Daiki Kondo, Akimasa Sato, Moon Young Yang, Katsumasa Kamiya, and Kenji Shiraishi
  • Journal Title: Journal of Biomolecular Structure and Dynamics Volume: - Issue: 11 Pages: 1759-1765
  • DOI: 10.1080/07391102.2013.834848
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation (2013)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, A. Sato, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • Journal Title: Molecular Physics Volume: 112, 3-4 Pages: 393-397
• [Journal Article] フラグメント分子軌道法におけるFock行列計算のGPGPU化 (2013)
  • Author(s): 梅田宏明, 塙敏博, 庄司光男, 朴泰祐, 稲富雄一
  • Journal Title: 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) Volume: 6, 4 Pages: 26-37
• [Journal Article] フラグメント分子軌道法におけるFock行列計算のGPGPU化 (2013)
  • Author(s): 梅田 宏明, 塙 敏博, 庄司 光男, 朴 泰祐,稲富 雄一
  • Journal Title: 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) Volume: 6 Pages: 26-37
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Calculation of the Electron Transfer Coupling Matrix Element in Diabatic Reactions (2013)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, A. Sato, D. Kondo, M. Yang, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • Journal Title: International Journal of Quantum Chemistry Volume: 113 Issue: 3 Pages: 342-347
  • DOI: 10.1002/qua.24074
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Full Geometry Optimizations of the Mixed-Valence CaMn4O4X(H2O) 4 (X=OH or O) Cluster in OEC of PS II: Degree of Symmetry Breaking of the Labile Mn-X-Mn Bond Revealed by Several Hybrid DFT Calculations (2013)
  • Author(s): K. Yamaguchi, H. Isobe, S. Yamanaka, T. Saito, K. Kanda, M. Shoji, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R.. Shen, N. Kamiya, M. Okumura
  • Journal Title: International Journal of Quantum Chemistry Volume: 113 Issue: 4 Pages: 525-541
  • DOI: 10.1002/qua.24117
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The Nature of chemical bonds of the CaMn4O5cluster in oxygen evolving complex of photosystem II. Jahn-Teller distortion and its suppression by Ca doping in cubane structures (2013)
  • Author(s): K. Yamaguchi, S. Yamanaka, H. Isobe, T. Saito, K. Kanda, Y. Umena, K. Kawakami, J. -R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, H. Nakamura, M. Shoji and Y. Yoshioka
  • Journal Title: Internat. J. Quantum Chem Volume: 113 Issue: 4 Pages: 453-473
  • DOI: 10.1002/qua.24280
  • Peer Reviewed
• [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態と構造 (2014)
  • Author(s): 庄司光男
  • Organizer: 異分野融合による新材料開発のための計算科学
  • Place of Presentation: RIKEN AICS
  • Year and Date: 2014-03-08
  • Invited
• [Presentation] 大規模QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態 (2014)
  • Author(s): 庄司光男, 磯辺寛, 山中秀介, 沈建仁, 山口兆
  • Organizer: 日本化学会春年会2014
  • Place of Presentation: 名古屋大学(口頭)
• [Presentation] トレオニン合成酵素の反応機構についての理論的研究 : 反応特異性決定過程の解明 (2014)
  • Author(s): 庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 日本化学会春年会2014
  • Place of Presentation: 名古屋大学(口頭)
• [Presentation] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究 (2014)
  • Author(s): 栢沼愛, 花岡恭平, 庄司光男
  • Organizer: 日本化学会春年会2014
  • Place of Presentation: 名古屋大学(ポスター)
• [Presentation] 大規模QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態 (2014)
  • Author(s): 庄司光男,磯辺寛,山中秀介,沈建仁,山口兆
  • Organizer: 日本化学会春年会 2014
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] トレオニン合成酵素の反応機構についての理論的研究: 反応特異性決定過程の解明 (2014)
  • Author(s): 庄司光男,氏家謙,田中弥,栢沼愛,梅田宏明,町田康博,村川武志,林秀行
  • Organizer: 日本化学会春年会 2014
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心S 1状態の電子状態解析 (2013)
  • Author(s): 庄司光男
  • Organizer: 第2回公開シンポジウム人工光合成特別セッション
  • Place of Presentation: 立命館大学(口頭)
  • Year and Date: 2013-10-28
  • Invited
• [Presentation] Theoretical investigation on the absorption spectrum of photosystem as a biomarker of extrasolar plants (2013)
  • Author(s): M. Taguchi, Y. Komatsu, A. Sato, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, K. Yabana, and M. Umemura
  • Organizer: ISTCP-8
  • Place of Presentation: Budapest, Hungary(poster)
  • Year and Date: 2013-08-25
