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Elucidation of the principle of the emergence of pandemic viruses

Research Project

Project/Area Number 24H00607
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

佐藤 佳  東京大学, 医科学研究所, 教授 (10593684)

Project Period (FY) 2024-04-01 – 2027-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2025)
Budget Amount *help
¥48,360,000 (Direct Cost: ¥37,200,000、Indirect Cost: ¥11,160,000)
Fiscal Year 2025: ¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2024: ¥20,410,000 (Direct Cost: ¥15,700,000、Indirect Cost: ¥4,710,000)
Keywordsパンデミックウイルス / スピルオーバー
Outline of Research at the Start

新型コロナウイルスに近縁なコロナウイルスが、アジア諸国に生息するコウモリから同定・分離され、それがヒトに異種間伝播することで、新型コロナが誕生したと示唆されている。コウモリのコロナウイルスがヒトに異種間伝播し、病原性を発現する原理の解明は、新型コロナの誕生原理の理解から、将来、次のパンデミックウイルスの誕生の防止に繋がる。
特に次のパンデミックを引き起こしうる、コウモリ保有のコロナウイルスに着目した研究を実施する。つまり、「パンデミックウイルスの誕生に至る原理はなにか?」が、本研究課題の核心かつ学術的「問い」であり、次のパンデミックを防ぐことに資する、学術的医学的社会的に重要な研究課題である。

Outline of Annual Research Achievements

本申請「パンデミックウイルスの誕生原理の解明(R6から8年度)」では、コウモリ・ハクビシン・ヒトといった複数宿主におけるウイルス感染・伝播の分子基盤を解明することを主眼として実施している。当初の研究計画では、(1)動物由来iPS細胞とオルガノイドを用いたウイルス指向性の解析;(2)スパイクタンパク質のfurin cleavage site (FCS)改変による病原性解析;(3)モデル動物による病原性・伝播性評価;(4)CRISPRライブラリによる宿主因子のスクリーニング、という4つの研究軸により、パンデミックの分子進化過程を包括的に理解する体制を構築を目指した研究を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

R6年度の研究によって、「研究実績の概要」に記載した(1)(2)(3)はほぼ完遂し、それに関連する高い研究成果を挙げている。たとえば、SARS-CoV-2関連のコウモリコロナウイルスのひとつであるBANAL-20-236について、furin cleavage site (FCS)の有無と病原性の相関や、オルガノイドを用いた宿主適応の可視化に成功した(Fujita et al., eBioMedicine, 2024)。上記(4)は、現在も進行中である。
さらに、出現が続く新型コロナウイルスについても、「Genotype-to-Phenotype」研究を継続し、R6年度には、Lancet姉妹誌に責任著者として論文を7報発表した。このことは、研究代表者は、現在においても、世界のコロナウイルス研究を牽引する立場にあると言える。

Strategy for Future Research Activity

実験室内での研究としてはほぼ完成している本課題であるが、本課題を申請したR5年度、および、初年度の研究を遂行したR6年度とは、このトピックを取り巻く研究環境が大きく変化している。すなわち、実験室内での実験研究に留まらず、実世界におけるコウモリコロナウイルスの流行動態と進化を理解することこそが、「次のパンデミック」への備えに直結する、という研究方針である。
研究代表者は、このような研究の潮流に対応するために、本課題で計画していた研究内容に加え、東南アジアおよび南アジアの重点国(ベトナム、タイ、カンボジア、マレーシア、インドネシア、バングラデシュ)との共同研究を開始するべく、現地を訪問し、カウンターパートを確保し、共同研究契約(MOU)を締結し、「G2P-Asia」という、「次のパンデミック」に備えるための多国にまたがる国際コンソーシアムの確立と主導に向けて活動を開始した。特に、本課題につながるタイとの共同研究の一端はすでに、学術論文の投稿に至っている(Wacharapluesadee et al, Cell, under review)。
以上より、現在までの研究成果と、申請者が整備を進めた国際ネットワークを踏まえ、次の段階の研究を早急に開始する必要があると判断した。すなわち、ヒトと野生動物のインターフェースにおけるウイルス監視(Genotype解析)と、その実験室における高度な表現型解析(Phenotype解析)を統合した、国際的な学際研究構想を実現する必要がある。
特に現在、NIH予算などのアメリカ主導の国際的な感染症研究支援が縮小傾向にある。これはすなわち、日本がプレゼンスを強化し、国際的なリーダーシップを発揮する好機でもある。本課題を遂行するための人的ネットワークや研究インフラはすでに整備されており、その実行フェーズに進む必要性がある。

