深層生成モデルを用いた微生物ゲノム配列品質評価手法の開発

Research Project

Project/Area Number	24K09613
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Multi-year Fund
Section	一般
Review Section	Basic Section 45040:Ecology and environment-related
Research Institution	National Institute of Genetics
Principal Investigator	東光一国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (00947038)
Project Period (FY)	2024-04-01 – 2027-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000) Fiscal Year 2026: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000) Fiscal Year 2025: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000) Fiscal Year 2024: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywords	深層生成モデル / メタゲノム解析 / バイオインフォマティクス
Outline of Research at the Start	本研究では、メタゲノム解析により得られるMAG（Metagenome-Assembled Genomes）のゲノム配列の品質評価における新たなアプローチの確立を目指す。MAGは未培養微生物の生態学的機能や役割を理解する上で重要だが、その品質評価は容易ではない。本研究では、微生物ゲノムの染色体としての連続性に着目し、深層生成モデルを用いてMAGの完全性と汚染度を評価する手法を開発する。これにより、従来の手法を補完し、MAGの品質をより多角的に評価することが可能となる。