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Studies on protein-based microcompartment (encapsulin) from Rhodococcus erythropolis N771

Research Project

Project/Area Number 25440015
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Structural biochemistry
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

Noguchi Keiichi  東京農工大学, 学術研究支援総合センター, 准教授 (00251588)

Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) YOHDA Masafumi  東京農工大学, 大学院工学研究院, 教授 (50250105)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordsナノ構造体 / X線回折 / 結晶構造 / ナノ粒子 / タンパク質シェル構造体 / ウィルス様粒子 / 認識配列 / X線回折 / 透過電子顕微鏡 / 蛋白質シェル構造体
Outline of Final Research Achievements

The encapsulin nanocompartment from Rhodococcus erythropolis N771 was expressed and purified in wild-type and C-terminally His-tagged forms. Negative-stained transmission electron microscopy observation showed that the encapsulin monomers were assembled as a spherical particle with a diameter of 28 nm. Heterogeneous guest proteins such as enhanced green fluorescence protein and firefly luciferase were packaged into the internal cavity of the encapsulin nanocompartment by fusing the C-terminal 37-amino-acid sequence of the R. erythropolis N771 DypB peroxidase to the C-terminus. Two kinds of crystallization conditions were found for the recombinant protein. Crystals obtained using one of two conditions diffracted to 3.3Å resolution and the crystal system is trigonal, with unit-cell parameters of a = 235.5Å and α = 63.2°. A self-rotation function calculated using the collected data suggested presence of 2-, 3- and 5-fold axes in the asymmetric unit.

Report

(4 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • 2013 Research-status Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (1 results) Presentation (20 results)

  • [Journal Article] タンパク質シェル構造体エンカプスリンの構造化学的研究2015

    • Author(s)
      野口恵一, 藤井基子, 福谷洋介, 尾高雅文, 養王田正文
    • Journal Title

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      Volume: 32 Pages: 359-359

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      神戸ポートアイランド(兵庫県・神戸市)
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      第86回 日本生化学会大会
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      横浜、日本、パシフィコ横浜
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Published: 2014-07-25   Modified: 2019-07-29  

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