Development of a transcription start site analysis method for direct RNA sequencing by nanopore sequencer

Research Project

Project/Area Number	24K09429
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Multi-year Fund
Section	一般
Review Section	Basic Section 43060:System genome science-related
Research Institution	Institute of Physical and Chemical Research
Principal Investigator	伊藤昌可国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 専任研究員 (90344027)
Project Period (FY)	2024-04-01 – 2027-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000) Fiscal Year 2026: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000) Fiscal Year 2025: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000) Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords	転写開始点 / 直接RNAシーケンシング
Outline of Research at the Start	ナノポアシーケンシングを用いたダイレクトRNAシーケンシング(DRS)は逆転写を経ることなくRNA分子そのものを直接解析することでRNA分子の全長配列と塩基の修飾情報を得ることができる唯一の方法であるが、シーケンシングの終結端である5’末端付近を解読出来ないという問題を有している。本研究は、完全長RNAが有するキャップ構造を特異的ターゲットとしてキャップ・トラッパー法とクリック反応の組み合わせを用いて高効率に合成オリゴRNAをRNAの5’末端のキャップ構造に連結することにより、RNA分子の5’末端を解読可能にすると共に、キャップ構造の有無を判別可能にする技術を開発することを目的とする。