Uncovering New Immune Disease-Related RNAs from Retrotransposons via Comprehensive Omics Analysis

• Project/Area Number: 24K10050
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 上田 真保子 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (60760353)
• Project Period (FY): 2024-04-01 – 2027-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2026: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2025: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2024: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
• Keywords: レトロトランスポソン / トランスクリプトーム / オミックス / 疾患関連遺伝子 / 新規遺伝子

Outline of Research at the Start

本研究では、インターフェロンで活性化される免疫細胞から新規RNAを同定するとともに、最近完全解読された「T2Tゲノム」に特有の領域に存在する、レトロトランスポゾン由来のRNAも同定し、その機能と疾患への関与を網羅的に評価する。そのため、疾患オミックスデータ（eQTL-GWAS）をもちいた解析、ゲノム編集とシングルセル解析を組み合わせた分子機能解析（CRISPR-seq）、タンパク質の発現解析を実施する。これにより、機能を持つレトロトランスポゾン由来の新規RNAとその免疫関連疾患における役割を明らかにし、病態解明と新創薬標的の探索を行う。