• [Presentation] Theoretical Investigation on the Substrate Specificity of Uridine-cytidine Kinase (2013)
  • Author(s): W. Tanaka, Y. Ujiie, K. Hanaoka, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, F. Tomoike, S. Kuramitsu, K. Shiraishi
  • Organizer: ISTCP-8
  • Place of Presentation: Budapest, Hungary(poster)
  • Year and Date: 2013-08-25
• [Presentation] Molecular dynamics study on the substrate binding free energy of Threonine Synthase (2013)
  • Author(s): Y. Ujiie, W. Tanaka, K. Hanaoka, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, K. Shiraishi, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • Organizer: ISTCP-8
  • Place of Presentation: Budapest, Hungary(poster)
  • Year and Date: 2013-08-25
• [Presentation] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • Author(s): M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N Kamiya, J.-R. Shen, and K. Yamaguchi
  • Organizer: The 16th International Congress on Photosynthesis Research
  • Place of Presentation: St. Louis(MO)(Poster)
  • Year and Date: 2013-08-11
• [Presentation] Theoretical investigation on the electronic structures of photosystem II oxygen evolving complex at the S2 state (2013)
  • Author(s): M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
  • Organizer: 1st Awaji International Workshop on"Electron Spin Science & Technology : Biological and Materials Science Oriented Applications"(1st AWEST2013)
  • Place of Presentation: (Oral)
  • Year and Date: 2013-06-16
  • Invited
• [Presentation] The energy transfer simulation for detecting photosynthetic biosignatures on extrasolar planets (2013)
  • Author(s): Y. Komatsu, M. Umemura, M. Shoji, K. Yabana, K. Shiraishi, K. Kamiya, M. Kayanuma, A. Sato
  • Organizer: 1st Awaji International Workshop on"Electron Spin Science & Technology : Biological and Materials Science Oriented Applications"(1st AWEST2013)
  • Place of Presentation: (poster)
  • Year and Date: 2013-06-16
• [Presentation] 分子動力学法によるトレオニン合成酵素の基質結合自由エネルギー計算 (2013)
  • Author(s): 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 鳥取(ポスター)
  • Year and Date: 2013-06-13
• [Presentation] ウリジンシチジンキナーゼの特異的基質認識機構の理論的解明 (2013)
  • Author(s): 田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 友池史明, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 倉光成紀, 白石賢二
  • Organizer: 蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 鳥取(ポスター)
  • Year and Date: 2013-06-13
• [Presentation] QM/MM法によるHITスーパーファミリー酵素の触媒機構の解明 (2013)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 鳥取(ポスター)
  • Year and Date: 2013-06-13
• [Presentation] トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明 (2013)
  • Author(s): 庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 鳥取(口頭(若手奨励賞候補)+ポスター)
  • Year and Date: 2013-06-13
• [Presentation] (2013)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, M. Kayanuma, H. Umeda,Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • Organizer: BIT's 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis 2013 (SEB-2013)
  • Place of Presentation: Nanjing, Chaina(oral)
  • Year and Date: 2013-04-26
  • Invited
• [Presentation] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応経路についての理論的検証 (2013)
  • Author(s): 庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 日本農芸化学会
  • Place of Presentation: 東北大学(口頭)
  • Year and Date: 2013-03-26
• [Presentation] 光化学系IIアンテナ部の光捕集機構についての量子化学的研究 (2013)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: 第93回日本化学会春季年会
  • Place of Presentation: 立命館大学(口頭)
  • Year and Date: 2013-03-22
• [Presentation] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究 (2013)
  • Author(s): 栢沼愛, 花岡恭平, 近藤大生, 田口真彦, 庄司光男
  • Organizer: 第93回日本化学会春季年会
  • Place of Presentation: 立命館大学(ポスター)
  • Year and Date: 2013-03-22
• [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心のS2中間体の電子状態についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 庄司光男, 磯部寛, 山中秀介, 山口兆, 沈建仁
  • Organizer: 第93回日本化学会春季年会
  • Place of Presentation: 立命館大学(ポスター)
  • Year and Date: 2013-03-22
• [Presentation] 生命指標となりうる光合成の光吸収スペクトル帰属についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: 2013年日本天文学会春季年会
