Establishing a spatiotemporal alignment method for cell populations

• Project/Area Number: 24K03032
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 加藤 有己 大阪大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (10511280)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 村松 里衣子 国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター, 神経研究所, 部長 (90536880)
• Project Period (FY): 2024-04-01 – 2028-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000); Fiscal Year 2027: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000); Fiscal Year 2026: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2025: ¥6,110,000 (Direct Cost: ¥4,700,000、Indirect Cost: ¥1,410,000); Fiscal Year 2024: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
• Keywords: シングルセル / 空間オミクス / データ統合

Outline of Research at the Start

近年確立されたシングルセルRNAシークエンシング (scRNA-seq) およびを空間トランスクリプトミクス (ST) を用いることで、組織中の細胞において「いつ、どこで」遺伝子発現が変化するのかを明らかにするためのデータ基盤は整ったと言える。現在、scRNA-seqとSTの両データを統合する手法がいくつか開発されているものの、時空間解析を真に行う意味では発展途上にある。本研究では、時間データや空間データの単独解析では見えなかった生体の機能や現象を明らかにするため、細胞集団の時空間発現データセットを高精度で統合する新規アルゴリズムを開発する。