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Mechanisms for acquiring ability to degrade novel compounds in sphingomonads and their applications

Research Project

Project/Area Number 25292043
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypePartial Multi-year Fund
Section一般
Research Field Applied microbiology
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Nagata Yuji  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (30237531)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) TSUDA MASATAKA  東北大学, 大学院生命科学研究科, 教授 (90172022)
OHTSUBO YOSHIYUKI  東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教 (40342761)
Research Collaborator Jiri Damborsky  マサリク大学, 理学部, 教授
Zbynek Prokop  マサリク大学, 理学部, 准教授
TANOKURA MASARU  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 教授 (60136786)
OKAI MASAHIKO  東京海洋大学, 大学院海洋科学技術研究科, 助教 (00596562)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2015: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2014: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2013: ¥8,320,000 (Direct Cost: ¥6,400,000、Indirect Cost: ¥1,920,000)
Keywordsスフィンゴモナス / 環境汚染物質 / 可動性遺伝因子 / ゲノム / 進化
Outline of Final Research Achievements

Studies on degradation of a recalcitrant environmental pollutant, gamma-hexachlorocyclohexane, in sphingomonads revealed that (i) activity of a key enzyme was improved in stepwise manner by the accumulation of single mutations, (ii) sphingomands-specific plasmids and an insertion sequence play significant roles to acquire novel genes, (iii) sphingomonads have genetic background suitable for the degradation of recalcitrant compounds. These important knowledges for the functional evolution of bacteria in the environment can be used for the practical applications in the future.

Report

(4 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (103 results)

All 2016 2015 2014 2013

All Journal Article (26 results) (of which Peer Reviewed: 26 results,  Open Access: 14 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results) Presentation (74 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem2016

    • Author(s)
      Tomoyuki Minami, Yoshiyuki Ohtsubo, Mizue Anda, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Kiwamu Minamisawa
    • Journal Title

      Genome Announc.

      Volume: 4(2) Issue: 2

    • DOI

      10.1128/genomea.00144-16

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Complete genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium sp. strain MI12052016

    • Author(s)
      Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 4 Issue: 2

    • DOI

      10.1128/genomea.00246-16

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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complete Genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. Strain TKS, which was isolated from a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading microbial community2016

    • Author(s)
      Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 4 Issue: 2

    • DOI

      10.1128/genomea.00247-16

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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium.2015

    • Author(s)
      Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 3 Issue: 4

    • DOI

      10.1128/genomea.00782-15

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Complete genome sequence of a polyvinyl alcohol-degrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507)2015

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Nagata, Y. Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 3 Issue: 5

    • DOI

      10.1128/genomea.01169-15

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  • [Journal Article] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance.2015

    • Author(s)
      Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
    • Journal Title

      DNA Research

      Volume: 22 Issue: 6 Pages: 413-424

    • DOI

      10.1093/dnares/dsv023

    • NAID

      120005850199

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader Burkholderia sp. HB-1 (NBRC:110738)2015

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Moriya A, Kato H, Ogawa N, Nagata Y, Tsuda M
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 3 Issue: 6

    • DOI

      10.1128/genomea.01283-15

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  • [Journal Article] Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-12015

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 3 Issue: 6

    • DOI

      10.1128/genomea.01399-15

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  • [Journal Article] Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No.72015

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 3 Issue: 6

    • DOI

      10.1128/genomea.01400-15

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Complete genome sequence of Sphingompyxis macrogoltabidus type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol-degrader2015

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 3 Issue: 6

    • DOI

      10.1128/genomea.01401-15

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome2015

    • Author(s)
      Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, and Hisayuki Mitsui
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      Volume: 112(46) Issue: 46 Pages: 14343-14347

    • DOI

      10.1073/pnas.1514326112

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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehagoneases2015

    • Author(s)
      Nagata Y, Ohtsubo, Y, Tsuda M
    • Journal Title

      Applied Microbiology and Biotechnology

      Volume: 99 Issue: 23 Pages: 9865-9881

    • DOI

      10.1007/s00253-015-6954-x

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      2015 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Isolation of oxygenase genes for indigo-forming activity from an artificially polluted soil metagenome by functional screening using Pseudomonas putida strains as hosts2015

    • Author(s)
      Hifofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Akira Ono, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, and Masataka Tsuda
    • Journal Title

      Applied Microbiology and Biotechnology

      Volume: in press Issue: 10 Pages: 4453-4470

    • DOI

      10.1007/s00253-014-6322-2

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      2014 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genetic determinants for fitness in soil by using signature-tagged mutagenesis. Microbiology2014