Report

(2 results)
  • 2024 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (27 results)

All 2025 2024

All Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 14 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 12 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Antiviral humoral immunity induced by JN.1 monovalent mRNA vaccines against SARS-CoV-2 omicron subvariants including JN.1, KP.3.1.1, and XEC2025

    • Author(s)
      Uriu Keiya、Kaku Yu、Uwamino Yoshifumi、Fujiwara Hiroshi、Saito Fumitake、Sato Kei
    • Journal Title

      The Lancet Infectious Diseases

      Volume: 25 Issue: 2 Pages: e61-e61

    • DOI

      10.1016/s1473-3099(24)00810-7

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  • [Journal Article] Recombination analysis on the receptor switching event of MERS-CoV and its close relatives: implications for the?emergence of MERS-CoV2024

    • Author(s)
      Tolentino Jarel Elgin、Lytras Spyros、Ito Jumpei、Sato Kei
    • Journal Title

      Virology Journal

      Volume: 21 Issue: 1 Pages: 84-84

    • DOI

      10.1186/s12985-024-02358-2

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  • [Journal Article] Akaluc bioluminescence offers superior sensitivity to track in?vivo dynamics of SARS-CoV-2 infection2024

    • Author(s)
      Tamura Tomokazu、Ito Hayato、Torii Shiho、Wang Lei、Suzuki Rigel、Tsujino Shuhei、Kamiyama Akifumi、Oda Yoshitaka、Tsuda Masumi、Morioka Yuhei、Suzuki Saori、Shirakawa Kotaro、Sato Kei、Yoshimatsu Kumiko、Matsuura Yoshiharu、Iwano Satoshi、Tanaka Shinya、Fukuhara Takasuke
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 27 Issue: 5 Pages: 109647-109647

    • DOI

      10.1016/j.isci.2024.109647

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  • [Journal Article] Virological characteristics of the SARS-CoV-2 KP.2 variant2024

    • Author(s)
      Kaku Yu、Uriu Keiya、Kosugi Yusuke、Okumura Kaho、Yamasoba Daichi、Uwamino Yoshifumi、Kuramochi Jin、Sadamasu Kenji、Yoshimura Kazuhisa、Asakura Hiroyuki、Nagashima Mami、Ito Jumpei、Sato Kei
    • Journal Title

      The Lancet Infectious Diseases

      Volume: 24 Issue: 7 Pages: e416-e416

    • DOI

      10.1016/s1473-3099(24)00298-6

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  • [Journal Article] Virological characteristics of a SARS-CoV-2-related bat coronavirus, BANAL-20-2362024

    • Author(s)
      Shigeru Fujita, Arnon Plianchaisuk, Keiya Uriu, Daichi Yamasoba, Ziyi Guo, Alfredo A Hinay Jr., Yusuke Kosugi, Luo Chen, Lin Pan, Yu Kaku, Jumpei Ito, Terumasa Ikeda, Keita Matsuno, Takasuke Fukuhara, Kazuo Takayama & Kei Sato
    • Journal Title

      eBioMedicine

      Volume: 104 Pages: 105181-105181

    • DOI

      10.1016/j.ebiom.2024.105181

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  • [Journal Article] Virological characteristics of the SARS-CoV-2 KP.3, LB.1, and KP.2.3 variants2024

    • Author(s)
      Kaku Yu、Yo Maximilian Stanley、Tolentino Jarel Elgin、Uriu Keiya、Okumura Kaho、Ito Jumpei、Sato Kei
    • Journal Title

      The Lancet Infectious Diseases

      Volume: 24 Issue: 8 Pages: e482-e483

    • DOI

      10.1016/s1473-3099(24)00415-8

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  • [Journal Article] Virological characteristics of the SARS‐CoV‐2 Omicron EG.5.1 variant2024

    • Author(s)
      Shuhei Tsujino, Sayaka Deguchi, Tomo Nomai, Miguel Padilla-Blanco, Arnon Plianchaisuk, Lei Wang, MST Monira Begum, Keiya Uriu, Jumpei Ito, Terumasa Ikeda, Kazuo Takayama, Jiri Zahradnik, Takao Hashiguchi, Takasuke Fukuhara & Kei Sato.
    • Journal Title

      Microbiology and Immunology

      Volume: 68 Issue: 9 Pages: 305-330

    • DOI

      10.1111/1348-0421.13165

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Recombination as an evolutionary driver of MERS-related coronavirus emergence2024

    • Author(s)
      Tolentino Jarel Elgin、Lytras Spyros、Ito Jumpei、Holmes Edward C、Sato Kei
    • Journal Title