  • Place of Presentation: 埼玉大学(ポスター)
  • Year and Date: 2013-03-20
• [Presentation] 系外惑星バイオマーカー検出を目指した光合成機構のエネルギー移動計算 (2013)
  • Author(s): 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成
  • Organizer: 2013年日本天文学会春季年会
  • Place of Presentation: 埼玉大学(口頭)
  • Year and Date: 2013-03-20
• [Presentation] A QM/MM study on the S2 spin state of the oxygen-evolving complex (2013)
  • Author(s): M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
  • Organizer: 第5回OCARINAシンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪市立大学(oral)
  • Year and Date: 2013-03-05
  • Invited
• [Presentation] ビタミンD受容体におけるコンフォメーションアンサンブル : 分子動力学法による解明 (2013)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 白石賢二
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸(ポスター)
• [Presentation] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • Author(s): M. Shoji
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都(Oral)
  • Invited
• [Presentation] Theoretical Study on Catalytic Mechanism of Nitrile Hydratase (2013)
  • Author(s): M. Kayanuma, K.Hanaoka, M.Shoji
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都(Poster)
• [Presentation] Theoretical elucidation on the reaction control mechanism in Threonine Synthase (2013)
  • Author(s): M.Shoji, K.Hanaoka, Y.Ujiie, W.Tanaka, M.Kayanuma , H.Umeda, Y.Machida, T.Murakawa, H.Hayashi
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都(Poster)
• [Presentation] ビタミンD受容体のコンフォメーションアンサンブルと細胞応答 (2013)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第86回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜(口頭+ポスター)
• [Presentation] 分子動力学法によるトレオニン合成酵素の反応特異性についての理論的解明 (2013)
  • Author(s): 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 第86回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜(ポスター)
• [Presentation] トレオニン合成酵素における反応特異性についての理論的解明 (2013)
  • Author(s): 庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 第86回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜(口頭+ポスター)
• [Presentation] ウリジンシチジンキナーゼ(ttCK)の基質認識機構についての分子動力学解析 (2013)
  • Author(s): 田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 友池史明, 倉光成紀, 白石賢二
  • Organizer: 第86回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜(ポスター)
• [Presentation] 太陽系外惑星バイオマーカー検出に向けた光捕集機構のエネルギー転移計算 (2013)
  • Author(s): 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允
  • Organizer: Japan Geoscience Union Meeting 2013
  • Place of Presentation: (口頭)
• [Presentation] 系外惑星のバイオマーカーのための光合成光吸収についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 矢花一浩, 梅村雅之
  • Organizer: Japan Geoscience Union Meeting 2013
  • Place of Presentation: (口頭)
• [Presentation] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation (2013)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • Organizer: Sanibel Symposium
  • Place of Presentation: Florida(poster)
• [Presentation] 時間依存密度汎関数法に基づく光合成アンテナ部の吸収スペクトルの研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討 (2013)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: Supercomputer workshop 2013
  • Place of Presentation: 分子科学研究所
• [Presentation] QM/MM法を用いたII型DNAトポイソメラーゼによるDNA再結合反応の解明 (2013)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: Supercomputer workshop 2013
  • Place of Presentation: 分子科学研究所
• [Presentation] GlnやAsnを多く含むミスフォールドしたタンパク質の構造安定化機構に関する理論的研究 (2013)
  • Author(s): 近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合(野間)繁子, 田口英樹, 白石賢二
  • Organizer: Supercomputer workshop 2013
  • Place of Presentation: 分子科学研究所
• [Presentation] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: Supercomputer workshop 2013
  • Place of Presentation: 分子科学研究所
• [Presentation] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • Author(s): Mitsuo Shoji
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都国際会議場
  • Invited
• [Presentation] Theoretical elucidation on the reaction control mechanism in Threonine Synthase (2013)
  • Author(s): Mitsuo Shoji, Kyohei Hanaoka, Yuzuru Ujiie, Wataru Tanaka, Megumi Kayanuma , Hiroaki Umeda, Yasuhiro Machida, Takeshi Murakawa, Hideyuki Hayashi