    • Author(s)
      Nagata, Y., J. Senbongi, Y. Ishibashi, R. Sudo, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: in press Issue: 5 Pages: 883-891

    • DOI

      10.1099/mic.0.077057-0

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      2014 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Structural and Functional Analysis of Novel Haloalkane Dehalogenase with Two Halide-Binding Sites2014

    • Author(s)
      Chaloupkova R, Prudnikova T, Rezacova P, Prokop Z, Koudelakova T, Daniel L, Brezovsky J, Ikeda-Ohtsubo W, Sato Y, Kuty M, Nagata Y, Smatanova IK, Damborsky J
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D

      Volume: D70 Issue: 7 Pages: 1884-1897

    • DOI

      10.1107/s1399004714009018

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      2014 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Stepwise enhancement of catalytic performance of haloalkane dehalogenase LinB towards β-hexachlorocyclohexane2014

    • Author(s)
      Ryota Moriuchi, Hiroki Tanaka, Yuki Nikawadori, Mayuko Ishitsuka, Michihiro Ito, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop, and Yuji Nagata
    • Journal Title

      AMB Express

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 72-72

    • DOI

      10.1186/s13568-014-0072-5

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  • [Journal Article] Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1 isolated from a microbial community enriched by the technical formulation of hexachlorocyclohexane.2014

    • Author(s)
      Ohtsubo, Y., T. Sato, K. Kishida, M. Tabata, Y. Ogura, T. Hayashi, M. Tsuda, and Y. Nagata
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 2 Issue: 1

    • DOI

      10.1128/genomea.01130-13

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  • [Journal Article] Complete genome sequence of the thermophilic PCB degrader Geobacillus sp. JF8 (NBRC 109937)2014

    • Author(s)
      Shintani, M., Y. Ohtsubo, K. Fukuda, A. Hosoyama, S. Ohji, A. Yamazoe, N. Fujita, Y. Nagata, M. Tsuda, T. Hatta, and K. Kimbara
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 2 Issue: 1

    • DOI

      10.1128/genomea.01213-13

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  • [Journal Article] Complete Genome Sequence of Pseudomonas sp. Strain TKP, Isolated from a gamma-Hexachlorocyclohexane-Degrading Mixed Culture2014

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Kishida K, Sato T, Tabata M, Kawasumi T, Ogura Y, Hayashi T, Tsuda M, Nagata Y
    • Journal Title

      Genome announcements

      Volume: 2 Issue: 1

    • DOI

      10.1128/genomea.01241-13

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      2013 Annual Research Report
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  • [Journal Article] The effect of a unique halide-stabilizing residue on the catalytic properties of haloalkane dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefacience C582013

    • Author(s)
      Hassan, K. A. Gora, J. Brezvsky, R. Chaloupkova, H. Moskalikova, A. Fortova, Y. Nagata, J. Damborsky, Z. Prokop
    • Journal Title

      FEBS J.

      Volume: 280 Issue: 13 Pages: 3149-3159

    • DOI

      10.1111/febs.12238

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      2013 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Crystal structure and site-directed mutagenesis analyses of haloalkane dehalogenase LinB from Sphingobium sp. MI1205.2013

    • Author(s)
      Masahiko Okai, Jun Ohtsuka, Fabiana L. Imai, Tomoko Mase, Ryota Moriuchi, Masataka Tsuda, Koji Nagata, Yuji Nagata, Masaru Tanokura
    • Journal Title

      J. Bacteriol.

      Volume: 195 Issue: 11 Pages: 2642-2651

    • DOI

      10.1128/jb.02020-12

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  • [Journal Article] Complete Genome Sequence of the γ-Hexachlorocyclohexane-Degrading Bacterium Sphingomonas sp. Strain MM-1.2013

    • Author(s)
      Tabata M, Ohtsubo Y, Ohhata S, Tsuda M, Nagata Y.
    • Journal Title

      Genome Announc

      Volume: 1 Issue: 3

    • DOI

      10.1128/genomea.00247-13

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  • [Journal Article] Inhibitory effect of Pseudomonas putida nitrogen-related phosphotransferase system on conjugative transfer of IncP-9 plasmid from Escherichia coli2013

    • Author(s)
      Inoue K, Miyazaki R, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
    • Journal Title

      FEMS microbiology letters

      Volume: 345 Issue: 2 Pages: 102-109

    • DOI

      10.1111/1574-6968.12188

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  • [Journal Article] Complete Genome Sequence of Ralstonia pickettii DTP0602, a 2,4,6-Trichlorophenol Degrader2013

