ゲノム反復多型伸長変動と認知機能低下を伴う前臨床期神経変性筋疾患の遺伝病態の解明

• Project/Area Number: 24K13460
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 58030:Hygiene and public health-related: excluding laboratory approach
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 平良 摩紀子 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 助教 (60792140)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 岡村 容伸 東北大学, 未来型医療創成センター, 講師 (00837495) ; 布施 昇男 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 教授 (10302134) ; 三木 篤也 愛知医科大学, 医学部, 教授 (30437404) ; 田高 周 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 講師 (60815463)
• Project Period (FY): 2024-04-01 – 2027-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2026: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2025: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
• Keywords: 認知機能低下 / 神経変性/神経筋疾患 / 長鎖/短鎖リード全ゲノム解析 / ゲノム反復多型 / ゲノム伸長変動

Outline of Research at the Start

本研究では、長鎖/短鎖リード全ゲノム解析情報から得たADを含む神経変性/神経筋疾患病因STRリピートモチーフがAD既報遺伝子座へ及ぼす影響を日本人一般住民集団にて計算しAD疾患リスクへの病因寄与率として算出（ApoEは遺伝的祖先の影響も日本民族固有に検討）する。SVとしてAD病因遺伝子発現に働くeSTRの近傍の連鎖不均衡や組換えホットスポット・ハプロタイプも考慮する。結果がAD に「欠落していた遺伝率(missing heritability)」としてGWASに働くか、Amyloid-PET画像に深層学習・全ゲノム情報に機械学習を用い抽出した疾患特徴量とともに補填する。