Next-generation molecular profiling of gastric atrophy and regeneration utilizing spatial transcriptomics and whole-mount imaging

Research Project

Project/Area Number	24K22113
Research Category	Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Medium-sized Section 53:Organ-based internal medicine and related fields
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	早河翼東京大学, 医学部附属病院, 講師 (60777655)
Project Period (FY)	2024-06-28 – 2026-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000) Fiscal Year 2025: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000) Fiscal Year 2024: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywords	胃炎
Outline of Research at the Start	腺管構成細胞の分子プロファイルの目的で、近年scRNAseq解析が汎用され、細胞分化・分裂の流れなども推測可能となっている。しかしながら、scRNAseq単独では真の機能解析としての役割はなく、各細胞群の分裂・分化状態などを確定するためには、in vivoにおける系譜追跡実験が必須である。また、通常のscRNAseq解析には空間情報が含まれておらず、様々な種類の細胞が特徴的な分布をもって混在している胃の様な組織では、マクロ・ミクロの位置情報の把握が不可欠である。本提案では空間遺伝子解析とライトシート顕微鏡観察によって、系統ごとの細胞集団の遺伝子プロファイルと進展様式を時空間的に追跡する。