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Fujita N, Nagata Y, Tsuda M, Iwasaki T, Hatta T
    • Journal Title

      Genome announcements

      Volume: 1

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  • [Journal Article] 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の検索2013

    • Author(s)
      永山浩史、菅原智詞、遠藤諒、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Journal Title

      Journal of Environmental Biotechnology

      Volume: 13 Pages: 51-56

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  • [Journal Article] Design and experimental application of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes2013

    • Author(s)
      Mori H, Maruyama F, Kato H, Toyoda A, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Fujiyama A, Tsuda M Kurokawa K
    • Journal Title

      DNA Res

      Volume: 21 Issue: 2 Pages: 217-227

    • DOI

      10.1093/dnares/dst052

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  • [Presentation] 加藤 広海、森 宙史、永山 浩史、大坪 嘉行、永田 裕二、黒川 顕、津田 雅孝2016

    • Author(s)
      土壌微生物のノトバイオロジー
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会シンポジウム「微生物エコシステムを制御せよ!最先端テクノロジーがもたらす複合微生物系研究のパラダイムシフト」
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-27
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      佐藤拓哉, 湯原 悟志, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
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      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      野々山 翔太, 佐藤 拓哉, 岸田 康平, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
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      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      稲葉 慎之介, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
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      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      佐藤 あや華, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
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      2016-03-27
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      2016-03-27
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      大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
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      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      札幌コンベンションセンター(北海道、札幌市)
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      2016-03-27
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      大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
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      第89回日本細菌学会ワークショップ「共創:微生物エコシステム構成原理」
    • Place of Presentation
      大阪交流センター(大阪府、大阪市)
    • Year and Date
      2016-03-23
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      大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析2016

    • Author(s)
      加藤広海、森宙史、渡来直生、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、豊田敦、黒川顕、津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] フェナントレン分解細菌Burkholderia sp.HB-1株のゲノムと芳香属分解遺伝子の解析2016

    • Author(s)
      守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] 遺伝学的解析を用いた芳香族化合物分解コンソーシアムにおける分解菌と非分解菌の共在機構の解明2016

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      小川なつみ 加藤広海 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築2016

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      渡来直生、森宙史、加藤広海、大坪嘉行、小椋義俊、永田裕二、豊田敦、藤山秋佐夫、林哲也、津田雅孝、黒川顕
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] 鉄濃度依存的に発現変動する機能未知遺伝子hemPの解析2016

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      佐藤拓哉 湯原悟志 野々山翔太 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター合成遺伝子群の転写制御に対するFur及びIscRの作用機作2016

    • Author(s)
      野々山翔太 佐藤拓哉 岸田康平 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析2016

    • Author(s)
      岸田康平 井上慧 大坪嘉行 永田裕二 津田 雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] 環境常在細菌が有する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子関与の新規極貧栄養環境適応機構2016

    • Author(s)
      稲葉慎之介 平野丈 宇井博紀 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] 次世代シーケンサーを用いたqTnSeq法の構築2016

    • Author(s)
      阿部史歩 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
    • Organizer
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-04
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  • [Presentation] Haloalkane dehalogenases in bacteria2015

    • Author(s)
      Yuji Nagata, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, and Masataka Tsuda
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2015)
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播2015

    • Author(s)
      永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
    • Organizer
      第30回日本微生物生態学会年次大会シンポジウム「環境での遺伝子リスクの醸成:薬剤耐性と病原性の遺伝子伝播」
    • Place of Presentation
      土浦亀城プラザ(茨城県、土浦市)
    • Year and Date
      2015-10-17
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    • Invited
  • [Presentation] メタゲノム情報を基盤とした汚染土壌の細菌コンソーシアムの研究2015

    • Author(s)
      加藤広海、小川なつみ、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      第30回日本微生物生態学会年次大会
    • Place of Presentation
      土浦亀城プラザ(茨城県、土浦市)
    • Year and Date
      2015-10-17
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    • Author(s)
      按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究, 三井久幸
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会ワークショップ12「ゲノムとOMICSの比較から現れた遺伝と進化をめぐる驚き」
    • Place of Presentation
      東北大学川内北キャンパス(宮城県、仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-24
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  • [Presentation] 有機塩素系農薬分解細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの機能解析2015

    • Author(s)
      稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2015年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学弥生キャンパス(東京都、文京区)
    • Year and Date
      2015-06-29
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      荷川取佑記, 宮崎亮, 古屋佑磨, 大畑智史, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年大会
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
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  • [Presentation] スフィンゴモナッド細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの解析2015

