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Transcriptome analysis of phenotypic plasticity in the Hokkaido salamander

Research Project

Project/Area Number 24870002
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Ecology/Environment
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

MATSUNAMI Masatoshi  北海道大学, 大学院水産科学研究院, 博士研究員 (60632635)

Project Period (FY) 2012-08-31 – 2014-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordsバイオインフォマティクス / 生態発生学 / 表現型可塑性 / 両生類 / 個体群生態学 / サンショウウオ / RNA-seq / 捕食者・被食者
Research Abstract

Amphibians display flexible phenotypes depending on environmental conditions. Larvae of the Hokkaido salamander, Hynobius retardatus, exhibit two distinct morphs, "attack morphs" and "defense morphs", as an inducible phenotypic response to prey and predators, respectively. The presence of their prey, Rana pirica tadpoles, induces a broad-headed attack morph. The presence of predatory dragonfly nymphs (Aeshna nigroflava) induces a defense morph, characterized by enlarged external gills and a high tail. However, the molecular mechanisms underlying these phenotypic changes have yet to be elucidated. To reveal the landscape of molecular mechanisms underlying these inducible plastic morphs, we carried out a de novo transcriptome analysis of Hokkaido salamander larvae. We extracted and sequenced RNAs from the sampled tissues. Then, we compared the obtained reads and contigs of the treatment samples and identified differentially expressed genes.

Report

(3 results)
  • 2013 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2012 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2014 2013 2012

All Presentation (22 results)

  • [Presentation] Eco-evo-devo study of phenotypic plasticity in the Hokkaido salamander (Hynobius retardatus)2014

    • Author(s)
      Matsunami M, Kishida O, Kitano J, Nozawa M, Igawa T, Michimae H, Miura T, Nishimura K
    • Organizer
      International Symposium"Frontiers in Amphibian Biology : Endangered Species Conservation and Genome Editing"
    • Place of Presentation
      Hiroshima (Japan)(P-26)
    • Year and Date
      2014-03-27
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      2013 Final Research Report
  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2014

    • Author(s)
      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      日本生態学会第61回全国大会
    • Place of Presentation
      広島(広島)(D2-08)
    • Year and Date
      2014-03-18
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      2013 Final Research Report
  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2014

    • Author(s)
      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      第5回生命情報科学若手の会
    • Place of Presentation
      検見川(千葉)(LT2)
    • Year and Date
      2014-02-18
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  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2014

    • Author(s)
      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
    • Organizer
      第5回生命情報科学若手の会
    • Place of Presentation
      東京大学検見川セミナーハウス(千葉県千葉市)
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  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2014

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      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
    • Organizer
      日本生態学会第61回全国大会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島県広島市)
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      Matsunami M, Kishida O, Kitano J, Nozawa M, Igawa T, Michimae H, Miura T, Nishimura K
    • Organizer
      International Symposium “Frontiers in Amphibian Biology: Endangered Species Conservation and Genome Editing”
    • Place of Presentation
      Hiroshima University (Hiroshima, Japan)
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    • Author(s)
      松波雅俊
    • Organizer
      第8回EZOゼミ
    • Place of Presentation
      札幌(北海道)
    • Year and Date
      2013-10-31
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      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      第29回個体群生態学会大会
    • Place of Presentation
      堺(大阪)(P04)
    • Year and Date
      2013-10-12
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      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      NGS現場の会第3回研究会
    • Place of Presentation
      神戸(兵庫)(3-24-A)
    • Year and Date
      2013-09-04
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      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      日本進化学会第15回大会
    • Place of Presentation
      つくば(茨城)(3B-04)
    • Year and Date
      2013-08-30
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      Matsunami M, Kishida O, Kitano J, Michimae H, Miura T, Nishimura K
    • Organizer
      XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology
    • Place of Presentation
      Lisbon (Portugal)
    • Year and Date
      2013-08-22
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      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      日本生態学会第60回全国大会
    • Place of Presentation
      静岡(静岡)(W34)
    • Year and Date
      2013-03-07
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      松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      第4回生命情報科学若手の会
    • Place of Presentation
      岡崎(愛知)(LT2)
    • Year and Date
      2013-03-02
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  • [Presentation] Transcriptome analysis of predator- and prey-induced phenotypic plasticity in the Hokkaido Salamander (Hynobius retardatus)2013

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      Matsunami M, Kishida O, Kitano J, Michimae H, Miura T, Nishimura K.
    • Organizer
      XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology
    • Place of Presentation
      University of Lisbon (Lisbon, Portugal)
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  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2013

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      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
    • Organizer
      日本進化学会第15回大会
    • Place of Presentation
      筑波大学(茨城県つくば市)
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    • Organizer
      NGS現場の会第3回研究会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2013

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      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
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      第29回個体群生態学会大会
    • Place of Presentation
      大阪府立大学(大阪府堺市)
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  • [Presentation] ゲノム情報から探る脊椎動物の進化2013

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      松波 雅俊
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      第8回EZOゼミ
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
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  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で明らかになったエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2013

    • Author(s)
      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
    • Organizer
      第4回生命情報科学若手の会
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] トランスクリプトーム解析で明らかになったエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構2013

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      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
    • Organizer
      日本生態学会第60回全国大会
    • Place of Presentation
      グランシップ静岡(静岡県静岡市)
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      松波雅俊,北野潤,岸田治,道前洋史,三浦徹,西村欣也
    • Organizer
      平成24年度新学術領域「ゲノム・遺伝子相関」若手の会
    • Place of Presentation
      米原(滋賀)(#22)
    • Year and Date
      2012-11-01
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      松波 雅俊, 岸田 治, 北野 潤, 道前 洋史, 三浦 徹, 西村 欣也
    • Organizer
      平成24年度新学術領域「ゲノム・遺伝子相関」若手の会
    • Place of Presentation
      エクシブ琵琶湖(滋賀県米原市)
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      2012 Annual Research Report

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Published: 2012-11-27   Modified: 2019-07-29  

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