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都国際会議場
• [Presentation] QM/MM 法による光合成酸素発生中心 S 1状態の電子状態解析 (2013)
  • Author(s): 庄司光男
  • Organizer: 第2回公開シンポジウム人工光合成特別セッション
  • Place of Presentation: 立命館大学
  • Invited
• [Presentation] トレオニン合成酵素における反応特異性についての理論的解明 (2013)
  • Author(s): 庄司 光男, 氏家 謙, 田中 弥, 花岡 恭平, 梅田 梅田, 栢沼 愛, 神谷 克政, 白石 賢二, 町田 康博, 村川 武志, 林 秀行
  • Organizer: 第86回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] Theoretical investigation on the absorption spectrum of photosystem as a biomarker of extrasolar plants (2013)
  • Author(s): M. Taguchi, Y. Komatsu, A. Sato, ○M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, K. Yabana, and M. Umemura
  • Organizer: ISTCP-8
  • Place of Presentation: Budapest, Hungary
• [Presentation] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • Author(s): M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N Kamiya, J.-R. Shen, and K. Yamaguchi
  • Organizer: The 16th International Congress on Photosynthesis Research
  • Place of Presentation: St. Louis, USA
• [Presentation] A QM/MM study on the reverse reaction of Threonine Synthase (2013)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, M. Kayanuma, H. Umeda, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • Organizer: BIT’s 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis-2013
  • Place of Presentation: Nanjing（中国）
  • Invited
• [Presentation] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応経路についての理論的検証 (2013)
  • Author(s): 庄司 光男、花岡 恭平、氏家 謙、田中 弥、栢沼 愛、梅田 宏明、町田 康博、村川 武志、林 秀行
  • Organizer: 日本農芸化学会
  • Place of Presentation: 東北大学
• [Presentation] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 田口 真彦, 小松 勇, 佐藤 皓允, 蘇 垠成, 庄司 光男, 栢沼 愛, 神谷 克政, 梅村 雅之, 矢花 一浩, 白石 賢二
  • Organizer: 第９３回日本化学会春季年会
  • Place of Presentation: 立命館大学
• [Presentation] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究 (2013)
  • Author(s): 栢沼 愛・花岡 恭平・近藤 大生・田口 真彦・庄司 光男
  • Organizer: 第９３回日本化学会春季年会
  • Place of Presentation: 立命館大学
• [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心のＳ２中間体の電子状態についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 庄司 光男・磯部 寛・山中 秀介・山口 兆・沈 建仁
  • Organizer: 第９３回日本化学会春季年会
  • Place of Presentation: 立命館大学
• [Presentation] 生命指標となりうる光合成の光吸収スペクトル帰属についての理論的研究 (2013)
  • Author(s): 田口真彦、小松勇、佐藤皓允、蘇垠成、庄司光男、栢沼愛、神谷克政梅村雅之、矢花一浩、白 石賢二
  • Organizer: ２０１３年日本天文学会春季年会
  • Place of Presentation: 埼玉大学
• [Presentation] 系外惑星バイオマーカー検出を目指した光合成機構のエネルギー移動計算 (2013)
  • Author(s): 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成、
  • Organizer: ２０１３年日本天文学会春季年会
  • Place of Presentation: 埼玉大学
• [Presentation] A QM/MM study on the S2 spin state of the oxygen-evolving complex (2013)
  • Author(s): M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
  • Organizer: 第５回 OCARINA シンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪市立大学
  • Invited
• [Presentation] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation, (2013)
  • Author(s): M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • Organizer: Sanibel Symposium
  • Place of Presentation: Florida（アメリカ合衆国）
• [Presentation] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-12-16
• [Presentation] アゴニスト結合型ビタミンD受容体の溶液中のダイナミクスと活性制御機構 (2012)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-12-16
• [Presentation] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の理論的解析 (2012)
  • Author(s): 近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合(野間)繁子, 田口英樹, 白石賢二
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-12-16
• [Presentation] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応機構についての理論的解明 (2012)
  • Author(s): 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 梅田宏明, 鴨志田良和, 神谷克政, 白石賢二, 村川武志, 林秀行
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-12-16
• [Presentation] アゴニスト結合型ビタミンD受容体のマイナーコンフォメーション (2012)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-12-11
• [Presentation] 光合成光化学系IIにおけるアンテナ部の光捕集機構についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-12-11
• [Presentation] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第3回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • Year and Date: 2012-11-29
