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Precancerous signatures explored through micro-genomics and micro-proteomics

Research Project

Project/Area Number 25430142
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Tumor diagnostics
Research InstitutionNihon University

Principal Investigator

ESUMI Mariko  日本大学, 医学部, 准教授 (10147019)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) SUGITANI Masahiko  日本大学, 医学部, 教授 (40187654)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) TAKAYAMA Tadatoshi  日本大学, 医学部, 教授 (30280994)
KURODA Kazumichi  日本大学, 医学部, 准教授 (50215109)
YAMAGUCHI Hiromi  日本大学, 医学部, 研究員 (90547118)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2013: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Keywordsレーザーマイクロダイセクション / プロテオミクス / 微小環境 / 再発肝癌 / ゲノミクス / 次世代シーケンサー / ホルマリン固定パラフィン包埋切片 / レーザーマイクロダイセク ション
Outline of Final Research Achievements

We investigated comprehensive profiles of genome and proteome in precancerous, cancerous lesions and stroma cells from early and late recurrence groups to identify the molecular difference among them, and finally to elucidate the molecular genesis and progression of cancer. In conclusion, (1) microenvironment of parenchyma such as fibrosis and inflammation was related to hepatocarcinogenesis and intra-hepatic metastasis. (2) Abnormal lesions but not cancer (dysplasia) shared mutation with cancerous lesion, indicating that dysplasia is molecularly precancerous. Multi-centric carcinogenesis occurred from a single clonal dysplasia by different gene mutations. (3) Early cancer less than 2 cm in diameter contained different cancer clones originated from a single clone, indicating that branched evolution of cancer begins from the early stage of cancer. (4) Relatively small number of driver gene mutation was involved in hepatocarcinogenesis of rat.

Report

(4 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • 2013 Research-status Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2016 2015 2014 2013 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (17 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Pitfalls of DNA quantification using DNA-binding fluorescent dyes and suggested solutions2016

    • Author(s)
      Nakayama Y, Yamaguchi H, Einaga N, Esumi M
    • Journal Title

      PLos One

      Volume: 11 Issue: 3 Pages: e0150528-e0150528

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0150528

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    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Transmembrane serine protease TMPRSS2 activates hepatitis C virus infection.2015

    • Author(s)
      Esumi M, Ishibashi M, Yamaguchi H, Nakajima S, Tai Y, Kikuta S, Sugitani M, Takayama T, Tahara M, Takeda M, Wakita T
    • Journal Title

      Hepatology

      Volume: 61(2) Issue: 2 Pages: 438-47

    • DOI

      10.1002/hep.27426

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] CLEC4M-positive and CD81-negative Huh7 cells are not susceptible to JFH-1 HCVcc infection but mediate transinfection.2014

    • Author(s)
      Ishibashi M, Morita N, Nomura-Kawaguchi C, Shimizu Y, Wakita T, Esumi M.
    • Journal Title

      Archives of Virology

      Volume: 159 Issue: 11 Pages: 2949-2955

    • DOI

      10.1007/s00705-014-2150-z

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    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Protein from the fraction remaining after RNA extraction is useful for proteomics but care must be exercised in its application.2013

    • Author(s)
      Yamaguchi H, Hasegawa K, Esumi M.
    • Journal Title

      Experimental and Molecular Pathology

      Volume: 95巻 Pages: 46-50

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  • [Journal Article] β-Glucuronidase is a suitable internal control gene for mRNA quantitation in pathophysiological and non-pathological livers.2013

    • Author(s)
      Yamaguchi H, Matsumoto S, Ishibashi M, Hasegawa K, Sugitani M, Takayama T, Esumi M.
    • Journal Title

      Experimental and Molecular Pathology

      Volume: 95巻 Issue: 2 Pages: 131-135

    • DOI

      10.1016/j.yexmp.2013.06.005

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  • [Journal Article] TMPRSS2 is an activating protease for respiratory parainfluenza viruses.2013

    • Author(s)
      Abe M, Tahara M, Sakai K, Yamaguchi H, Kanou K, Shirato K, Kawase M, Noda M, Kimura H, Matsuyama S, Fukuhara H, Mizuta K, Maenaka K, Ami Y, Esumi M, Kato A, Takeda M.
    • Journal Title

      J Virol

      Volume: 87 Issue: 21 Pages: 11930-11935

    • DOI

      10.1128/jvi.01490-13

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  • [Presentation] ミトコンドリアDNA多型と癌関連遺伝子体細胞突然変異解析を併用した乳管癌小葉癌併存症例の分子系統樹解析2016

    • Author(s)
      野田博子、江角眞理子、中井登紀子、増田しのぶ
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      第105回日本病理学会総会
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      宮城県・仙台・仙台国際センター
    • Year and Date
      2016-05-12
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      末光正昌、山本泰、飯塚普子、山口桜子、小宮正道、野田博子、山口裕美、江角眞理子、久山佳代
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      第70回日本口腔科学会学術集会
    • Place of Presentation
      福岡県・福岡市・福岡県歯科医師会館
    • Year and Date
      2016-04-16
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      中山裕貴、山口裕美、栄永直樹、江角眞理子
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      第38回日本分子生物学会年会
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      兵庫県・神戸市・神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-03
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      山口裕美、黒田和道、廣谷ゆかり、杉谷雅彦、長谷川潔、高山忠利、江角眞理子
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      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県・神戸市・神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-03
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      石橋真理子、山口裕美、廣谷ゆかり、杉谷雅彦、高山忠利、江角眞理子
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      第63回日本ウイルス学会学術集会
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      福岡県・福岡市・福岡国際会議場
    • Year and Date
      2015-11-24
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  • [Presentation] 乳管乳管癌と小葉癌併存症例の分子系統樹解析: FFPE/レーザーマイクロダイセクションサンプルのミトコンドリアDNA多型から2015

