Identification of active LINE-1 in the adult brain by using long-read sequencing methods

Research Project

Project/Area Number	24K22098
Research Category	Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Medium-sized Section 52:General internal medicine and related fields
Research Institution	Kumamoto University
Principal Investigator	岩本和也熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40342753)
Project Period (FY)	2024-06-28 – 2027-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000) Fiscal Year 2026: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000) Fiscal Year 2025: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000) Fiscal Year 2024: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords	転移因子 / 統合失調症
Outline of Research at the Start	レトロトランスポゾンLINE-1は、転移によるゲノムへのコピー挿入のほか、自身の転写産物がクロマチン3Dコンパートメント形成やノンコーディングRNAとして神経発生に関与するなど、多彩な機能を有している。また、LINE-1由来核酸の細胞質蓄積が、加齢や精神神経疾患でみられる炎症状態の惹起に関与するなど、脳神経系における病態とも深く関与する。本研究では、LINE-1配列のDNAメチル化状態と転写量をロングリードシークエンサーを用い明らかにする。LINE-1配列の成体脳での機能および病態における転写レベルでの役割を理解するとともに、加齢や精神神経疾患研究のための標的LINE-1配列を同定する。