• [Presentation] QM/MM法によるII型DNAトポイソメラーゼのDNA再結合反応の解明 (2012)
  • Author(s): 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, ヤンムンヨン, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第3回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • Year and Date: 2012-11-29
• [Presentation] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の計算科学的解析 (2012)
  • Author(s): 近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合-野間繁子, 田口英樹, 白石賢二
  • Organizer: 第3回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • Year and Date: 2012-11-29
• [Presentation] 光合成アンテナ部の光捕集機構についての理論的研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討 (2012)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: 第3回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • Year and Date: 2012-11-29
• [Presentation] Ground spin state of the oxygen-evolving complex at the S2 state (2012)
  • Author(s): M.Shoji, H.Isobe, S.Yamanaka, K. Yamaguchi, J.-R.Shen
  • Organizer: Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
  • Place of Presentation: Okayama(poster)
  • Year and Date: 2012-10-22
• [Presentation] QM/MM simulation revealed a substrate mediated proton relay mechanism in DNA religation reaction catalyzed by Type II DNA topoisomerase (2012)
  • Author(s): K.Hanaoka, M.Shoji, D.Kondo, A.Sato, M.-Y.Yang, K.Kamiya, K.Shiraishi
  • Organizer: CCP2012
  • Place of Presentation: Kobe(poster)
  • Year and Date: 2012-10-13
• [Presentation] QM/MM法による同化型亜硝酸還元酵素の反応機構についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): M.Shoji, K.Hanaoka, D.Kondo, H.Umeda, M.Kayanuma, K.Kamiya, K.Shiraishi, S.Nakano, K.Katayanagi
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名大
  • Year and Date: 2012-09-22
• [Presentation] II型DNAトポイソメラーセによるDNA再結合反応に対する基質を介するプロトンリレー機構 (2012)
  • Author(s): 花岡恭平, 近藤大生, 庄司光男, 梁文榮, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第6回バイオ関連化学合同シンポジウム
  • Place of Presentation: 北大
  • Year and Date: 2012-09-06
• [Presentation] (2012)
  • Author(s): 佐藤皓允, 田口真彦, 庄司光男
  • Organizer: 第7回夏の学校宇宙ライフサイエンス若手の会
  • Place of Presentation: (ポスター発表)
  • Year and Date: 2012-08-25
• [Presentation] 酵母DNAトポイソメラーゼIIにおけるDNA再結合反応の理論的解明 (2012)
  • Author(s): 花岡恭平, 近藤大生, 庄司光男, 梁文榮, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-06-20
• [Presentation] 一酸化窒素還元酵素(NOR)におけるN2O生成酵素についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梁文榮, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場(ポスター)
  • Year and Date: 2012-06-20
• [Presentation] Theoretical Investigation of a Mechanism of Chirality Induction for Amino Acids in the Early Solar System (2012)
  • Author(s): 佐藤, 庄司, 神谷, 梅村, 矢花, 白石
  • Organizer: 日本地球惑星科学連合大会
  • Place of Presentation: (口頭)
  • Year and Date: 2012-05-24
• [Presentation] 系外惑星における生命指標としての光合成色素についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • Organizer: 第5回アストロバイオロジーワークショップ
  • Place of Presentation: (口頭)
• [Presentation] 系外惑星のバイオマーカー検出に向けた光合成アンテナ機構の励起状態計算 (2012)
  • Author(s): 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成
  • Organizer: 第5回アストロバイオロジーワークショップ
  • Place of Presentation: (口頭)
• [Presentation] QM/MM study on the catalytic mechanism of nitrix oxide reductase (2012)
  • Author(s): M.Shoji, K.Hanaoka, D.Kondo, H.Umeda, K.Kamiya, Y.Kitagawa, K.Shiraishi
  • Organizer: 2012 ICQC - International Congress of Quantum Chemistry
  • Place of Presentation: Boulder, Colorado(poster)
• [Presentation] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応機構についての理論的解明 (2012)
  • Author(s): 庄司 光男, 花岡 恭平, 近藤 大生, 田口 真彦, 栢沼 愛, 梅田 宏明, 鴨志田 良和, 神谷 克政, 白石 賢二, 村川 武志, 林 秀行,
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 田口 真彦, 小松 勇, 佐藤 皓允, 蘇 垠成, 庄司 光男, 栢沼 愛, 神谷 克政, 梅村 雅之, 矢花 一浩, 白石 賢二
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] アゴニスト結合型ビタミンD受容体の溶液中のダイナミクスと活性制御機構 (2012)
  • Author(s): 花岡 恭平, 庄司 光男, 近藤 大生, 田口 真彦, 栢沼 愛, 神谷 克政, 白石 賢二
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] Ｑ/Ｎに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の理論的解析 (2012)
  • Author(s): 近藤 大生, 花岡 恭平, 田口 真彦, 神谷 克政, 庄司 光男, 河合（野間） 繁子, 田口 英樹, 白石 賢二
