3D gene expression atlas of newt limb regeneration

Research Project

Project/Area Number	24K18153
Research Category	Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Basic Section 44040:Morphology and anatomical structure-related
Research Institution	National Institute for Basic Biology
Principal Investigator	奥村晃成基礎生物学研究所, 超階層生物学センター, 特任研究員 (70981421)
Project Period (FY)	2024-04-01 – 2027-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000) Fiscal Year 2026: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000) Fiscal Year 2025: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000) Fiscal Year 2024: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Keywords	再生 / 器官再生 / 時空間遺伝子発現 / RNA-seq
Outline of Research at the Start	有尾両生類(イモリなど)は高い器官再生能力を持ち、失った器官を完全に復元することができる。イモリの四肢再生では再生芽と呼ばれる未分化間葉系幹細胞の特徴を持つ細胞集団から四肢が再構築される。四肢の再構築には様々な遺伝子が適切な空間情報を持って発現すると考えられる。本研究では再生芽の全転写産物の3次元空間分布を明らかにすることを目的に、トランスクリプトームデータから遺伝子の 3次元空間発現を再構成することで全転写産物を3次元空間でモデル化する手法を確立する。本研究が目指す再生芽の3D遺伝子発現アトラスは、有尾両生類が持つ器官再生システムを3次元空間で理解するための重要な基盤情報となる。