    • Author(s)
      野田博子、江角眞理子、山口裕美、増田しのぶ
    • Organizer
      第74回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      愛知県・名古屋市・名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2015-10-09
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  • [Presentation] がんおよびがん関連組織の分子進化: FFPE/レーザーマイクロダイセクションサンプルのゲノム比較解析から2015

    • Author(s)
      江角眞理子、野田博子、末光正昌、久山佳代、増田しのぶ
    • Organizer
      第74回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      愛知県・名古屋市・名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2015-10-08
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Long Evans Cinnamon (LEC) ratの肝臓癌ゲノム解析2015

    • Author(s)
      山口裕美、栄永直樹、中山裕貴、川路美子、江角眞理子
    • Organizer
      第74回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      愛知県・名古屋市・名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2015-10-08
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織DNAのゲノム解析に問題はないか?2015

    • Author(s)
      栄永直樹、山口裕美、中山裕貴、川路美子、佐々木泰史、時野隆至、江角眞理子
    • Organizer
      第74回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      愛知県・名古屋市・名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2015-10-08
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織DNAの変異解析について2014

    • Author(s)
      栄永直樹、山口裕美、吉田明生、末光正昌、野田博子、川路美子、廣谷ゆかり、江角眞理子
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-27
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      2014 Research-status Report
  • [Presentation] Golgi membrane protein 1(GOLM1)はC型肝炎ウイルス感染に関与するか?2014

    • Author(s)
      山口裕美、 黒田和道、脇田隆字、江角眞理子
    • Organizer
      第62回日本ウイルス学会学術集会
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      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-11
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      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 多臓器に転移した肺小細胞がんのゲノム比較解析:レーザーマイクロダイセクション/FFPEサンプルを用いて.2014

    • Author(s)
      吉田明生、尾花ゆかり、長岡正宏、徳橋泰明、江角眞理子
    • Organizer
      第73回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-09-26
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      2014 Research-status Report
  • [Presentation] Role of Golgi Membrane Protein 1 in Hepatitis C Virus Replication.2014

    • Author(s)
      Yamaguchi H, Kuroda K, Wakita T, Esumi M.
    • Organizer
      21th International Symposium in Hepatitis C Virus and Related Viruses.
    • Place of Presentation
      The Fairmont Banff Springs (Banff, Canada)
    • Year and Date
      2014-09-08
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      2014 Research-status Report
  • [Presentation] レーザーマイクロダイセクションとプロテオミクスの融合解析から肝細胞癌再発(発癌)に関連する微小環境因子を探る.

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      江角 眞理子、山口 裕美、 黒田 和道、 尾花 ゆかり、 渕之上 史、 杉谷 雅彦、 藤原 恭子、 高山 忠利.
    • Organizer
      第72回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
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  • [Presentation] Liver microenvironment related to hepatitis C virus loads examined by proteomics of laser-microdissected tissue samples.

    • Author(s)
      Esumi M, Yamaguchi H, Kuroda K, Obana Y, Sugitani M, Takayama T.
    • Organizer
      20th International Symposium in Hepatitis C Virus and Related Viruses
    • Place of Presentation
      Melbourne Convention and Exhibition Centre (Melbourne, Australia)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] C型肝炎ウイルス感染量と関連するヒト肝組織微小環境と肝実質のheterogeneity:レーザーマイクロダイセクション・プロテオミクスから.

    • Author(s)
      江角眞理子、山口裕美、黒田和道、尾花ゆかり、杉谷雅彦、高山忠利
    • Organizer
      第61回日本ウイルス学会学術集会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 様々な条件のホルマリン固定パラフィン包埋組織から抽出されたDNAの質的量的評価について.

    • Author(s)
      江角眞理子、吉田明生、遠藤美智子、山口裕美、栄永直樹、尾花ゆかり、増田しのぶ、徳橋泰明
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
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  • [Book] E型肝炎の疫学.新ウイルス性肝炎学 -最新の基礎・臨床研究情報- 日本臨床73巻(増刊号)2015

    • Author(s)
      江角眞理子
    • Publisher
      日本臨床社
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  • [Book] 「ミクロゲノミクス」から、がんheterogeneityの分子基盤を解明する. 日本大学医学部総合医学研究所紀要2015

    • Author(s)
      江角眞理子、山口裕美、栄永直樹、中山裕貴、高山忠利、杉谷雅彦、野田博子、増田しのぶ、末光正昌、久山佳代、吉田明生、徳橋泰明
    • Publisher
      日本大学医学部総合医学研究所
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  • [Remarks] 日本大学医学部病態病理学系形態機能病理学分野ホームページ

    • URL

      http://www.med.nihon-u.ac.jp/department/pathol_m/

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      2015 Annual Research Report

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Published: 2014-07-25   Modified: 2019-07-29  

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