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] 光合成光化学系IIにおけるアンテナ部の光捕集機構についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 田口 真彦, 小松 勇, 佐藤 皓允, 蘇 垠成, 庄司 光男, 栢沼 愛, 神谷 克政, 梅村 雅之, 矢花 一浩, 白石 賢二
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] アゴニスト結合型ビタミンD受容体のマイナーコンフォメーション (2012)
  • Author(s): 花岡 恭平, 庄司 光男, 近藤 大生, 田口 真彦, 栢沼 愛, 神谷 克政, 白石 賢二
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 庄司光男、花岡恭平、近藤大生、梅田宏明、神谷克政、白石賢二
  • Organizer: 第３回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点
• [Presentation] QM/MM法によるII型DNAトポイソメラーゼのDNA再結合反応の解明 (2012)
  • Author(s): 花岡恭平、庄司光男、近藤大生、ヤンムンヨン、神谷克政、白石賢二
  • Organizer: 第３回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点
• [Presentation] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の計算科学的解析 (2012)
  • Author(s): 近藤大生、花岡恭平、田口真彦、神谷克政、庄司光男、河合-野間繁子、田口英樹、白石賢二
  • Organizer: 第３回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点
• [Presentation] 光合成アンテナ部の光捕集機構についての理論的研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討 (2012)
  • Author(s): 田口真彦、小松勇、佐藤皓允、蘇垠成、庄司光男、栢沼愛、神谷克政、梅村雅之、矢花一浩、白石賢二
  • Organizer: 第３回協定講座シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸大学統合研究拠点
• [Presentation] Ground spin state of the oxygen-evolving complex at the S2 state (2012)
  • Author(s): Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Shusuke Yamanaka, Kizashi Yamaguchi, Jian-Ren Shen
  • Organizer: Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
  • Place of Presentation: Okayama University
• [Presentation] QM/MM 法による同化型亜硝酸還元酵素の反応機構についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): Mitsuo Shoji, Kyohei Hanaoka, Daiki Kondo, Hiroaki Umeda, Megumi Kayanuma, Katsumasa Kamiya, Kenji Shiraishi, Shogo Nakano, Katsuo Katayanagi
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] 一酸化窒素還元酵素(NOR)におけるN2O生成酵素についての理論的研究 (2012)
  • Author(s): 庄司光男、花岡恭平、近藤大生、梁 文榮、梅田宏明、神谷克政、白石賢二
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] 酵母DNAトポイソメラーゼ II における DNA 再結合反応の理論的解明 (2012)
  • Author(s): 花岡恭平、近藤大生、庄司光男、梁文榮、神谷克政、白石賢二
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] QM/MM study on the catalytic mechanism of nitrix oxide reductase (2012)
  • Author(s): Mitsuo Shoji, Kyohei Hanaoka, Daiki Kondo, Hiroaki Umeda, Katsumasa Kamiya, YasutakaKitagawa, Kenji Shiraishi
  • Organizer: International Congress of Quantum Chemistry
  • Place of Presentation: Boulder, Colorado（アメリカ合衆国）
• [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態と構造
  • Author(s): 庄司光男
  • Organizer: 異分野融合による新材料開発のための計算科学
  • Place of Presentation: 独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構(RIKEN AICS)
  • Invited
• [Presentation] Theoretical investigation on the electronic structures of photosystem II oxygen evolving complex at the S2 state
  • Author(s): Mitsuo Shoji
  • Organizer: 1st Awaji International Workshop on “Electron Spin Science & Technology: Biological and Materials Science Oriented Applications”
  • Place of Presentation: awaji Yumebutai, Hyogo, Japan
  • Invited
• [Presentation] トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明
  • Author(s): 庄司光男
  • Organizer: 蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: とりぎん文化会館（鳥取市）
  • Invited
• [Presentation] A QM/MM study on the reverse reaction of Threonine Synthase
  • Author(s): Mitsuo Shoji
  • Organizer: BIT’s 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis 2013
  • Place of Presentation: Nanjing, Chaina
  • Invited
• [Remarks]
  • URL: http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html
• [Remarks] プレスリリース
  • URL: https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/pr/media/threonine_140314
• [Remarks] プレスリリース
  • URL: http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/wordpress/uploads/2014/03/press_140314.pdf
• [Remarks] 研究内容紹介
  • URL: http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html
• [Remarks] プレスリリース1
  • URL: http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/pr/media/threonine_140314
• [Remarks] プレスリリース2
  • URL: http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/wordpress/uploads/2014/03/press_140314.pdf