      The Lancet Infectious Diseases

      Volume: 24 Issue: 9 Pages: e546-e546

    • DOI

      10.1016/s1473-3099(24)00461-4

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] No evidence of SARS-CoV-2 infection in urban wildlife of Hokkaido, Japan2024

    • Author(s)
      Kovba, A., Nao, N., Shimozuru, M., Sashika, M., Takahata, C., Sato, K., Uriu, K., Yamanaka, M., Nakanishi, M., Ito, G., Ito, M., Minamikawa, M., Shimizu, K., Goka, K., Onuma, M., Matsuno, K. & Tsubota, T.
    • Journal Title

      Transboundary and Emerging Diseases

      Volume: 2024 Issue: 1 Pages: 1204825-1204825

    • DOI

      10.1155/2024/1204825

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Virological characteristics of the SARS-CoV-2 KP.3.1.1 variant2024

    • Author(s)
      Kaku Yu、Uriu Keiya、Okumura Kaho、Ito Jumpei、Sato Kei
    • Journal Title

      The Lancet Infectious Diseases

      Volume: 24 Issue: 10 Pages: e609-e609

    • DOI

      10.1016/s1473-3099(24)00505-x

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular and structural insights into SARS-CoV-2 evolution: from BA.2 to XBB subvariants2024

    • Author(s)
      Hisano Yajima, Tomo Nomai, Kaho Okumura, Katsumi Maenaka, The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, Jumpei Ito, Takao Hashiguchi & Kei Sato
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 15 Issue: 10

    • DOI

      10.1128/mbio.03220-23

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for receptor-binding domain mobility of the spike in SARS-CoV-2 BA.2.86 and JN.12024

    • Author(s)
      Hisano Yajima, Yuki Anraku, Yu Kaku, Kanako Terakado Kimura, Arnon Plianchaisuk, Kaho Okumura, Yoshiko Nakada-Nakura, Yusuke Atarashi, Takuya Hemmi, Daisuke Kuroda, Yoshimasa Takahashi, Shunsuke Kita, Jiei Sasaki, Hiromi Sumita, Jumpei Ito, Katsumi Maenaka, Kei Sato & Takao Hashiguchi.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 8574-8574

    • DOI

      10.1038/s41467-024-52808-2

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  • [Journal Article] Induction of IGHV3-53 public antibodies with broadly neutralising activity against SARS-CoV-2 including Omicron subvariants in a Delta breakthrough infection case2024

    • Author(s)
      Takeo Kuwata, Yu Kaku, Shashwata Biswas, Kaho Matsumoto, Mikiko Shimizu, Yoko Kawanami, Ryuta Uraki, Kyo Okazaki, Kei Sato, Takako Inoue, Yasuhito Tanaka,Takeshi Noda, Hiroshi Morioka, Yoshihiro Kawaoka, Shuzo Matsushita.
    • Journal Title

      eBioMedicine

      Volume: 110 Pages: 105439-105439

    • DOI

      10.1016/j.ebiom.2024.105439

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  • [Journal Article] Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XEC variant2024

    • Author(s)
      Kaku Yu、Okumura Kaho、Kawakubo Shusuke、Uriu Keiya、Chen Luo、Kosugi Yusuke、Uwamino Yoshifumi、Begum MST Monira、Leong Sharee、Ikeda Terumasa、Sadamasu Kenji、Asakura Hiroyuki、Nagashima Mami、Yoshimura Kazuhisa、Ito Jumpei、Sato Kei
    • Journal Title

      The Lancet Infectious Diseases

      Volume: 24 Issue: 12 Pages: e736-e736

    • DOI

      10.1016/s1473-3099(24)00731-x

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      HIV and (Re)Emerging Viruses - Aligning Lessons Across Pandemics
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  • [Presentation] Evolution of SARS-CoV-2.2024

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      The 3rd France-Japan symposium on HIV/AIDS and infectious disease basic research
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      15th International ITU Molecular Biology and Genetics Student Congress 2024
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  • [Presentation] Evolution of SARS-CoV-2.2024

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      佐藤佳
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      Asia-Pacific Congress of Medical Virology (APCMV) 2024.
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  • [Presentation] Evolution of SARS-CoV-2.2024

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      佐藤佳
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia “Preparing for the Next Pandemic: Evolution, Pathogenesis and Virology of Coronaviruses“
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 実験医学2024

    • Author(s)
      佐藤佳
    • Total Pages
      50
    • Publisher
      羊土社
    • Related Report
      2024 Annual Research Report

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Published: 2024-04-05   Modified: 2025-12-26  

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