    • Author(s)
      稲葉慎之介、平野丈、宇井博紀、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年大会
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
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  • [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達宿主域に関する研究2015

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      岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年大会
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
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  • [Presentation] GenomeMatcherのアノテーション支援機能2015

    • Author(s)
      大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年大会
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
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    • Author(s)
      永山浩史、加藤広海、菅原智詞、遠藤諒、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2015-03-06 – 2015-03-08
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  • [Presentation] 芳香族化合物分解コンソーシアムに存在する分解菌と非分解菌の関係2015

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      小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
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      神戸
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      2015-03-06 – 2015-03-08
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  • [Presentation] クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌の分子育種2015

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      荷川取佑記、宮崎亮、古屋佑磨、大畑智史、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
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      2015-03-06 – 2015-03-08
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      佐藤拓哉 木村明音 湯原悟志 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
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      神戸
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      2015-03-06 – 2015-03-08
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      大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
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      第9回日本ゲノム微生物学会年会
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      神戸
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      2015-03-06 – 2015-03-08
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      加藤広海、森宙史、丸山史人、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
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      2015-03-06 – 2015-03-08
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      按田瑞恵、大坪嘉行、三井久幸、大久保卓、菅原雅之、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2015-03-06 – 2015-03-08
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      南 智之、按田瑞恵、大久保 卓、三井久幸、大坪嘉行、永田裕二、金子貴一、田畑哲之、津田雅孝、南澤 究
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2015-03-06 – 2015-03-08
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      Kouhei Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, and Masataka Tsuda
    • Organizer
      International Symposium of the International Society for Plasmid Biology Scientific Meeting 2014
    • Place of Presentation
      Queensland, Australia
    • Year and Date
      2014-10-27 – 2014-11-01
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      按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、菅原雅之、三井久幸、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
    • Place of Presentation
      浜松
    • Year and Date
      2014-10-21 – 2014-10-24
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      小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
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      浜松
    • Year and Date
      2014-10-21 – 2014-10-24
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      永田裕二、田端理朗、大畑智史、荷川取佑記、大坪嘉行、津田雅孝
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
    • Place of Presentation
      浜松
    • Year and Date
      2014-10-21 – 2014-10-24
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      加藤広海、森宙史、丸山史人、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
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      浜松
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      2014-10-21 – 2014-10-24
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      佐藤拓哉、湯原悟志、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
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      浜松
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      2014-10-21 – 2014-10-24
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      荷川取佑記、宮崎亮、古屋佑磨、大畑智史、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
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      環境微生物系学会合同大会2014
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      浜松
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      2014-10-21 – 2014-10-24
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      永山浩史、菅原智詞、遠藤諒、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
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      浜松
    • Year and Date
      2014-10-21 – 2014-10-24
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      按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、三井久幸、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
    • Organizer
      植物微生物研究会第23回研究交流会
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      岡崎
    • Year and Date
      2014-09-07 – 2014-09-09
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      南智之,按田瑞恵,大久保卓,三井久幸,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝, 南澤究
    • Organizer
      植物微生物研究会第23回研究交流会
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      岡崎
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      2014-09-07 – 2014-09-09
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      Yuji Nagata, Michiro Tabata, Satoshi Ohhata, Yuki Nikawadori, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda
    • Organizer
      15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Seoul, South Korea
    • Year and Date
      2014-08-24 – 2014-08-29
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      Tomoyuki Minami, Mizue Anda, Takashi Ohkubo, Hisayuki Mitsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, and Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Seoul, South Korea
    • Year and Date
      2014-08-24 – 2014-08-29
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      Tomoyuki Minami, Mizue Anda, Takashi Ohkubo, Hisayuki Mitsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, and Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      The 6th Korea-Japan-Taiwan International Symposium on Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Seoul, South Korea
    • Year and Date
      2014-08-23 – 2014-08-24
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      大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
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      東京
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      第8回日本ゲノム微生物学会年会
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      東京
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      加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝
    • Organizer
      第8回日本ゲノム微生物学会年会
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      東京
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      第8回日本ゲノム微生物学会年会
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      東京
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  • [Presentation] gamma-HCH分解能を有するsphingomonad細菌株における可動性遺伝因子を介したゲノム動態の解析2014

    • Author(s)
      大畑智史, 田端理朗, 荷川取佑記, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      第8回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京
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  • [Presentation] フェナントレン分解コンソーシアムにおける非分解優占種細菌の役割2014

