Improving DNA normalization methods for obtaining low-copy double-stranded DNA fragments from metagenomes

Research Project

Project/Area Number	24K09425
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Multi-year Fund
Section	一般
Review Section	Basic Section 43060:System genome science-related
Research Institution	Kumamoto University
Principal Investigator	山口佳宏熊本大学, 環境安全センター, 准教授 (10363524)
Project Period (FY)	2024-04-01 – 2027-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000) Fiscal Year 2026: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000) Fiscal Year 2025: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000) Fiscal Year 2024: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Keywords	DNA断片の均一化 / メタゲノム / DNA増幅
Outline of Research at the Start	今までに人間が触れたことがない遺伝子が環境中にあると考えられ、触れられない原因が優占種由来または高コピーのDNA断片によってミスプライミングが起こり、希少種由来または低コピーのDNA断片が増幅できないことだと考えた。そこで本研究では、標的DNA群を全ゲノム増幅でDNA量を増加させ、高コピーDNA断片を分離または除去して、低コピーDNA断片をPCRで増幅させることで、高コピーDNA断片と低コピーDNA断片の量を等量にするDNA均一化法を改良する。この成果は、次世代シークエンスでも見つからなかったDNA断片（遺伝子）を発見することができるようになり、新たな新規遺伝子や新規酵素の発見につながる。