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X-ray Crystallography of tRNA recycling enzyme:substrate complex

Research Project

Project/Area Number 24770093
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Structural biochemistry
Research InstitutionNiigata University

Principal Investigator

ITO Kosuke  新潟大学, 自然科学系, 助教 (20502397)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
KeywordstRNA再生酵素 / ペプチジルtRNA / 翻訳 / X線結晶構造解析 / tRNA再生 / リボソーム / ストール / 酵素基質複合体
Outline of Final Research Achievements

tRNA recycling enzyme cleaves the ester bond between the peptide and the tRNA of peptidyl-tRNA molecules, which are produced by aborted translation, to recycle tRNA for further rounds of protein synthesis. Here we have determined the crystal structure of the tRNA recycling enzyme in complex with the tRNA CCA-acceptor-TΨC domain, the enzyme-binding region of the tRNA moiety of the substrate. The structure provided insights into how tRNA recycling enzyme accepts the diverse sequences of the elongator-tRNAs as substrate components. Furthermore, we proposed an authentic tRNA recycling enzyme:peptidyl-tRNA complex model, based on the present structure and the enzymatic studies’results.

Report

(4 results)
  • 2014 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2013 Research-status Report
  • 2012 Research-status Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (16 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Molecular insights into the interaction of the ribosomal stalk protein with elongation factor 1α.2014

    • Author(s)
      Ito, K., Honda, T., Suzuki, T., Miyoshi, T., Murakami, R., Yao, M., and Uchiumi T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 42 Issue: 22 Pages: 14042-14052

    • DOI

      10.1093/nar/gku1248

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    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structure of α-amylase from Oryza sativa molecular insights into enzyme activity and thermostability2014

    • Author(s)
      Akihito OCHIAI, Hiroshi SUGAI, Kazuki HARADA, Seiya TANAKA, Yohei ISHIYAMA, Kosuke ITO, Takaaki TANAKA, Toshio UCHIUMI, Masayuki TANIGUCHI, Toshiaki MITSUI
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: in press

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    • Author(s)
      Lee, K.M., Yusa, K., Chu, L.O., Yu, C.W., Oono, M., Miyoshi, T., Ito, K., Shaw, P.C., Wong, K.B., and Uchiumi, T
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res

      Volume: 41 Issue: 18 Pages: 8776-8787

    • DOI

      10.1093/nar/gkt636

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    • Author(s)
      Matsumoto, A.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun

      Volume: 69 Issue: 3 Pages: 332-335

    • DOI

      10.1107/s1744309113003424

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  • [Journal Article] Analysis of Chimeric Ribosomal Stalk Complexes from Eukaryotic and Bacterial Sources: Structural Features Responsible for Specificity of Translation Factors.2012

    • Author(s)
      Mochizuki, M., Kitamyo, M., Miyoshi, T., Ito, K., and Uchiumi T.
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 17 Pages: 273-284

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      Ito, K. 他
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 40 Issue: 20 Pages: 10521-10531

    • DOI

      10.1093/nar/gks790

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      上原祐二、伊東孝祐、村上僚、松本愛弥、三好智博、清水義宏、竹本千重、横川隆志、上田卓也、内海利男
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      第9回 無細胞生命科学研究会
    • Place of Presentation
      大阪大学医学部 銀杏会館 (大阪)
    • Year and Date
      2014-10-08 – 2014-10-09
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      東京工業大学 東京
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    • Organizer
      Official invitation to the 3rd INTERNATIONAL CONGRESS ON NATURAL SCIENCES WITH SISTERHOOD UNIVERSITIES (ICNS 2013)
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      Niigata Univ. Niigata
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      小野塚美穂,馬場健太朗,三好智博,伊東孝祐,内海利男
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      神戸ポートアイランド 神戸
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      本田貴嘉、間瀬透、伊東孝祐、内海利男
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      第14回日本RNA学会年会
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      東北大学百周年記念会館・川内萩ホール 仙台
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  • [Presentation] Peptidyl-tRNA hydrolase の基質認識および触媒反応の構造基盤2012

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      伊東 孝祐, 村上 僚, 望月 正弘, 斉 浩, 清水 義宏, 三浦 謹一郎, 上田 卓也, 内海 利男
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      第7回 無細胞生命科学研究会
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      愛媛大学 松山
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  • [Presentation] ヒトリボソームP0/P1/P2ストークタンパク質が共有するC末端部位の翻訳伸長因子eEF-1α/eEF-2との相互作用2012

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      小野塚 美穂, 馬場 健太朗, 三好 智博, 伊東 孝祐, 内海 利男
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      第35回日本分子生物学会年会
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      福岡国際会議場, マリンメッセ福岡 博多
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  • [Presentation] Peptidyl-tRNA hydrolaseの基質認識および触媒反応の構造基盤2012

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      伊東 孝祐, 村上 僚, 望月 正弘, 斉 浩, 清水 義宏, 三浦 謹一郎, 上田 卓也, 内海  利男
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      第35回日本分子生物学会年会
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      福岡国際会議場, マリンメッセ福岡 博多
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  • [Presentation] 動物リボソームstalkタンパク質のhinge領域はリボトキシンの効率的作用に不可欠である2012

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      遊佐 和之, 大野 萌, 三好 智博, 伊東 孝祐, 内海 利男
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      第35回日本分子生物学会年会
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      福岡国際会議場, マリンメッセ福岡 博多
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      鈴木 隆寛, 本田 貴嘉, 佐藤 駿平, 伊東 孝祐, 内海 利男
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
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      福岡国際会議場, マリンメッセ福岡 博多
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  • [Presentation] 立体構造に基づくペプチジル tRNA 分解酵素の酵素学的機能解析

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      村上僚、伊東孝祐、望月正弘、斉浩、清水義宏、三浦謹一郎、上田卓也、内海利男
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      第53回新潟生化学懇話会
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      新潟大学 新潟
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  • [Presentation] T. thermophilusペプチジルtRNA加水分解酵素のX線結晶構造解析

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      松本愛弥、伊東孝祐、竹本千重、内海利男
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      第53回新潟生化学懇話会
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      新潟大学 新潟
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      遊佐和之、三好智博、Ka-Ming Lee、大野萌、伊東孝祐、Kam-Bo Wong、内海利男
    • Organizer
      第53回新潟生化学懇話会
    • Place of Presentation
      新潟大学 新潟
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  • [Remarks] 内海・伊東研究室HP

    • URL

      http://www.sc.niigata-u.ac.jp/biologyindex/uchiumi-ito/index.html

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URL: 

Published: 2013-05-31   Modified: 2019-07-29  

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