    • Author(s)
      小川なつみ, 加藤広海, 遠藤諒, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
    • Place of Presentation
      東京
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  • [Presentation] IncP-9群NAH7のoriTの同定と接合伝達宿主域に関する研究2014

    • Author(s)
      岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
    • Place of Presentation
      東京
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  • [Presentation] Acidvorax sp KKS102のカタボライト調節機構に関わる二成分制御系遺伝子bphPQの解析2014

    • Author(s)
      佐藤旦, 小沼かおり, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
    • Place of Presentation
      東京
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  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur依存的な鉄恒常性維持に関与するhemP遺伝子の解析2014

    • Author(s)
      佐藤拓哉, 木村明音, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
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      東京
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  • [Presentation] FinishChecker: 完全決定したつもりのゲノム配列のチェック機能2014

    • Author(s)
      大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
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      東京
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  • [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を有するスフィンゴモナッド細菌群の挿入配列に関する研究2014

    • Author(s)
      荷川取佑記, 大畑智史, 田端理朗, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
    • Place of Presentation
      東京
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  • [Presentation] 芳香族化合物汚染化土壌メタゲノムから培養非依存的手法により取得したフェノール分解関与遺伝子群の機能解析2014

    • Author(s)
      永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
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      東京
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  • [Presentation] 有機塩素系殺虫剤分解能を有するスフィンゴモナッド細菌株の有機炭素源非添加無機寒天培地での生育を司る機構に関する研究2014

    • Author(s)
      永田裕二, 平野丈, 宇井博紀, 大坪嘉行, 津田雅孝
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年大会
    • Place of Presentation
      東京
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  • [Presentation] 累積置換変異導入によるハロアルカンデハロゲナーゼLinBのbeta-HCH分解活性の機能進化に関する研究2013

    • Author(s)
      永田裕二, 森内良太, 田中裕興, 大坪嘉行, 津田雅孝
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
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      北九州
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  • [Presentation] 機能発現に基づくメタゲノムライブラリーからの新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の取得と解析2013

    • Author(s)
      永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      北九州
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  • [Presentation] IncP-9群プラスミドNAH7のoriTの同定及び接合伝達関連遺伝子traFの解析2013

    • Author(s)
      岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
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      北九州
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  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄恒常性維持機構の解明2013

    • Author(s)
      佐藤拓哉, 木村明音, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      北九州
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  • [Presentation] IncP-9群プラスミドNAH7のoriTの同定とtraF欠失による宿主域変化2013

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      岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
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      第7回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会
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      静岡県駿東郡
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  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC17616株の鉄恒常性維持機構の解明2013

    • Author(s)
      佐藤拓哉, 木村明音, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Organizer
      第7回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会
    • Place of Presentation
      静岡県駿東郡
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  • [Presentation] 土壌微生物の他土壌への移植メタゲノミクス2013

    • Author(s)
      加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝
    • Organizer
      第29回日本微生物生態学会年次大会
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      鹿児島
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  • [Presentation] Isolation of phenol-catabolic genes by cultivation-independent functional screening from metagenome of soil artificially polluted by aromatic hydrocarbons2013

    • Author(s)
      Hirofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Hiroshi Mori, Ken, Kurokawa, and Masataka Tsuda
    • Organizer
      2nd Thunen Symposium on Soil Metagenomics: mining and learning from metagenomes plus workshop on bioinformatic tools for soil microbiologists
    • Place of Presentation
      Braunschweig, Germany
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      Hiroshi Mori, Fumito Maruyama, Hiromi Kato, Atsushi Toyoda, Ayumi Dozono, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Asao Fujiyama, Masataka Tsuda, and Ken Kurokawa
    • Organizer
      2nd Thunen Symposium on Soil Metagenomics: mining and learning from metagenomes plus workshop on bioinformatic tools for soil microbiologists
    • Place of Presentation
      Braunschweig, Germany
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  • [Book] Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition2015

    • Author(s)
      Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo, Y, Tsuda M
    • Publisher
      ASM Press, Washington, DC
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  • [Book] Appearance and evolution of γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacteria. In Biodegradative Bacteria2014

    • Author(s)
      Nagata Y, Tabata M, Ohhata S, Tsuda M
    • Total Pages
      358
    • Publisher
      Springer Verlag, Tokyo
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  • [Book] Strategies to reveal genomic function in natural soil systems. In Biodegradative Bacteria2014

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Nishiyama E, Ishibashi Y, Nagata Y Tsuda M
    • Total Pages
      358
    • Publisher
      Springer Verlag, Tokyo
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Published: 2013-05-21   Modified: 2019-07-29  

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